Small ligand-globin interactions: Reviewing lessons derived from computer simulation

Autores
Capece, Luciana; Boechi, Leonardo; Perissinotti, Laura Lucia; Arroyo Mañez, Pau; Bikiel, Damian Ezequiel; Smulevich, Giulietta; Marti, Marcelo Adrian; Estrin, Dario Ariel
Año de publicación
2013
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
In this work we review the application of classical and quantum-mechanical atomistic computer simulation tools to the investigation of small ligand interaction with globins. In the first part, studies of ligand migration, with its connection to kinetic association rate constants (kon), are presented. In the second part, we review studies for a variety of ligands such as O2, NO, CO, HS−, F−, and NO2 − showing how the heme structure, proximal effects, and the interactions with the distal amino acids can modulate proteinligand binding. The review presents mainly results derived from our previous works on the subject, in the context of other theoretical and experimental studies performed by others. The variety and extent of the presented data yield a clear example of how computer simulation tools have, in the last decade, contributed to our deeper understanding of small ligand interactions with globins. This article is part of a Special Issue entitled: Oxygen Binding and Sensing Proteins.
Fil: Capece, Luciana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
Fil: Boechi, Leonardo. University Of California At San Diego; Estados Unidos
Fil: Perissinotti, Laura Lucia. University Of Calgary. Departament Of Biological Sciences; Canadá
Fil: Arroyo Mañez, Pau. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Orgánica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
Fil: Bikiel, Damian Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de Los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires; Argentina
Fil: Smulevich, Giulietta. Università di Firenze. Dipartimento Di Chimica "Ugo Schiff"; Italia
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de Los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Fil: Estrin, Dario Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de Los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires; Argentina
Materia
Computer Simulation
Heme Protein
Molecular Dynamics
Qm/Mm
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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