Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation

Autores
Rodríguez Walker, Macarena; Molina, Cecilia Rita; Luján, Lucas Agustín; Saura, Alicia; Jerlström Hultqvist, Jon; Svärd, Staffan G.; Fernandez, Elmer Andres; Lujan, Hugo Daniel
Año de publicación
2022
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Giardia lamblia encodes several families of cysteine-rich proteins, including the Variant-specific Surface Proteins (VSPs) involved in the process of antigenic variation. Their characteristics, definition and relationships are still controversial. An exhaustive analysis of the Cys-rich families including organization, features, evolution and levels of expression was performed, by combining pattern searches and predictions with massive sequencing techniques. Thus, a new classification for Cys-rich proteins, genes and pseudogenes that better describes their involvement in Giardia's biology is presented. Moreover, three novel characteristics exclusive to the VSP genes, comprising an Initiator element/Kozak-like sequence, an extended polyadenylation signal and a unique pattern of mutually exclusive transcript accumulation are presented, as well as the finding that High Cysteine Membrane Proteins, upregulated under stress, may protect the parasite during VSP switching. These results allow better interpretation of previous reports providing the basis for further studies of the biology of this early-branching eukaryote.
Fil: Rodríguez Walker, Macarena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Molina, Cecilia Rita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Luján, Lucas Agustín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Saura, Alicia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Jerlström Hultqvist, Jon. Universidad Católica de Córdoba; Argentina
Fil: Svärd, Staffan G.. Universidad Católica de Córdoba; Argentina
Fil: Fernandez, Elmer Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Lujan, Hugo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Materia
ANTIGENIC SWITCHING
GENE EXPRESSION
GENOME ANNOTATION
IMMUNE EVASION
PARASITE
PROTOZOA
VARIANT SURFACE ANTIGENS
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/221611
Acceder
id CONICETDig_94e1bcd34eada915278819c00c565e4d
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/221611
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variationRodríguez Walker, MacarenaMolina, Cecilia RitaLuján, Lucas AgustínSaura, AliciaJerlström Hultqvist, JonSvärd, Staffan G.Fernandez, Elmer AndresLujan, Hugo DanielANTIGENIC SWITCHINGGENE EXPRESSIONGENOME ANNOTATIONIMMUNE EVASIONPARASITEPROTOZOAVARIANT SURFACE ANTIGENShttps://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1Giardia lamblia encodes several families of cysteine-rich proteins, including the Variant-specific Surface Proteins (VSPs) involved in the process of antigenic variation. Their characteristics, definition and relationships are still controversial. An exhaustive analysis of the Cys-rich families including organization, features, evolution and levels of expression was performed, by combining pattern searches and predictions with massive sequencing techniques. Thus, a new classification for Cys-rich proteins, genes and pseudogenes that better describes their involvement in Giardia's biology is presented. Moreover, three novel characteristics exclusive to the VSP genes, comprising an Initiator element/Kozak-like sequence, an extended polyadenylation signal and a unique pattern of mutually exclusive transcript accumulation are presented, as well as the finding that High Cysteine Membrane Proteins, upregulated under stress, may protect the parasite during VSP switching. These results allow better interpretation of previous reports providing the basis for further studies of the biology of this early-branching eukaryote.Fil: Rodríguez Walker, Macarena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; ArgentinaFil: Molina, Cecilia Rita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; ArgentinaFil: Luján, Lucas Agustín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; ArgentinaFil: Saura, Alicia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; ArgentinaFil: Jerlström Hultqvist, Jon. Universidad Católica de Córdoba; ArgentinaFil: Svärd, Staffan G.. Universidad Católica de Córdoba; ArgentinaFil: Fernandez, Elmer Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; ArgentinaFil: Lujan, Hugo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; ArgentinaAcademic Press Inc Elsevier Science2022-08info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/221611Rodríguez Walker, Macarena; Molina, Cecilia Rita; Luján, Lucas Agustín; Saura, Alicia; Jerlström Hultqvist, Jon; et al.; Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation; Academic Press Inc Elsevier Science; Genomics; 114; 5; 8-2022; 1-150888-7543CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0888754322002075info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1016/j.ygeno.2022.110462info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-10-22T11:16:36Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/221611instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-10-22 11:16:37.23CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation
title Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation
spellingShingle Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation
Rodríguez Walker, Macarena
ANTIGENIC SWITCHING
GENE EXPRESSION
GENOME ANNOTATION
IMMUNE EVASION
PARASITE
PROTOZOA
VARIANT SURFACE ANTIGENS
title_short Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation
title_full Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation
title_fullStr Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation
title_full_unstemmed Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation
title_sort Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation
dc.creator.none.fl_str_mv Rodríguez Walker, Macarena
Molina, Cecilia Rita
Luján, Lucas Agustín
Saura, Alicia
Jerlström Hultqvist, Jon
Svärd, Staffan G.
