New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone

Autores
Knecht, Camila Ayelén; Allende, Natalia García; Alvarez, Verónica Elizabeth; Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia; Mariana, Massó; Campos, Josefina; Fox, Barbara; Alonso, Fernando Martin; Donis, Nicolás; Fernández Canigia, Liliana; Quiroga, María Paula; Centron, Daniela
Año de publicación
2022
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Objectives: Enterobacter cloacae complex (ECC) has lately awakened interest due to its increasing resistance to carbapenems codified by several genes all over the globe. Even though there are some sequence types (ST) which represent high-risk clones, there is substantial clonal diversity in the ECC. This work aimed to perform whole-genome sequencing (WGS), genomic analysis and phylogenetic studies of a KPC-producing multidrug-resistant (MDR) ECC isolate from Argentina.Methods: We analysed the genome of an MDR KPC-producing ECC strain isolated from a urine sample from a patient in a hospital in Argentina. The WGS was done by Illumina MiSeq-I. The genome was assembled with SPAdes 3.9.0, and annotated with PROKKA, RAST, and Blast. Plasmids were identified with PlasmidFinder. Antibiotic resistance genes were detected using RESfinder, CARD, and Blastn. STs were identified with pubMLST.Results: The strain was identified as Enterobacter hormaechei which is an important emerging human pathogen. No ST could be assigned; 6 out of 7 alleles of multilocus sequence typing (MLST) were the same as for E. hormaechei ST66, which is a high-risk clone. We found multiple acquired antibiotic resistance genes including blaKPC-2 in an IncM1 plasmid, and a secretion system VI, which can favour the prevalence of ECC strains while competing with other bacteria.Conclusions: Due to its MLST profile being so close to E. hormaechei ST66, the acquisition of multiple resistance genes, and the presence of the secretion systems, the potential of this strain for becoming a new high-risk clone cannot be discarded.
Fil: Knecht, Camila Ayelén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Allende, Natalia García. Hospital Alemán; Argentina
Fil: Alvarez, Verónica Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Universidad Nacional de Lomas de Zamora; Argentina
Fil: Mariana, Massó. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Campos, Josefina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; Argentina
Fil: Fox, Barbara. Hospital Alemán; Argentina
Fil: Alonso, Fernando Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Donis, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Fernández Canigia, Liliana. Hospital Aleman; Argentina
Fil: Quiroga, María Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Materia
Enterobacter cloacae
Complex blaKPC-2
Argentina
Carbapenem-resistance
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/267777
Acceder
id CONICETDig_1b5347f7ea0475f04c71f2dfac1f5a44
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/267777
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk cloneKnecht, Camila AyelénAllende, Natalia GarcíaAlvarez, Verónica ElizabethPrack Mc Cormick, Bárbara PatriciaMariana, MassóCampos, JosefinaFox, BarbaraAlonso, Fernando MartinDonis, NicolásFernández Canigia, LilianaQuiroga, María PaulaCentron, DanielaEnterobacter cloacaeComplex blaKPC-2ArgentinaCarbapenem-resistancehttps://purl.org/becyt/ford/3.3https://purl.org/becyt/ford/3Objectives: Enterobacter cloacae complex (ECC) has lately awakened interest due to its increasing resistance to carbapenems codified by several genes all over the globe. Even though there are some sequence types (ST) which represent high-risk clones, there is substantial clonal diversity in the ECC. This work aimed to perform whole-genome sequencing (WGS), genomic analysis and phylogenetic studies of a KPC-producing multidrug-resistant (MDR) ECC isolate from Argentina.Methods: We analysed the genome of an MDR KPC-producing ECC strain isolated from a urine sample from a patient in a hospital in Argentina. The WGS was done by Illumina MiSeq-I. The genome was assembled with SPAdes 3.9.0, and annotated with PROKKA, RAST, and Blast. Plasmids were identified with PlasmidFinder. Antibiotic resistance genes were detected using RESfinder, CARD, and Blastn. STs were identified with pubMLST.Results: The strain was identified as Enterobacter hormaechei which is an important emerging human pathogen. No ST could be assigned; 6 out of 7 alleles of multilocus sequence typing (MLST) were the same as for E. hormaechei ST66, which is a high-risk clone. We found multiple acquired antibiotic resistance genes including blaKPC-2 in an IncM1 plasmid, and a secretion system VI, which can favour the prevalence of ECC strains while competing with other bacteria.Conclusions: Due to its MLST profile being so close to E. hormaechei ST66, the acquisition of multiple resistance genes, and the presence of the secretion systems, the potential of this strain for becoming a new high-risk clone cannot be discarded.Fil: Knecht, Camila Ayelén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Allende, Natalia García. Hospital Alemán; ArgentinaFil: Alvarez, Verónica Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Universidad Nacional de Lomas de Zamora; ArgentinaFil: Mariana, Massó. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Campos, Josefina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Fox, Barbara. Hospital Alemán; ArgentinaFil: Alonso, Fernando Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Donis, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Fernández Canigia, Liliana. Hospital Aleman; ArgentinaFil: Quiroga, María Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaElsevier2022-12info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/267777Knecht, Camila Ayelén; Allende, Natalia García; Alvarez, Verónica Elizabeth; Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia; Mariana, Massó; et al.; New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone; Elsevier; Journal of Global Antimicrobial Resistance; 31; 12-2022; 162-1642213-7165CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2213716522002065info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1016/j.jgar.2022.08.015info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-09-29T09:46:14Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/267777instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-29 09:46:14.681CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone
title New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone
spellingShingle New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone
Knecht, Camila Ayelén
Enterobacter cloacae
Complex blaKPC-2
Argentina
