Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide

Autores
Tagliotti, Martin Enrique
Año de publicación
2019
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
tesis doctoral
Estado
versión publicada
Colaborador/a o director/a de tesis
Huarte, Marcelo Atilio
Descripción
La papa (Solanun tuberosum spp. tuberosum, 2n = 4x = 48) es el cuarto cultivo alimenticio más importante del mundo. A nivel mundial, el cultivo es sembrado en 19 millones de hectáreas y su producción anual es de alrededor de 325 x 106 toneladas. En la Argentina, se siembran aproximadamente 75.500 mil hectáreas anuales, de las cuales 32 mil hectáreas se encuentran en el Sudeste de la provincia de Buenos Aires. La papa es un cultivo descripto como susceptible a la sequía, limitando las áreas de producción a zonas húmedas o bien irrigadas. Entre las especies presentes en el cultivo de papa existe gran variabilidad genotípica respecto a la tolerancia al estrés hídrico. El mapeo asociativo aprovecha la diversidad existente en el germoplasma estudiado para identificar alelos y loci vinculados a un rasgo de interés como la tolerancia a estrés hídrico por sequía sin la necesidad de construir poblaciones de mapeo. En este trabajo se evaluó la estructura poblacional y la diversidad genética en un panel de mapeo asociativo vinculado al germoplasma del Programa de Mejoramiento Genético de Papa de la EEA INTA-Balcarce que incluyó genotipos pertenecientes a Solanun tuberosum spp. tuberosum, S. tuberosum spp. andígena, S. tarijense y S. chacoense mediante dos aproximaciones: utilizando marcadores moleculares (SNPs) y por medio de marcadores fenotípicos de fácil medición. En complementación, se calcularon predictores lineales insesgados (BLUPs) para rasgos fenotípicos asociados a la tolerancia al estrés por sequía en ambientes con regímenes hídricos contrastantes. Finalmente, a partir de los valores BLUPs se realizó un análisis por mapeo asociativo para evaluar la asociación de éstos con la variación genotípica evidenciada por el genotipado de la población mediante marcadores tipo SNPs. Se utilizó como cofactores fijos la estructura poblacional y la matriz de parentesco. La estructura de la población estudiada mediante el uso por marcadores tipo SNPs se asoció con el origen del germoplasma evaluado. Los rasgos fenotípicos de fácil medición mostraron capacidad preliminar para agrupar poblaciones de papa de diverso origen, grupo taxonómico y nivel de ploidía. En general las variables fenotípicas evaluadas en ambientes con regímenes hídricos contrastantes mostraron respuesta diferencial frente al estrés. Los BLUPs permitieron generar un ordenamiento de genotipos con buena respuesta frente al estrés hídrico por sequía. Mediante el análisis molecular se observó desequilibrio de ligamiento en cada uno de los cromosomas de la papa. Posteriormente, se encontraron asociaciones significativas entre los marcadores moleculares y los fenotípicos asociados al rendimiento, concentración de prolina y consumo de agua. Los marcadores asociados a la concentración de prolina y consumo de agua se vincularon con genes candidatos de respuesta a estrés. Los análisis conducidos en la presente tesis permitieron (i) evidenciar la variabilidad genética en la población de papa utilizada, (ii) validar la capacidad selectiva de los predictores insesgados tipo BLUPs de los rasgos fenotípicos evaluados para la tolerancia a estrés hídrico por sequía y por último (iii) proponer posibles QTLs asociados a la tolerancia a estrés por sequía.
Fil: Tagliotti, Martin Enrique. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; Argentina
Materia
Mapeo Asociativo
Mejoramiento Genético
Sequía
Papa
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/80405

id CONICETDig_4929f9f58bc296679adad1b790091ceb
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/80405
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploideTagliotti, Martin EnriqueMapeo AsociativoMejoramiento GenéticoSequíaPapahttps://purl.org/becyt/ford/4.1https://purl.org/becyt/ford/4La papa (Solanun tuberosum spp. tuberosum, 2n = 4x = 48) es el cuarto cultivo alimenticio más importante del mundo. A nivel mundial, el cultivo es sembrado en 19 millones de hectáreas y su producción anual es de alrededor de 325 x 106 toneladas. En la Argentina, se siembran aproximadamente 75.500 mil hectáreas anuales, de las cuales 32 mil hectáreas se encuentran en el Sudeste de la provincia de Buenos Aires. La papa es un cultivo descripto como susceptible a la sequía, limitando las áreas de producción a zonas húmedas o bien irrigadas. Entre las especies presentes en el cultivo de papa existe gran variabilidad genotípica respecto a la tolerancia al estrés hídrico. El mapeo asociativo aprovecha la diversidad existente en el germoplasma estudiado para identificar alelos y loci vinculados a un rasgo de interés como la tolerancia a estrés hídrico por sequía sin la necesidad de construir poblaciones de mapeo. En este trabajo se evaluó la estructura poblacional y la diversidad genética en un panel de mapeo asociativo vinculado al germoplasma del Programa de Mejoramiento Genético de Papa de la EEA INTA-Balcarce que incluyó genotipos pertenecientes a Solanun tuberosum spp. tuberosum, S. tuberosum spp. andígena, S. tarijense y S. chacoense mediante dos aproximaciones: utilizando marcadores moleculares (SNPs) y por medio de marcadores fenotípicos de fácil medición. En complementación, se calcularon predictores lineales insesgados (BLUPs) para rasgos fenotípicos asociados a la tolerancia al estrés por sequía en ambientes con regímenes hídricos contrastantes. Finalmente, a partir de los valores BLUPs se realizó un análisis por mapeo asociativo para evaluar la asociación de éstos con la variación genotípica evidenciada por el genotipado de la población mediante marcadores tipo SNPs. Se utilizó como cofactores fijos la estructura poblacional y la matriz de parentesco. La estructura de la población estudiada mediante el uso por marcadores tipo SNPs se asoció con el origen del germoplasma evaluado. Los rasgos fenotípicos de fácil medición mostraron