Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers

Autores
Filippi, Carla Valeria; Aguirre, Natalia Cristina; Rivas, Juan Gabriel; Zubrzycki, Jeremías Enrique; Puebla, Andrea; Cordes, Diego; Moreno, Maria V.; Fusari, Corina M.; Alvarez, Daniel; Heinz, Ruth Amelia; Hopp, Horacio Esteban; Paniego, Norma Beatriz; Lia, Verónica Viviana
Año de publicación
2014
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
BACKGROUND: Argentina has a long tradition of sunflower breeding, and its germplasm is a valuable genetic resource worldwide. However, knowledge of the genetic constitution and variability levels of the Argentinean germplasm is still scarce, rendering the global map of cultivated sunflower diversity incomplete. In this study, 42 microsatellite loci and 384 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used to characterize the first association mapping population used for quantitative trait loci mapping in sunflower, along with a selection of allied open-pollinated and composite populations from the germplasm bank of the National Institute of Agricultural Technology of Argentina. The ability of different kinds of markers to assess genetic diversity and population structure was also evaluated.
Fil: Filippi, Carla Valeria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Aguirre, Natalia Cristina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Rivas, Juan Gabriel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Zubrzycki, Jeremías Enrique. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Puebla, Andrea. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
Fil: Cordes, Diego. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; Argentina
Fil: Moreno, Maria V.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; Argentina
Fil: Fusari, Corina M.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
Fil: Alvarez, Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; Argentina
Fil: Heinz, Ruth Amelia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Hopp, Horacio Esteban. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
Fil: Paniego, Norma Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Lia, Verónica Viviana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Materia
Sunflower breeding
Genetic resources
SNP
SSR
Association mapping
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/37202
Acceder
id CONICETDig_94c80031284f664e2357ebb93732486e
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/37202
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markersFilippi, Carla ValeriaAguirre, Natalia CristinaRivas, Juan GabrielZubrzycki, Jeremías EnriquePuebla, AndreaCordes, DiegoMoreno, Maria V.Fusari, Corina M.Alvarez, DanielHeinz, Ruth AmeliaHopp, Horacio EstebanPaniego, Norma BeatrizLia, Verónica VivianaSunflower breedingGenetic resourcesSNPSSRAssociation mappinghttps://purl.org/becyt/ford/4.4https://purl.org/becyt/ford/4BACKGROUND: Argentina has a long tradition of sunflower breeding, and its germplasm is a valuable genetic resource worldwide. However, knowledge of the genetic constitution and variability levels of the Argentinean germplasm is still scarce, rendering the global map of cultivated sunflower diversity incomplete. In this study, 42 microsatellite loci and 384 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used to characterize the first association mapping population used for quantitative trait loci mapping in sunflower, along with a selection of allied open-pollinated and composite populations from the germplasm bank of the National Institute of Agricultural Technology of Argentina. The ability of different kinds of markers to assess genetic diversity and population structure was also evaluated.Fil: Filippi, Carla Valeria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Aguirre, Natalia Cristina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Rivas, Juan Gabriel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Zubrzycki, Jeremías Enrique. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Puebla, Andrea. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; ArgentinaFil: Cordes, Diego. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; ArgentinaFil: Moreno, Maria V.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; ArgentinaFil: Fusari, Corina M.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; ArgentinaFil: Alvarez, Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; ArgentinaFil: Heinz, Ruth Amelia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Hopp, Horacio Esteban. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; ArgentinaFil: Paniego, Norma Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Lia, Verónica Viviana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaBioMed Central2014-12info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/37202Filippi, Carla Valeria; Aguirre, Natalia Cristina; Rivas, Juan Gabriel; Zubrzycki, Jeremías Enrique; Puebla, Andrea; et al.; Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers; BioMed Central; BMC Plant Biology; 15; 12-2014; 1-121471-2229CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1186/s12870-014-0360-xinfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://bmcplantbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12870-014-0360-xinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-10-15T15:04:04Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/37202instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-10-15 15:04:05.083CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers
title Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers
spellingShingle Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers
Filippi, Carla Valeria
Sunflower breeding
Genetic resources
SNP
SSR
Association mapping
title_short Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers
title_full Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers
title_fullStr Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers
title_full_unstemmed Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers
title_sort Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers
dc.creator.none.fl_str_mv Filippi, Carla Valeria
Aguirre, Natalia Cristina
Rivas, Juan Gabriel
Zubrzycki, Jeremías Enrique
Puebla, Andrea
Cordes, Diego
Moreno, Maria V.