Carbapenem-resistance
title_short New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone
title_full New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone
title_fullStr New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone
title_full_unstemmed New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone
title_sort New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone
dc.creator.none.fl_str_mv Knecht, Camila Ayelén
Allende, Natalia García
Alvarez, Verónica Elizabeth
Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia
Mariana, Massó
Campos, Josefina
Fox, Barbara
Alonso, Fernando Martin
Donis, Nicolás
Fernández Canigia, Liliana
Quiroga, María Paula
Centron, Daniela
author Knecht, Camila Ayelén
author_facet Knecht, Camila Ayelén
Allende, Natalia García
Alvarez, Verónica Elizabeth
Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia
Mariana, Massó
Campos, Josefina
Fox, Barbara
Alonso, Fernando Martin
Donis, Nicolás
Fernández Canigia, Liliana
Quiroga, María Paula
Centron, Daniela
author_role author
author2 Allende, Natalia García
Alvarez, Verónica Elizabeth
Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia
Mariana, Massó
Campos, Josefina
Fox, Barbara
Alonso, Fernando Martin
Donis, Nicolás
Fernández Canigia, Liliana
Quiroga, María Paula
Centron, Daniela
author2_role author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv Enterobacter cloacae
Complex blaKPC-2
Argentina
Carbapenem-resistance
topic Enterobacter cloacae
Complex blaKPC-2
Argentina
Carbapenem-resistance
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/3.3
https://purl.org/becyt/ford/3
dc.description.none.fl_txt_mv Objectives: Enterobacter cloacae complex (ECC) has lately awakened interest due to its increasing resistance to carbapenems codified by several genes all over the globe. Even though there are some sequence types (ST) which represent high-risk clones, there is substantial clonal diversity in the ECC. This work aimed to perform whole-genome sequencing (WGS), genomic analysis and phylogenetic studies of a KPC-producing multidrug-resistant (MDR) ECC isolate from Argentina.Methods: We analysed the genome of an MDR KPC-producing ECC strain isolated from a urine sample from a patient in a hospital in Argentina. The WGS was done by Illumina MiSeq-I. The genome was assembled with SPAdes 3.9.0, and annotated with PROKKA, RAST, and Blast. Plasmids were identified with PlasmidFinder. Antibiotic resistance genes were detected using RESfinder, CARD, and Blastn. STs were identified with pubMLST.Results: The strain was identified as Enterobacter hormaechei which is an important emerging human pathogen. No ST could be assigned; 6 out of 7 alleles of multilocus sequence typing (MLST) were the same as for E. hormaechei ST66, which is a high-risk clone. We found multiple acquired antibiotic resistance genes including blaKPC-2 in an IncM1 plasmid, and a secretion system VI, which can favour the prevalence of ECC strains while competing with other bacteria.Conclusions: Due to its MLST profile being so close to E. hormaechei ST66, the acquisition of multiple resistance genes, and the presence of the secretion systems, the potential of this strain for becoming a new high-risk clone cannot be discarded.
Fil: Knecht, Camila Ayelén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Allende, Natalia García. Hospital Alemán; Argentina
Fil: Alvarez, Verónica Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Universidad Nacional de Lomas de Zamora; Argentina
Fil: Mariana, Massó. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Campos, Josefina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; Argentina
Fil: Fox, Barbara. Hospital Alemán; Argentina
Fil: Alonso, Fernando Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Donis, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Fernández Canigia, Liliana. Hospital Aleman; Argentina
Fil: Quiroga, María Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
description Objectives: Enterobacter cloacae complex (ECC) has lately awakened interest due to its increasing resistance to carbapenems codified by several genes all over the globe. Even though there are some sequence types (ST) which represent high-risk clones, there is substantial clonal diversity in the ECC. This work aimed to perform whole-genome sequencing (WGS), genomic analysis and phylogenetic studies of a KPC-producing multidrug-resistant (MDR) ECC isolate from Argentina.Methods: We analysed the genome of an MDR KPC-producing ECC strain isolated from a urine sample from a patient in a hospital in Argentina. The WGS was done by Illumina MiSeq-I. The genome was assembled with SPAdes 3.9.0, and annotated with PROKKA, RAST, and Blast. Plasmids were identified with PlasmidFinder. Antibiotic resistance genes were detected using RESfinder, CARD, and Blastn. STs were identified with pubMLST.Results: The strain was identified as Enterobacter hormaechei which is an important emerging human pathogen. No ST could be assigned; 6 out of 7 alleles of multilocus sequence typing (MLST) were the same as for E. hormaechei ST66, which is a high-risk clone. We found multiple acquired antibiotic resistance genes including blaKPC-2 in an IncM1 plasmid, and a secretion system VI, which can favour the prevalence of ECC strains while competing with other bacteria.Conclusions: Due to its MLST profile being so close to E. hormaechei ST66, the acquisition of multiple resistance genes, and the presence of the secretion systems, the potential of this strain for becoming a new high-risk clone cannot be discarded.
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022-12
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/267777
Knecht, Camila Ayelén; Allende, Natalia García; Alvarez, Verónica Elizabeth; Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia; Mariana, Massó; et al.; New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone; Elsevier; Journal of Global Antimicrobial Resistance; 31; 12-2022; 162-164
2213-7165
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/267777
identifier_str_mv Knecht, Camila Ayelén; Allende, Natalia García; Alvarez, Verónica Elizabeth; Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia; Mariana, Massó; et al.; New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone; Elsevier; Journal of Global Antimicrobial Resistance; 31; 12-2022; 162-164
2213-7165
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2213716522002065
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1016/j.jgar.2022.08.015
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Elsevier
publisher.none.fl_str_mv Elsevier
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1844613444788027392
score 13.070432

Publicaciones similares