The Rhinella arenarum transcriptome: de novo assembly, annotation and gene prediction
- Autores
- Ceschin, Danilo Guillermo; Pires, Natalia Susana; Mardirosian, Mariana Noelia; Lascano, Cecilia Inés; Venturino, Andres
- Año de publicación
- 2020
- Idioma
- inglés
- Tipo de recurso
- artículo
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- The common toad Rhinella arenarum is widely distributed in Argentina, where it is utilised as an autochthonous model in ecotoxicological research and environmental toxicology. However, the lack of a reference genome makes molecular assays and gene expression studies difcult to carry out on this non-model species. To address this issue, we performed a genome-wide transcriptome analysis on R. arenarum larvae through massive RNA sequencing, followed by de novo assembly, annotation, and gene prediction. We obtained 57,407 well-annotated transcripts representing 99.4% of transcriptome completeness (available at http://rhinella.uncoma.edu.ar). We also defned a set of 52,800 highconfdence lncRNA transcripts and demonstrated the reliability of the transcriptome data to perform phylogenetic analysis. Our comprehensive transcriptome analysis of R. arenarum represents a valuable resource to perform functional genomic studies and to identify potential molecular biomarkers in ecotoxicological research.
Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Instituto Universitario de Ciencias Biomédicas de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina
Fil: Pires, Natalia Susana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina
Fil: Mardirosian, Mariana Noelia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina
Fil: Lascano, Cecilia Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina
Fil: Venturino, Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue; Argentina - Materia
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Rhinella arenarum
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Gene prediction
Transcriptome
Rhinella arenarum - Nivel de accesibilidad
- acceso abierto
- Condiciones de uso
- https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
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The Rhinella arenarum transcriptome: de novo assembly, annotation and gene predictionCeschin, Danilo GuillermoPires, Natalia SusanaMardirosian, Mariana NoeliaLascano, Cecilia InésVenturino, AndresRhinella arenarumEcotoxicologyGene predictionTranscriptomeRhinella arenarumhttps://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1The common toad Rhinella arenarum is widely distributed in Argentina, where it is utilised as an autochthonous model in ecotoxicological research and environmental toxicology. However, the lack of a reference genome makes molecular assays and gene expression studies difcult to carry out on this non-model species. To address this issue, we performed a genome-wide transcriptome analysis on R. arenarum larvae through massive RNA sequencing, followed by de novo assembly, annotation, and gene prediction. We obtained 57,407 well-annotated transcripts representing 99.4% of transcriptome completeness (available at http://rhinella.uncoma.edu.ar). We also defned a set of 52,800 highconfdence lncRNA transcripts and demonstrated the reliability of the transcriptome data to perform phylogenetic analysis. Our comprehensive transcriptome analysis of R. arenarum represents a valuable resource to perform functional genomic studies and to identify potential molecular biomarkers in ecotoxicological research.Fil: Ceschin, Danilo Guillermo. Instituto Universitario de Ciencias Biomédicas de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. Instituto de Biotecnología Agropecuaria del Comahue | Universidad Nacional del Comahue. Facultad de Ciencias Agrarias. Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue. 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