Genomic epidemiology of Staphylococcus aureus isolated from bloodstream infections in South America during 2019 supports regional surveillance

• Autores: Di Gregorio, Sabrina Noelia; Vielma Vallenilla, Jesús Eduardo; Haim, Maria Sol; Rago, Lucía; Campos, Josefina; Kekre, Mihir; Abrudan, Monica; Famiglietti, Ángela; Fernández Canigia, Liliana; Rubinstein, Gabriela; Von Specht, Martha Helena; Herrera, Melina Elizabeth; Aro, Carolina; Galas, Marcelo Fabián; Balderrama Yarhui, Norah; Figueiredo, Agnes; Lincopan, Nilton; Falcon, Miryan; Guillén, Rosa; Camou, Teresa; Varela, Gustavo Alfredo; Aanensen, David M.; Argimón, Silvia; Mollerach, Marta Eugenia
• Año de publicación: 2023
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Materia: STAPHYLOCOCCUS AUREUS; MRSA; MSSA; SOUTH AMERICA; CC398; CC30; CC5; CC8
• Institución: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

Staphylococcus aureus remains one of the leading causes of infections worldwide and a common cause of bacteraemia. However, studies documenting the epidemiology of S. aureus in South America using genomics are scarce. We hereby report on the largest genomic epidemiology study to date of both methicillin-resistant S. aureus (MRSA) and methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) in South America, conducted by the StaphNET-SA network. We characterised 404 genomes recovered from a prospective observational study of S. aureus bacteraemia in 58 hospitals from Argentina, Bolivia, Brazil, Paraguay and Uruguay between April and October 2019. We show that a minority of S. aureus isolates are phenotypically multi-drug resistant (5.2%), but more than a quarter are resistant to macrolide-lincosamide-streptogramin B (MLSb). MSSA were more genetically diverse than MRSA. Lower rates of associated antimicrobial resistance in community-associated(CA)-MRSA versus hospital-associated (HA)-MRSA were found in association with three S. aureus genotypes dominating the MRSA population: CC30-MRSA-IVc-t019-lukS/F-PV+, CC5-MRSA-IV-t002-lukS/F-PV- and CC8-MRSA-IVc-t008-lukS/F-PV+-COMER+. These are historically from a CA origin, carry on average fewer antimicrobial resistance determinants, and often lack key virulence genes. Surprisingly, CC398-MSSA-t1451-lukS/F-PV- related to the CC398 human-associated lineage is widely disseminated throughout the region, and is described here for the first time as the most prevalent MSSA lineage in South America. Moreover, CC398 strains carrying ermT (largely responsible for the MLSb resistance rates of MSSA strains: inducible iMLSb phenotype) and sh_fabI (related to triclosan resistance) were recovered from both CA and HA origin. The frequency of MRSA and MSSA lineages differed between countries but the most prevalent S. aureus genotypes are high-risk clones widely distributed in the South American region without a clear country-specific phylogeographical structure. Therefore, our findings underline the need for continuous genomic surveillance by regional networks such as StaphNET-SA. This article contains data hosted by Microreact.
Fil: Di Gregorio, Sabrina Noelia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina
Fil: Vielma Vallenilla, Jesús Eduardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina
Fil: Haim, Maria Sol. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación.Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán"; Argentina
Fil: Rago, Lucía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina
Fil: Campos, Josefina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación.Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán"; Argentina
Fil: Kekre, Mihir. University of Oxford; Reino Unido
Fil: Abrudan, Monica. University of Oxford; Reino Unido
Fil: Famiglietti, Ángela. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina
Fil: Fernández Canigia, Liliana. Hospital Aleman; Argentina
Fil: Rubinstein, Gabriela. Hospital Privado Regional del Sur; Argentina
Fil: Von Specht, Martha Helena. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales; Argentina
Fil: Herrera, Melina Elizabeth. Universidad Adventista del Plata; Argentina
Fil: Aro, Carolina. Gobierno de la Provincia de Santa Fe. Hospital de Niños Doctor Orlando Alassia.; Argentina
Fil: Galas, Marcelo Fabián. Pan American Health Organization; Estados Unidos
Fil: Balderrama Yarhui, Norah. Hospital del Niño Manuel Ascencio Villarroel; Bolivia
Fil: Figueiredo, Agnes. Universidade do Estado de Rio do Janeiro; Brasil. Universidade Federal Fluminense; Brasil
Fil: Lincopan, Nilton. Universidade de Sao Paulo; Brasil
Fil: Falcon, Miryan. Laboratorio Central de Salud Publica; Paraguay
Fil: Guillén, Rosa. Universidad Nacional de Asunción; Paraguay
Fil: Camou, Teresa. Ministerio de Salud; Uruguay
Fil: Varela, Gustavo Alfredo. Universidad de la República; Uruguay
Fil: Aanensen, David M.. University of Oxford; Reino Unido
Fil: Argimón, Silvia. University of Oxford; Reino Unido
Fil: Mollerach, Marta Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina