Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions

Autores
Coelho, Marcela; Gonçalves Vidigal, María Celeste; Souza, Lorenna Lopes de; Nunes, María Paula Barion Alvez; Azevedo, Rafhael Felipin; Galván, Marta Zulema
Año de publicación
2016
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
The present work aimed characterize isolates of C. lindemuthianum race 65 from different regions in Brazil by ITS sequencing. A total of 17 isolates of race 65, collected in the states of Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina and São Paulo, were studied. Analysis of the sequences of isolates 8, 9, 12, 14 and 15 revealed the presence of two single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the ITS1 region at the same positions. These isolates, when analyzed together with the sequence of isolate 17, revealed a SNP in the ITS2 region. The highest genetic dissimilarity, observed between isolates 11 and 3 and between isolates 11 and 10, was 0.772. In turn, isolates 7 and 2 were the most similar, with a value of 0.002 for genetic distance. The phylogenetic tree obtained based on the sequences of the ITS1 and ITS2 regions revealed the formation of two groups, one with a subgroup. The results reveal high molecular variability among isolates of race 65 of C. lindemuthianum.
O presente trabalho teve como objetivo caracterizar isolados de C. lindemuthianum da raça 65 provenientes de diversas regiões do Brasil, por meio de sequenciamento de regiões ITS. Um total de 17 isolados da raça 65, coletados nos estados do Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina e São Paulo, foram estudados. As análises das sequências dos isolados 8, 9, 12, 14 e 15 revelaram a presença de dois SNPs na região ITS1 nas mesmas posições. Estes mesmos isolados quando analisados juntamente com a sequência do isolado 17 apresentaram um SNP na região ITS2. A maior dissimilaridade genética foi de 0,772 observada entre os isolados 11 e 3 e entre os isolados 11 e 10. Por sua vez, os isolados 7 e 2 foram os mais similares, com valor de distância genética de 0,002. A árvore filogenética obtida com base nas sequências das regiões ITS1 e ITS2 revelou a formação de dois grupos, sendo um com a divisão de um subgrupo. Estes resultados revelam uma elevada variabilidade molecular entre isolados da raça 65 de C. lindemuthianum.
Fil: Coelho, Marcela. Universidade Estadual de Maringá; Brasil
Fil: Gonçalves Vidigal, María Celeste. Universidade Estadual de Maringá; Brasil
Fil: Souza, Lorenna Lopes de. Universidade Federal de Goiás; Brasil
Fil: Nunes, María Paula Barion Alvez. Universidade Estadual de Londrina; Brasil
Fil: Azevedo, Rafhael Felipin. Universidade Estadual de Maringá; Brasil
Fil: Galván, Marta Zulema. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Salta. Estación Experimental Agropecuaria Salta; Argentina
Materia
ANTHRACNOSE
GENETIC VARIABILITY
PATHOHENS
DISSIMILARITY
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/59239
Acceder
id CONICETDig_09f42ba1318ec09ea634a536dc9d6ded
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/59239
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regionsCaracterização da raça 65 de Colletotrichum lindemuthianum utilizando sequenciamento das regiões ITSCoelho, MarcelaGonçalves Vidigal, María CelesteSouza, Lorenna Lopes deNunes, María Paula Barion AlvezAzevedo, Rafhael FelipinGalván, Marta ZulemaANTHRACNOSEGENETIC VARIABILITYPATHOHENSDISSIMILARITYhttps://purl.org/becyt/ford/4.4https://purl.org/becyt/ford/4The present work aimed characterize isolates of C. lindemuthianum race 65 from different regions in Brazil by ITS sequencing. A total of 17 isolates of race 65, collected in the states of Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina and São Paulo, were studied. Analysis of the sequences of isolates 8, 9, 12, 14 and 15 revealed the presence of two single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the ITS1 region at the same positions. These isolates, when analyzed together with the sequence of isolate 17, revealed a SNP in the ITS2 region. The highest genetic dissimilarity, observed between isolates 11 and 3 and between isolates 11 and 10, was 0.772. In turn, isolates 7 and 2 were the most similar, with a value of 0.002 for genetic distance. The phylogenetic tree obtained based on the sequences of the ITS1 and ITS2 regions revealed the formation of two groups, one with a subgroup. The results reveal high molecular variability among isolates of race 65 of C. lindemuthianum.O presente trabalho teve como objetivo caracterizar isolados de C. lindemuthianum da raça 65 provenientes de diversas regiões do Brasil, por meio de sequenciamento de regiões ITS. Um total de 17 isolados da raça 65, coletados nos estados do Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina e São Paulo, foram estudados. As análises das sequências dos isolados 8, 9, 12, 14 e 15 revelaram a presença de dois SNPs na região ITS1 nas mesmas posições. Estes mesmos isolados quando analisados juntamente com a sequência do isolado 17 apresentaram um SNP na região ITS2. A maior dissimilaridade genética foi de 0,772 observada entre os isolados 11 e 3 e entre os isolados 11 e 10. Por sua vez, os isolados 7 e 2 foram os mais similares, com valor de distância genética de 0,002. A árvore filogenética obtida com base nas sequências das regiões ITS1 e ITS2 revelou a formação de dois grupos, sendo um com a divisão de um subgrupo. Estes resultados revelam uma elevada variabilidade molecular entre isolados da raça 65 de C. lindemuthianum.Fil: Coelho, Marcela. Universidade Estadual de Maringá; BrasilFil: Gonçalves Vidigal, María Celeste. Universidade Estadual de Maringá; BrasilFil: Souza, Lorenna Lopes de. Universidade Federal de Goiás; BrasilFil: Nunes, María Paula Barion Alvez. Universidade Estadual de Londrina; BrasilFil: Azevedo, Rafhael Felipin. Universidade Estadual de Maringá; BrasilFil: Galván, Marta Zulema. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Salta. Estación Experimental Agropecuaria Salta; ArgentinaUniv Estadual Maringa2016-04info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/59239Coelho, Marcela; Gonçalves Vidigal, María Celeste; Souza, Lorenna Lopes de ; Nunes, María Paula Barion Alvez ; Azevedo, Rafhael Felipin; et al.; Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions; Univ Estadual Maringa; Acta Scientiarum-agronomy; 38; 4; 4-2016; 429-4381679-92751807-8621CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.4025/actasciagron.v38i4.30586info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/30586info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-10-15T15:45:19Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/59239instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-10-15 15:45:19.305CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions
Caracterização da raça 65 de Colletotrichum lindemuthianum utilizando sequenciamento das regiões ITS
title Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions
spellingShingle Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions
Coelho, Marcela
ANTHRACNOSE
GENETIC VARIABILITY
PATHOHENS
DISSIMILARITY
title_short Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions
title_full Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions
title_fullStr Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions
title_full_unstemmed Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions
title_sort Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions
dc.creator.none.fl_str_mv Coelho, Marcela
Gonçalves Vidigal, María Celeste
Souza, Lorenna Lopes de
Nunes, María Paula Barion Alvez
Azevedo, Rafhael Felipin
Galván, Marta Zulema
author Coelho, Marcela
author_facet Coelho, Marcela
Gonçalves Vidigal, María Celeste
Souza, Lorenna Lopes de
Nunes, María Paula Barion Alvez
Azevedo, Rafhael Felipin
Galván, Marta Zulema
author_role author
author2 Gonçalves Vidigal, María Celeste
Souza, Lorenna Lopes de
Nunes, María Paula Barion Alvez
Azevedo, Rafhael Felipin
Galván, Marta Zulema
author2_role author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv ANTHRACNOSE
GENETIC VARIABILITY
PATHOHENS
DISSIMILARITY
topic ANTHRACNOSE
GENETIC VARIABILITY
PATHOHENS
DISSIMILARITY
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/4.4
https://purl.org/becyt/ford/4
dc.description.none.fl_txt_mv The present work aimed characterize isolates of C. lindemuthianum race 65 from different regions in Brazil by ITS sequencing. A total of 17 isolates of race 65, collected in the states of Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina and São Paulo, were studied. Analysis of the sequences of isolates 8, 9, 12, 14 and 15 revealed the presence of two single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the ITS1 region at the same positions. These isolates, when analyzed together with the sequence of isolate 17, revealed a SNP in the ITS2 region. The highest genetic dissimilarity, observed between isolates 11 and 3 and between isolates 11 and 10, was 0.772. In turn, isolates 7 and 2 were the most similar, with a value of 0.002 for genetic distance. The phylogenetic tree obtained based on the sequences of the ITS1 and ITS2 regions revealed the formation of two groups, one with a subgroup. The results reveal high molecular variability among isolates of race 65 of C. lindemuthianum.
O presente trabalho teve como objetivo caracterizar isolados de C. lindemuthianum da raça 65 provenientes de diversas regiões do Brasil, por meio de sequenciamento de regiões ITS. Um total de 17 isolados da raça 65, coletados nos estados do Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina e São Paulo, foram estudados. As análises das sequências dos isolados 8, 9, 12, 14 e 15 revelaram a presença de dois SNPs na região ITS1 nas mesmas posições. Estes mesmos isolados quando analisados juntamente com a sequência do isolado 17 apresentaram um SNP na região ITS2. A maior dissimilaridade genética foi de 0,772 observada entre os isolados 11 e 3 e entre os isolados 11 e 10. Por sua vez, os isolados 7 e 2 foram os mais similares, com valor de distância genética de 0,002. A árvore filogenética obtida com base nas sequências das regiões ITS1 e ITS2 revelou a formação de dois grupos, sendo um com a divisão de um subgrupo. Estes resultados revelam uma elevada variabilidade molecular entre isolados da raça 65 de C. lindemuthianum.
Fil: Coelho, Marcela. Universidade Estadual de Maringá; Brasil
Fil: Gonçalves Vidigal, María Celeste. Universidade Estadual de Maringá; Brasil
Fil: Souza, Lorenna Lopes de. Universidade Federal de Goiás; Brasil
Fil: Nunes, María Paula Barion Alvez. Universidade Estadual de Londrina; Brasil
Fil: Azevedo, Rafhael Felipin. Universidade Estadual de Maringá; Brasil
Fil: Galván, Marta Zulema. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Salta. Estación Experimental Agropecuaria Salta; Argentina
description The present work aimed characterize isolates of C. lindemuthianum race 65 from different regions in Brazil by ITS sequencing. A total of 17 isolates of race 65, collected in the states of Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina and São Paulo, were studied. Analysis of the sequences of isolates 8, 9, 12, 14 and 15 revealed the presence of two single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the ITS1 region at the same positions. These isolates, when analyzed together with the sequence of isolate 17, revealed a SNP in the ITS2 region. The highest genetic dissimilarity, observed between isolates 11 and 3 and between isolates 11 and 10, was 0.772. In turn, isolates 7 and 2 were the most similar, with a value of 0.002 for genetic distance. The phylogenetic tree obtained based on the sequences of the ITS1 and ITS2 regions revealed the formation of two groups, one with a subgroup. The results reveal high molecular variability among isolates of race 65 of C. lindemuthianum.
publishDate 2016
dc.date.none.fl_str_mv 2016-04
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/59239
Coelho, Marcela; Gonçalves Vidigal, María Celeste; Souza, Lorenna Lopes de ; Nunes, María Paula Barion Alvez ; Azevedo, Rafhael Felipin; et al.; Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions; Univ Estadual Maringa; Acta Scientiarum-agronomy; 38; 4; 4-2016; 429-438
1679-9275
1807-8621
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/59239
identifier_str_mv Coelho, Marcela; Gonçalves Vidigal, María Celeste; Souza, Lorenna Lopes de ; Nunes, María Paula Barion Alvez ; Azevedo, Rafhael Felipin; et al.; Characterization of race 65 of Colletotrichum lindemuthianum by sequencing ITS regions; Univ Estadual Maringa; Acta Scientiarum-agronomy; 38; 4; 4-2016; 429-438
1679-9275
1807-8621
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.4025/actasciagron.v38i4.30586
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/30586
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Univ Estadual Maringa
publisher.none.fl_str_mv Univ Estadual Maringa
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1846083553517895680
score 13.22299

Publicaciones similares