An integrative, multi-omics approach towards the prioritization of Klebsiella pneumoniae drug targets

Autores
Ramos, Pablo Ivan Pereira; Fernández Do Porto, Darío Augusto; Lanzarotti, Esteban Omar; Sosa, Ezequiel; Burguener, Germán Federico; Pardo, Agustin Maria; Klein, Cecilia C.; Sagot, Marie-France; De Vasconcelos, Ana Tereza R.; Gales, Ana Cristina; Marti, Marcelo Adrian; Turjanski, Adrian; Nicolás, Marisa F.
Año de publicación
2018
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Klebsiella pneumoniae (Kp) is a globally disseminated opportunistic pathogen that can cause life-threatening infections. It has been found as the culprit of many infection outbreaks in hospital environments, being particularly aggressive towards newborns and adults under intensive care. Many Kp strains produce extended-spectrum β-lactamases, enzymes that promote resistance against antibiotics used to fight these infections. The presence of other resistance determinants leading to multidrug-resistance also limit therapeutic options, and the use of 'last-resort' drugs, such as polymyxins, is not uncommon. The global emergence and spread of resistant strains underline the need for novel antimicrobials against Kp and related bacterial pathogens. To tackle this great challenge, we generated multiple layers of 'omics' data related to Kp and prioritized proteins that could serve as attractive targets for antimicrobial development. Genomics, transcriptomics, structuromic and metabolic information were integrated in order to prioritize candidate targets, and this data compendium is freely available as a web server. Twenty-nine proteins with desirable characteristics from a drug development perspective were shortlisted, which participate in important processes such as lipid synthesis, cofactor production, and core metabolism. Collectively, our results point towards novel targets for the control of Kp and related bacterial pathogens.
Fil: Ramos, Pablo Ivan Pereira. Fundación Oswaldo Cruz; Brasil. Laboratorio Nacional de Computacao Cientifica; Brasil
Fil: Fernández Do Porto, Darío Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentina
Fil: Lanzarotti, Esteban Omar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Fil: Sosa, Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentina
Fil: Burguener, Germán Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentina
Fil: Pardo, Agustin Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
Fil: Klein, Cecilia C.. Université Claude Bernard Lyon 1; Francia. Universidad de Barcelona; España
Fil: Sagot, Marie-France. Université Claude Bernard Lyon 1; Francia
Fil: De Vasconcelos, Ana Tereza R.. Laboratorio Nacional de Computacao Cientifica; Brasil
Fil: Gales, Ana Cristina. Universidade de Sao Paulo; Brasil
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina
Fil: Turjanski, Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina
Fil: Nicolás, Marisa F.. Laboratorio Nacional de Computacao Cientifica; Brasil
Materia
Klebsiella pneumoniae
bioinformática
genómica
drug discovery
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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The presence of other resistance determinants leading to multidrug-resistance also limit therapeutic options, and the use of 'last-resort' drugs, such as polymyxins, is not uncommon. The global emergence and spread of resistant strains underline the need for novel antimicrobials against Kp and related bacterial pathogens. To tackle this great challenge, we generated multiple layers of 'omics' data related to Kp and prioritized proteins that could serve as attractive targets for antimicrobial development. Genomics, transcriptomics, structuromic and metabolic information were integrated in order to prioritize candidate targets, and this data compendium is freely available as a web server. Twenty-nine proteins with desirable characteristics from a drug development perspective were shortlisted, which participate in important processes such as lipid synthesis, cofactor production, and core metabolism. Collectively, our results point towards novel targets for the control of Kp and related bacterial pathogens.Fil: Ramos, Pablo Ivan Pereira. Fundación Oswaldo Cruz; Brasil. Laboratorio Nacional de Computacao Cientifica; BrasilFil: Fernández Do Porto, Darío Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; ArgentinaFil: Lanzarotti, Esteban Omar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Sosa, Ezequiel. 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