capacidad preliminar para agrupar poblaciones de papa de diverso origen, grupo taxonómico y nivel de ploidía. En general las variables fenotípicas evaluadas en ambientes con regímenes hídricos contrastantes mostraron respuesta diferencial frente al estrés. Los BLUPs permitieron generar un ordenamiento de genotipos con buena respuesta frente al estrés hídrico por sequía. Mediante el análisis molecular se observó desequilibrio de ligamiento en cada uno de los cromosomas de la papa. Posteriormente, se encontraron asociaciones significativas entre los marcadores moleculares y los fenotípicos asociados al rendimiento, concentración de prolina y consumo de agua. Los marcadores asociados a la concentración de prolina y consumo de agua se vincularon con genes candidatos de respuesta a estrés. Los análisis conducidos en la presente tesis permitieron (i) evidenciar la variabilidad genética en la población de papa utilizada, (ii) validar la capacidad selectiva de los predictores insesgados tipo BLUPs de los rasgos fenotípicos evaluados para la tolerancia a estrés hídrico por sequía y por último (iii) proponer posibles QTLs asociados a la tolerancia a estrés por sequía.Fil: Tagliotti, Martin Enrique. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; ArgentinaHuarte, Marcelo Atilio2019-03-29info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06info:ar-repo/semantics/tesisDoctoralapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/80405Tagliotti, Martin Enrique; Huarte, Marcelo Atilio; Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide; 29-3-2019CONICET DigitalCONICETspainfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-09-29T10:06:57Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/80405instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-29 10:06:57.785CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide
title Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide
spellingShingle Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide
Tagliotti, Martin Enrique
Mapeo Asociativo
Mejoramiento Genético
Sequía
Papa
title_short Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide
title_full Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide
title_fullStr Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide
title_full_unstemmed Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide
title_sort Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide
dc.creator.none.fl_str_mv Tagliotti, Martin Enrique
author Tagliotti, Martin Enrique
author_facet Tagliotti, Martin Enrique
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Huarte, Marcelo Atilio
dc.subject.none.fl_str_mv Mapeo Asociativo
Mejoramiento Genético
Sequía
Papa
topic Mapeo Asociativo
Mejoramiento Genético
Sequía
Papa
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/4.1
https://purl.org/becyt/ford/4
dc.description.none.fl_txt_mv La papa (Solanun tuberosum spp. tuberosum, 2n = 4x = 48) es el cuarto cultivo alimenticio más importante del mundo. A nivel mundial, el cultivo es sembrado en 19 millones de hectáreas y su producción anual es de alrededor de 325 x 106 toneladas. En la Argentina, se siembran aproximadamente 75.500 mil hectáreas anuales, de las cuales 32 mil hectáreas se encuentran en el Sudeste de la provincia de Buenos Aires. La papa es un cultivo descripto como susceptible a la sequía, limitando las áreas de producción a zonas húmedas o bien irrigadas. Entre las especies presentes en el cultivo de papa existe gran variabilidad genotípica respecto a la tolerancia al estrés hídrico. El mapeo asociativo aprovecha la diversidad existente en el germoplasma estudiado para identificar alelos y loci vinculados a un rasgo de interés como la tolerancia a estrés hídrico por sequía sin la necesidad de construir poblaciones de mapeo. En este trabajo se evaluó la estructura poblacional y la diversidad genética en un panel de mapeo asociativo vinculado al germoplasma del Programa de Mejoramiento Genético de Papa de la EEA INTA-Balcarce que incluyó genotipos pertenecientes a Solanun tuberosum spp. tuberosum, S. tuberosum spp. andígena, S. tarijense y S. chacoense mediante dos aproximaciones: utilizando marcadores moleculares (SNPs) y por medio de marcadores fenotípicos de fácil medición. En complementación, se calcularon predictores lineales insesgados (BLUPs) para rasgos fenotípicos asociados a la tolerancia al estrés por sequía en ambientes con regímenes hídricos contrastantes. Finalmente, a partir de los valores BLUPs se realizó un análisis por mapeo asociativo para evaluar la asociación de éstos con la variación genotípica evidenciada por el genotipado de la población mediante marcadores tipo SNPs. Se utilizó como cofactores fijos la estructura poblacional y la matriz de parentesco. La estructura de la población estudiada mediante el uso por marcadores tipo SNPs se asoció con el origen del germoplasma evaluado. Los rasgos fenotípicos de fácil medición mostraron capacidad preliminar para agrupar poblaciones de papa de diverso origen, grupo taxonómico y nivel de ploidía. En general las variables fenotípicas evaluadas en ambientes con regímenes hídricos contrastantes mostraron respuesta diferencial frente al estrés. Los BLUPs permitieron generar un ordenamiento de genotipos con buena respuesta frente al estrés hídrico por sequía. Mediante el análisis molecular se observó desequilibrio de ligamiento en cada uno de los cromosomas de la papa. Posteriormente, se encontraron asociaciones significativas entre los marcadores moleculares y los fenotípicos asociados al rendimiento, concentración de prolina y consumo de agua. Los marcadores asociados a la concentración de prolina y consumo de agua se vincularon con genes candidatos de respuesta a estrés. Los análisis conducidos en la presente tesis permitieron (i) evidenciar la variabilidad genética en la población de papa utilizada, (ii) validar la capacidad selectiva de los predictores insesgados tipo BLUPs de los rasgos fenotípicos evaluados para la tolerancia a estrés hídrico por sequía y por último (iii) proponer posibles QTLs asociados a la tolerancia a estrés por sequía.
