The Rhinella arenarum transcriptome: de novo assembly, annotation and gene prediction

Autores
Ceschin, Danilo Guillermo; Pires, Natalia Susana; Mardirosian, Mariana Noelia; Lascano, Cecilia Inés; Venturino, Andres
Año de publicación
2020
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
The common toad Rhinella arenarum is widely distributed in Argentina, where it is utilised as an autochthonous model in ecotoxicological research and environmental toxicology. However, the lack of a reference genome makes molecular assays and gene expression studies difcult to carry out on this non-model species. To address this issue, we performed a genome-wide transcriptome analysis on R. arenarum larvae through massive RNA sequencing, followed by de novo assembly, annotation, and gene prediction. We obtained 57,407 well-annotated transcripts representing 99.4% of transcriptome completeness (available at http://rhinella.uncoma.edu.ar). We also defned a set of 52,800 highconfdence lncRNA transcripts and demonstrated the reliability of the transcriptome data to perform phylogenetic analysis. Our comprehensive transcriptome analysis of R. arenarum represents a valuable resource to perform functional genomic studies and to identify potential molecular biomarkers in ecotoxicological research.
Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Instituto Universitario de Ciencias Biomédicas de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina
Fil: Pires, Natalia Susana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina
Fil: Mardirosian, Mariana Noelia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina
Fil: Lascano, Cecilia Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina
Fil: Venturino, Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina
Materia
Rhinella arenarum
Ecotoxicology
Gene prediction
Transcriptome
Rhinella arenarum
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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