Genome and trascriptome analysis of the Mesoamerican common bean and the role of gene duplications in establishing tissue and temporal specialization of genes

• Autores: Vlasova, Anna; Capella Gutiérrez, Salvador; Rendón Anaya, Martha; Hernández Oñate, Miguel; Minoche, André E.; Erb, Ionas; Câmara, Francisco; Prieto Barja, Pablo; Corvelo, André; Sanseverino, Walter; Westergaard, Gastón; Dohm, Juliane C.; Pappas Jr., Georgios J.; Saburido Alvarez, Soledad; Kedra, Darek; Gonzalez, Irene; Cozzuto, Luca; Gómez Garrido, Jessica; Aguilar Morón, María A.; Andreu, Nuria; Aguilar, Orlando Mario; Garcia Mas, Jordi; Zehnsdorf, Maik; Vazquez, Martin Pablo; Delgado Salinas, Alfonso; Delaye, Luis; Lowy, Ernesto; Mentaberry, Alejandro Nestor; Vianello Brondani, Rosana P.; García, José Luís; Alioto, Tyler; Sánchez, Federico; Himmelbauer, Heinz; Santalla, Marta; Notredame, Cedric; Gabaldón, Toni; Herrera Estrella, Alfredo; Guigó, Roderic
• Año de publicación: 2016
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Materia: Genome; Common bean; transcriptome
• Institución: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

We report the genome and the transcription atlas of coding and non-coding genes of a Mesoamerican genotype of common bean (Phaseolus vulgaris L., BAT93). Using a comprehensive phylogenomics analysis, we assessed the past and recent evolution of common bean, and traced the diversification of patterns of gene expression following duplication. We find that successive rounds of gene duplications in legumes have shaped tissue and developmental expression, leading to increased levels of specialization in larger gene families. We also find that many long non-coding RNAs are preferentially expressed in germ-line-related tissues (pods and seeds), suggesting that they play a significant role in fruit development. Our results also suggest that most bean-specific gene family expansions, including resistance gene clusters, predate the split of the Mesoamerican and Andean gene pools.
Fil: Vlasova, Anna. Centro de Regulación Genómica; España
Fil: Capella Gutiérrez, Salvador. Centro de Regulación Genómica; España. Fungal Biodiversity Centre. Yeast and Basidiomycete Research Group; Países Bajos. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Rendón Anaya, Martha. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad; México
Fil: Hernández Oñate, Miguel. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad; México
Fil: Minoche, André E.. Garvan Institute of Medical Research; Australia
Fil: Erb, Ionas. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Câmara, Francisco. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Prieto Barja, Pablo. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Corvelo, André. New York Genome Center; Estados Unidos
Fil: Sanseverino, Walter. Centre for Research in Agricultural Genomics; España
Fil: Westergaard, Gastón. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina
Fil: Dohm, Juliane C.. University of Natural Resources and Life Sciences. Department of Biotechnology; Austria
Fil: Pappas Jr., Georgios J.. Universidade do Brasília; Brasil
Fil: Saburido Alvarez, Soledad. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad; México
Fil: Kedra, Darek. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Gonzalez, Irene. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Cozzuto, Luca. Universitat Pompeu Fabra; España. Centro de Regulación Genómica; España
Fil: Gómez Garrido, Jessica. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Aguilar Morón, María A.. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Andreu, Nuria. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Aguilar, Orlando Mario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Garcia Mas, Jordi. Centre for Research in Agricultural Genomics; España
Fil: Zehnsdorf, Maik. Universitat Pompeu Fabra; España. Centro de Regulación Genómica; España
Fil: Vazquez, Martin Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina
Fil: Delgado Salinas, Alfonso. Universidad Nacional Autónoma de México. Instituto de Biología. Departamento de Botánica; México
Fil: Delaye, Luis. Cinvestav. Unidad Irapuato. Departamento de Ingeniería Genética; México
Fil: Lowy, Ernesto. European Molecular Biology Laboratory; Reino Unido
Fil: Mentaberry, Alejandro Nestor. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Vianello Brondani, Rosana P.. Ministerio da Agricultura Pecuaria e Abastecimento de Brasil. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria; Brasil
Fil: García, José Luís. Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Centro de Investigaciones Biológicas. Departamento de Biología Medioambiental; España
Fil: Alioto, Tyler. Universitat Pompeu Fabra; España. Centro de Regulación Genómica; España
Fil: Sánchez, Federico. Universidad Nacional Autónoma de México. Instituto Biotecnología. Departamento de Biología Molecular de Plantas; México
Fil: Himmelbauer, Heinz. University of Natural Resources and Life Sciences. Department of Biotechnology; Austria
Fil: Santalla, Marta. Misión Biológica de Galicia; España
Fil: Notredame, Cedric. Centro de Regulación Genómica; España
Fil: Gabaldón, Toni. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
Fil: Herrera Estrella, Alfredo. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad; México
Fil: Guigó, Roderic. Universitat Pompeu Fabra; España. Centro de Regulación Genómica; España