Fil: Tagliotti, Martin Enrique. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; Argentina
description La papa (Solanun tuberosum spp. tuberosum, 2n = 4x = 48) es el cuarto cultivo alimenticio más importante del mundo. A nivel mundial, el cultivo es sembrado en 19 millones de hectáreas y su producción anual es de alrededor de 325 x 106 toneladas. En la Argentina, se siembran aproximadamente 75.500 mil hectáreas anuales, de las cuales 32 mil hectáreas se encuentran en el Sudeste de la provincia de Buenos Aires. La papa es un cultivo descripto como susceptible a la sequía, limitando las áreas de producción a zonas húmedas o bien irrigadas. Entre las especies presentes en el cultivo de papa existe gran variabilidad genotípica respecto a la tolerancia al estrés hídrico. El mapeo asociativo aprovecha la diversidad existente en el germoplasma estudiado para identificar alelos y loci vinculados a un rasgo de interés como la tolerancia a estrés hídrico por sequía sin la necesidad de construir poblaciones de mapeo. En este trabajo se evaluó la estructura poblacional y la diversidad genética en un panel de mapeo asociativo vinculado al germoplasma del Programa de Mejoramiento Genético de Papa de la EEA INTA-Balcarce que incluyó genotipos pertenecientes a Solanun tuberosum spp. tuberosum, S. tuberosum spp. andígena, S. tarijense y S. chacoense mediante dos aproximaciones: utilizando marcadores moleculares (SNPs) y por medio de marcadores fenotípicos de fácil medición. En complementación, se calcularon predictores lineales insesgados (BLUPs) para rasgos fenotípicos asociados a la tolerancia al estrés por sequía en ambientes con regímenes hídricos contrastantes. Finalmente, a partir de los valores BLUPs se realizó un análisis por mapeo asociativo para evaluar la asociación de éstos con la variación genotípica evidenciada por el genotipado de la población mediante marcadores tipo SNPs. Se utilizó como cofactores fijos la estructura poblacional y la matriz de parentesco. La estructura de la población estudiada mediante el uso por marcadores tipo SNPs se asoció con el origen del germoplasma evaluado. Los rasgos fenotípicos de fácil medición mostraron capacidad preliminar para agrupar poblaciones de papa de diverso origen, grupo taxonómico y nivel de ploidía. En general las variables fenotípicas evaluadas en ambientes con regímenes hídricos contrastantes mostraron respuesta diferencial frente al estrés. Los BLUPs permitieron generar un ordenamiento de genotipos con buena respuesta frente al estrés hídrico por sequía. Mediante el análisis molecular se observó desequilibrio de ligamiento en cada uno de los cromosomas de la papa. Posteriormente, se encontraron asociaciones significativas entre los marcadores moleculares y los fenotípicos asociados al rendimiento, concentración de prolina y consumo de agua. Los marcadores asociados a la concentración de prolina y consumo de agua se vincularon con genes candidatos de respuesta a estrés. Los análisis conducidos en la presente tesis permitieron (i) evidenciar la variabilidad genética en la población de papa utilizada, (ii) validar la capacidad selectiva de los predictores insesgados tipo BLUPs de los rasgos fenotípicos evaluados para la tolerancia a estrés hídrico por sequía y por último (iii) proponer posibles QTLs asociados a la tolerancia a estrés por sequía.
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019-03-29
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_db06
info:ar-repo/semantics/tesisDoctoral
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/80405
Tagliotti, Martin Enrique; Huarte, Marcelo Atilio; Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide; 29-3-2019
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/80405
identifier_str_mv Tagliotti, Martin Enrique; Huarte, Marcelo Atilio; Mapeo asociativo y análisis de desequilibrio de ligamiento para la identificación de genes de tolerancia a estrés abiótico en papa tetraploide; 29-3-2019
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv spa
language spa
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1844613924570267648
score 13.070432