Transcriptome and microbiome-immune changes across preinvasive and invasive anal cancer lesions

Autores
Lacunza, Ezequiel; Fink, Valeria; Salas, María Eugenia; Gun, Ana M.; Basiletti, Jorge Alejandro; Picconi, María Alejandra; Golubicki, Mariano; Robbio, Juan; Kujaruk, Mirta; Iseas, Soledad; Williams, Sion L.; Figueroa, María; Coso, Omar Adrian; Cahn, Pedro; Ramos, Juan Carlos; Abba, Martín Carlos
Año de publicación
2024
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Anal squamous cell carcinoma (ASCC) is a rare gastrointestinal malignancy linked to high-risk human papillomavirus (HPV) infection, which develops from precursor lesions like low-grade squamous intraepithelial lesions and high-grade squamous intraepithelial lesions (HGSILs). ASCC incidence varies across populations and poses increased risk for people living with HIV. Our investigation focused on transcriptomic and metatranscriptomic changes from squamous intraepithelial lesions to ASCC. Metatranscriptomic analysis highlighted specific bacterial species (e.g., Fusobacterium nucleatum, Bacteroides fragilis) more prevalent in ASCC than precancerous lesions. These species correlated with gene-encoding enzymes (Acca, glyQ, eno, pgk, por) and oncoproteins (FadA, dnaK), presenting potential diagnostic or treatment markers. Unsupervised transcriptomic analysis identified distinct sample clusters reflecting histological diagnosis, immune infiltrate, HIV/HPV status, and pathway activities, recapitulating anal cancer progression’s natural history. Our study unveiled molecular mechanisms in anal cancer progression, aiding in stratifying HGSIL cases based on low or high risk of progression to malignancy.
Fil: Lacunza, Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina. University of Miami; Estados Unidos
Fil: Fink, Valeria. Fundación Huésped; Argentina. University of Miami; Estados Unidos
Fil: Salas, María Eugenia. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina. University of Miami; Estados Unidos
Fil: Gun, Ana M.. Miami University. School Of Medicine; Estados Unidos. Fundación Huésped; Argentina
Fil: Basiletti, Jorge Alejandro. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; Argentina
Fil: Picconi, María Alejandra. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; Argentina
Fil: Golubicki, Mariano. Miami University. School Of Medicine; Estados Unidos. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Gastroenterología "Dr. Carlos B. Udaondo"; Argentina
Fil: Robbio, Juan. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Gastroenterología "Dr. Carlos B. Udaondo"; Argentina
Fil: Kujaruk, Mirta. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Gastroenterología "Dr. Carlos B. Udaondo"; Argentina
Fil: Iseas, Soledad. Paris-St Joseph Hospital; Francia
Fil: Williams, Sion L.. Miami University. School Of Medicine; Estados Unidos
Fil: Figueroa, María. University of Miami; Estados Unidos
Fil: Coso, Omar Adrian. University of Miami; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias; Argentina
Fil: Cahn, Pedro. University of Miami; Estados Unidos. Fundación Huésped; Argentina
Fil: Ramos, Juan Carlos. Miami University. School Of Medicine; Estados Unidos
Fil: Abba, Martín Carlos. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina. University of Miami; Estados Unidos
Materia
Microbiome
AIDS / HIV
Cancer
ASCC
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
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Metatranscriptomic analysis highlighted specific bacterial species (e.g., Fusobacterium nucleatum, Bacteroides fragilis) more prevalent in ASCC than precancerous lesions. These species correlated with gene-encoding enzymes (Acca, glyQ, eno, pgk, por) and oncoproteins (FadA, dnaK), presenting potential diagnostic or treatment markers. Unsupervised transcriptomic analysis identified distinct sample clusters reflecting histological diagnosis, immune infiltrate, HIV/HPV status, and pathway activities, recapitulating anal cancer progression’s natural history. Our study unveiled molecular mechanisms in anal cancer progression, aiding in stratifying HGSIL cases based on low or high risk of progression to malignancy.Fil: Lacunza, Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina. University of Miami; Estados UnidosFil: Fink, Valeria. 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University of Miami; Estados UnidosAmerican Society for Clinical Investigation2024-07info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/268168Lacunza, Ezequiel; Fink, Valeria; Salas, María Eugenia; Gun, Ana M.; Basiletti, Jorge Alejandro; et al.; Transcriptome and microbiome-immune changes across preinvasive and invasive anal cancer lesions; American Society for Clinical Investigation; JCI Insight; 9; 16; 7-2024; 1-232379-3708CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://insight.jci.org/articles/view/180907info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1172/jci.insight.180907info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-09-03T10:10:27Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/268168instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-03 10:10:27.794CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
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