Next generation sequencing panel based on single molecule molecular inversion probes for detecting genetic variants in children with hypopituitarism

Autores
Pérez Millán, María Inés; Vishnopolska, Sebastián Alexis; Daly, Alexandre Z.; Bustamante, Juan Pablo; Seilicovich, Adriana; Bergadá, Ignacio; Braslavsky, Debora Giselle; Keselman, Ana Claudia; Lemons, Rosemary M.; Mortensen, Amanda H.; Marti, Marcelo Adrian; Camper, Sally A.; Kitzman, Jacob O.
Año de publicación
2018
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Background: Congenital Hypopituitarism is caused by genetic and environmental factors. Over 30 genes have been implicated in isolated and/or combined pituitary hormone deficiency. The etiology remains unknown for up to 80% of the patients, but most cases have been analyzed by limited candidate gene screening. Mutations in the PROP1 gene are the most common known cause, and the frequency of mutations in this gene varies greatly by ethnicity. We designed a custom array to assess the frequency of mutations in known hypopituitarism genes and new candidates, using single molecule molecular inversion probes sequencing (smMIPS). Methods: We used this panel for the first systematic screening for causes of hypopituitarism in children. Molecular inversion probes were designed to capture 693 coding exons of 30 known genes and 37 candidate genes. We captured genomic DNA from 51 pediatric patients with CPHD (n = 43) or isolated GH deficiency (IGHD) (n = 8) and their parents and conducted next generation sequencing. Results: We obtained deep coverage over targeted regions and demonstrated accurate variant detection by comparison to whole-genome sequencing in a control individual. We found a dominant mutation GH1, p.R209H, in a three-generation pedigree with IGHD. Conclusions: smMIPS is an efficient and inexpensive method to detect mutations in patients with hypopituitarism, drastically limiting the need for screening individual genes by Sanger sequencing.
Fil: Pérez Millán, María Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas; Argentina
Fil: Vishnopolska, Sebastián Alexis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Fil: Daly, Alexandre Z.. University of Michigan. Department of Human Genetics; Estados Unidos
Fil: Bustamante, Juan Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Fil: Seilicovich, Adriana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas; Argentina
Fil: Bergadá, Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; Argentina
Fil: Braslavsky, Debora Giselle. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; Argentina
Fil: Keselman, Ana Claudia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; Argentina
Fil: Lemons, Rosemary M.. University of Michigan. Department of Human Genetics; Estados Unidos
Fil: Mortensen, Amanda H.. University of Michigan. Department of Human Genetics; Estados Unidos
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Fil: Camper, Sally A.. University of Michigan. Department of Human Genetics; Estados Unidos
Fil: Kitzman, Jacob O.. University of Michigan. Department of Human Genetics; Estados Unidos
Materia
CONGENITAL HYPOPITUITARISM
GH1
GROWTH HORMONE DEFICIENCY
SINGLE-MOLECULE MOLECULAR INVERSION PROBES
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
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Conclusions: smMIPS is an efficient and inexpensive method to detect mutations in patients with hypopituitarism, drastically limiting the need for screening individual genes by Sanger sequencing.Fil: Pérez Millán, María Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas; ArgentinaFil: Vishnopolska, Sebastián Alexis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Daly, Alexandre Z.. University of Michigan. Department of Human Genetics; Estados UnidosFil: Bustamante, Juan Pablo. 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Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; ArgentinaFil: Braslavsky, Debora Giselle. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; ArgentinaFil: Keselman, Ana Claudia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada". Fundación de Endocrinología Infantil. Centro de Investigaciones Endocrinológicas "Dr. César Bergada"; ArgentinaFil: Lemons, Rosemary M.. University of Michigan. 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