Fusari, Corina M.
Alvarez, Daniel
Heinz, Ruth Amelia
Hopp, Horacio Esteban
Paniego, Norma Beatriz
Lia, Verónica Viviana
author Filippi, Carla Valeria
author_facet Filippi, Carla Valeria
Aguirre, Natalia Cristina
Rivas, Juan Gabriel
Zubrzycki, Jeremías Enrique
Puebla, Andrea
Cordes, Diego
Moreno, Maria V.
Fusari, Corina M.
Alvarez, Daniel
Heinz, Ruth Amelia
Hopp, Horacio Esteban
Paniego, Norma Beatriz
Lia, Verónica Viviana
author_role author
author2 Aguirre, Natalia Cristina
Rivas, Juan Gabriel
Zubrzycki, Jeremías Enrique
Puebla, Andrea
Cordes, Diego
Moreno, Maria V.
Fusari, Corina M.
Alvarez, Daniel
Heinz, Ruth Amelia
Hopp, Horacio Esteban
Paniego, Norma Beatriz
Lia, Verónica Viviana
author2_role author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv Sunflower breeding
Genetic resources
SNP
SSR
Association mapping
topic Sunflower breeding
Genetic resources
SNP
SSR
Association mapping
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/4.4
https://purl.org/becyt/ford/4
dc.description.none.fl_txt_mv BACKGROUND: Argentina has a long tradition of sunflower breeding, and its germplasm is a valuable genetic resource worldwide. However, knowledge of the genetic constitution and variability levels of the Argentinean germplasm is still scarce, rendering the global map of cultivated sunflower diversity incomplete. In this study, 42 microsatellite loci and 384 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used to characterize the first association mapping population used for quantitative trait loci mapping in sunflower, along with a selection of allied open-pollinated and composite populations from the germplasm bank of the National Institute of Agricultural Technology of Argentina. The ability of different kinds of markers to assess genetic diversity and population structure was also evaluated.
Fil: Filippi, Carla Valeria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Aguirre, Natalia Cristina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Rivas, Juan Gabriel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Zubrzycki, Jeremías Enrique. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Puebla, Andrea. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
Fil: Cordes, Diego. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; Argentina
Fil: Moreno, Maria V.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; Argentina
Fil: Fusari, Corina M.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
Fil: Alvarez, Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; Argentina
Fil: Heinz, Ruth Amelia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Hopp, Horacio Esteban. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
Fil: Paniego, Norma Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Lia, Verónica Viviana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
description BACKGROUND: Argentina has a long tradition of sunflower breeding, and its germplasm is a valuable genetic resource worldwide. However, knowledge of the genetic constitution and variability levels of the Argentinean germplasm is still scarce, rendering the global map of cultivated sunflower diversity incomplete. In this study, 42 microsatellite loci and 384 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used to characterize the first association mapping population used for quantitative trait loci mapping in sunflower, along with a selection of allied open-pollinated and composite populations from the germplasm bank of the National Institute of Agricultural Technology of Argentina. The ability of different kinds of markers to assess genetic diversity and population structure was also evaluated.
publishDate 2014
dc.date.none.fl_str_mv 2014-12
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/37202
Filippi, Carla Valeria; Aguirre, Natalia Cristina; Rivas, Juan Gabriel; Zubrzycki, Jeremías Enrique; Puebla, Andrea; et al.; Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers; BioMed Central; BMC Plant Biology; 15; 12-2014; 1-12
1471-2229
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/37202
identifier_str_mv Filippi, Carla Valeria; Aguirre, Natalia Cristina; Rivas, Juan Gabriel; Zubrzycki, Jeremías Enrique; Puebla, Andrea; et al.; Population structure and genetic diversity characterization of a sunflower association mapping population using SSR and SNP markers; BioMed Central; BMC Plant Biology; 15; 12-2014; 1-12
1471-2229
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1186/s12870-014-0360-x
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://bmcplantbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12870-014-0360-x
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv BioMed Central
publisher.none.fl_str_mv BioMed Central
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1846083183873884160
score 13.22299

Publicaciones similares