New sequence type of an Enterobacter cloacae complex strain with the potential to become a high-risk clone

Autores
Knecht, Camila Ayelén; Allende, Natalia García; Alvarez, Verónica Elizabeth; Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia; Mariana, Massó; Campos, Josefina; Fox, Barbara; Alonso, Fernando Martin; Donis, Nicolás; Fernández Canigia, Liliana; Quiroga, María Paula; Centron, Daniela
Año de publicación
2022
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Objectives: Enterobacter cloacae complex (ECC) has lately awakened interest due to its increasing resistance to carbapenems codified by several genes all over the globe. Even though there are some sequence types (ST) which represent high-risk clones, there is substantial clonal diversity in the ECC. This work aimed to perform whole-genome sequencing (WGS), genomic analysis and phylogenetic studies of a KPC-producing multidrug-resistant (MDR) ECC isolate from Argentina.Methods: We analysed the genome of an MDR KPC-producing ECC strain isolated from a urine sample from a patient in a hospital in Argentina. The WGS was done by Illumina MiSeq-I. The genome was assembled with SPAdes 3.9.0, and annotated with PROKKA, RAST, and Blast. Plasmids were identified with PlasmidFinder. Antibiotic resistance genes were detected using RESfinder, CARD, and Blastn. STs were identified with pubMLST.Results: The strain was identified as Enterobacter hormaechei which is an important emerging human pathogen. No ST could be assigned; 6 out of 7 alleles of multilocus sequence typing (MLST) were the same as for E. hormaechei ST66, which is a high-risk clone. We found multiple acquired antibiotic resistance genes including blaKPC-2 in an IncM1 plasmid, and a secretion system VI, which can favour the prevalence of ECC strains while competing with other bacteria.Conclusions: Due to its MLST profile being so close to E. hormaechei ST66, the acquisition of multiple resistance genes, and the presence of the secretion systems, the potential of this strain for becoming a new high-risk clone cannot be discarded.
Fil: Knecht, Camila Ayelén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Allende, Natalia García. Hospital Alemán; Argentina
Fil: Alvarez, Verónica Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Universidad Nacional de Lomas de Zamora; Argentina
Fil: Mariana, Massó. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Campos, Josefina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; Argentina
Fil: Fox, Barbara. Hospital Alemán; Argentina
Fil: Alonso, Fernando Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Donis, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Fernández Canigia, Liliana. Hospital Aleman; Argentina
Fil: Quiroga, María Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Materia
Enterobacter cloacae
Complex blaKPC-2
Argentina
Carbapenem-resistance
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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This work aimed to perform whole-genome sequencing (WGS), genomic analysis and phylogenetic studies of a KPC-producing multidrug-resistant (MDR) ECC isolate from Argentina.Methods: We analysed the genome of an MDR KPC-producing ECC strain isolated from a urine sample from a patient in a hospital in Argentina. The WGS was done by Illumina MiSeq-I. The genome was assembled with SPAdes 3.9.0, and annotated with PROKKA, RAST, and Blast. Plasmids were identified with PlasmidFinder. Antibiotic resistance genes were detected using RESfinder, CARD, and Blastn. STs were identified with pubMLST.Results: The strain was identified as Enterobacter hormaechei which is an important emerging human pathogen. No ST could be assigned; 6 out of 7 alleles of multilocus sequence typing (MLST) were the same as for E. hormaechei ST66, which is a high-risk clone. We found multiple acquired antibiotic resistance genes including blaKPC-2 in an IncM1 plasmid, and a secretion system VI, which can favour the prevalence of ECC strains while competing with other bacteria.Conclusions: Due to its MLST profile being so close to E. hormaechei ST66, the acquisition of multiple resistance genes, and the presence of the secretion systems, the potential of this strain for becoming a new high-risk clone cannot be discarded.Fil: Knecht, Camila Ayelén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Allende, Natalia García. Hospital Alemán; ArgentinaFil: Alvarez, Verónica Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Prack Mc Cormick, Bárbara Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Universidad Nacional de Lomas de Zamora; ArgentinaFil: Mariana, Massó. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Campos, Josefina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Fox, Barbara. Hospital Alemán; ArgentinaFil: Alonso, Fernando Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Donis, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Fernández Canigia, Liliana. Hospital Aleman; ArgentinaFil: Quiroga, María Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. 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Fil: Mariana, Massó. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Fil: Campos, Josefina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; Argentina
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Fil: Donis, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
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