Fernandez, Elmer Andres
Lujan, Hugo Daniel
author Rodríguez Walker, Macarena
author_facet Rodríguez Walker, Macarena
Molina, Cecilia Rita
Luján, Lucas Agustín
Saura, Alicia
Jerlström Hultqvist, Jon
Svärd, Staffan G.
Fernandez, Elmer Andres
Lujan, Hugo Daniel
author_role author
author2 Molina, Cecilia Rita
Luján, Lucas Agustín
Saura, Alicia
Jerlström Hultqvist, Jon
Svärd, Staffan G.
Fernandez, Elmer Andres
Lujan, Hugo Daniel
author2_role author
author
author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv ANTIGENIC SWITCHING
GENE EXPRESSION
GENOME ANNOTATION
IMMUNE EVASION
PARASITE
PROTOZOA
VARIANT SURFACE ANTIGENS
topic ANTIGENIC SWITCHING
GENE EXPRESSION
GENOME ANNOTATION
IMMUNE EVASION
PARASITE
PROTOZOA
VARIANT SURFACE ANTIGENS
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/1.6
https://purl.org/becyt/ford/1
dc.description.none.fl_txt_mv Giardia lamblia encodes several families of cysteine-rich proteins, including the Variant-specific Surface Proteins (VSPs) involved in the process of antigenic variation. Their characteristics, definition and relationships are still controversial. An exhaustive analysis of the Cys-rich families including organization, features, evolution and levels of expression was performed, by combining pattern searches and predictions with massive sequencing techniques. Thus, a new classification for Cys-rich proteins, genes and pseudogenes that better describes their involvement in Giardia's biology is presented. Moreover, three novel characteristics exclusive to the VSP genes, comprising an Initiator element/Kozak-like sequence, an extended polyadenylation signal and a unique pattern of mutually exclusive transcript accumulation are presented, as well as the finding that High Cysteine Membrane Proteins, upregulated under stress, may protect the parasite during VSP switching. These results allow better interpretation of previous reports providing the basis for further studies of the biology of this early-branching eukaryote.
Fil: Rodríguez Walker, Macarena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Molina, Cecilia Rita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Luján, Lucas Agustín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Saura, Alicia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Jerlström Hultqvist, Jon. Universidad Católica de Córdoba; Argentina
Fil: Svärd, Staffan G.. Universidad Católica de Córdoba; Argentina
Fil: Fernandez, Elmer Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
Fil: Lujan, Hugo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
description Giardia lamblia encodes several families of cysteine-rich proteins, including the Variant-specific Surface Proteins (VSPs) involved in the process of antigenic variation. Their characteristics, definition and relationships are still controversial. An exhaustive analysis of the Cys-rich families including organization, features, evolution and levels of expression was performed, by combining pattern searches and predictions with massive sequencing techniques. Thus, a new classification for Cys-rich proteins, genes and pseudogenes that better describes their involvement in Giardia's biology is presented. Moreover, three novel characteristics exclusive to the VSP genes, comprising an Initiator element/Kozak-like sequence, an extended polyadenylation signal and a unique pattern of mutually exclusive transcript accumulation are presented, as well as the finding that High Cysteine Membrane Proteins, upregulated under stress, may protect the parasite during VSP switching. These results allow better interpretation of previous reports providing the basis for further studies of the biology of this early-branching eukaryote.
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022-08
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/221611
Rodríguez Walker, Macarena; Molina, Cecilia Rita; Luján, Lucas Agustín; Saura, Alicia; Jerlström Hultqvist, Jon; et al.; Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation; Academic Press Inc Elsevier Science; Genomics; 114; 5; 8-2022; 1-15
0888-7543
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/221611
identifier_str_mv Rodríguez Walker, Macarena; Molina, Cecilia Rita; Luján, Lucas Agustín; Saura, Alicia; Jerlström Hultqvist, Jon; et al.; Comprehensive characterization of Cysteine-rich protein-coding genes of Giardia lamblia and their role during antigenic variation; Academic Press Inc Elsevier Science; Genomics; 114; 5; 8-2022; 1-15
0888-7543
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0888754322002075
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1016/j.ygeno.2022.110462
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Academic Press Inc Elsevier Science
publisher.none.fl_str_mv Academic Press Inc Elsevier Science
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1846781617842946048
score 12.982451

Publicaciones similares