Analysis of genetic association using hierarchical clustering and cluster validation indices

Autores
Pagnuco, Inti Anabela; Pastore, Juan Ignacio; Abras, Guillermo; Brun, Marcel; Ballarin, Virginia Laura
Año de publicación
2017
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
It is usually assumed that co-expressed genes suggest co-regulation in the underlying regulatory network. Determining sets of co-expressed genes is an important task, based on some criteria of similarity. This task is usually performed by clustering algorithms, where the genes are clustered into meaningful groups based on their expression values in a set of experiment. In this work, we propose a method to find sets of co-expressed genes, based on cluster validation indices as a measure of similarity for individual gene groups, and a combination of variants of hierarchical clustering to generate the candidate groups. We evaluated its ability to retrieve significant sets on simulated correlated and real genomics data, where the performance is measured based on its detection ability of co-regulated sets against a full search. Additionally, we analyzed the quality of the best ranked groups using an online bioinformatics tool that provides network information for the selected genes.
Fil: Pagnuco, Inti Anabela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ingeniería. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica.; Argentina. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Matemática; Argentina
Fil: Pastore, Juan Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ingeniería. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica.; Argentina. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Matemática; Argentina
Fil: Abras, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ingeniería. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica.; Argentina. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Matemática; Argentina
Fil: Brun, Marcel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ingeniería. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica.; Argentina. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Matemática; Argentina
Fil: Ballarin, Virginia Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ingeniería. Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica.; Argentina. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Matemática; Argentina
Materia
ASSOCIATION
CLUSTERING
GENOMICS
VALIDATION INDICES
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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