Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales

Autores
Garrido Sanz, Daniel; Redondo Nieto, Miguel; Mongiardini, Elias Javier; Blanco Romero, Esther; Durán, David; Quelas, Juan Ignacio; Martin, Marta; Rivilla, Rafael; Lodeiro, Anibal; Althabegoiti, Maria Julia
Año de publicación
2019
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Dual flagellar systems have been described in several bacterial genera, but the extent of their prevalence has not been fully explored. Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110T possesses two flagellar systems, the subpolar and the lateral flagella. The lateral flagellum of Bradyrhizobium displays no obvious role, since its performance is explained by cooperation with the subpolar flagellum. In contrast, the lateral flagellum is the only type of flagella present in the related Rhizobiaceae family. In this work, we have analyzed the phylogeny of the Bradyrhizobium genus by means of Genome-to-Genome Blast Distance Phylogeny (GBDP) and Average Nucleotide Identity (ANI) comparisons of 128 genomes and divided it into 13 phylogenomic groups. While all the Bradyrhizobium genomes encode the subpolar flagellum, none of them encodes only the lateral flagellum. The simultaneous presence of both flagella is exclusive of the B. japonicum phylogenomic group. Additionally, 292 Rhizobiales order genomes were analyzed and both flagellar systems are present together in only nine genera. Phylogenetic analysis of 150 representative Rhizobiales genomes revealed an uneven distribution of these flagellar systems. While genomes within and close to the Rhizobiaceae family only possess the lateral flagellum, the subpolar flagellum is exclusive of more early-diverging families, where certain genera also present both flagella.
Fil: Garrido Sanz, Daniel. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Redondo Nieto, Miguel. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Mongiardini, Elias Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Blanco Romero, Esther. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Durán, David. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Quelas, Juan Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Martin, Marta. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Rivilla, Rafael. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Lodeiro, Anibal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Althabegoiti, Maria Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
Materia
BRADYRHIZOBIUM
FLAGELLAR SYSTEMS
PHYLOGENETIC
PHYLOGENOMIC
RHIZOBIALES
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/151810
Acceder
id CONICETDig_085a80fad8826563abdba561132701c3
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/151810
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobialesGarrido Sanz, DanielRedondo Nieto, MiguelMongiardini, Elias JavierBlanco Romero, EstherDurán, DavidQuelas, Juan IgnacioMartin, MartaRivilla, RafaelLodeiro, AnibalAlthabegoiti, Maria JuliaBRADYRHIZOBIUMFLAGELLAR SYSTEMSPHYLOGENETICPHYLOGENOMICRHIZOBIALEShttps://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1Dual flagellar systems have been described in several bacterial genera, but the extent of their prevalence has not been fully explored. Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110T possesses two flagellar systems, the subpolar and the lateral flagella. The lateral flagellum of Bradyrhizobium displays no obvious role, since its performance is explained by cooperation with the subpolar flagellum. In contrast, the lateral flagellum is the only type of flagella present in the related Rhizobiaceae family. In this work, we have analyzed the phylogeny of the Bradyrhizobium genus by means of Genome-to-Genome Blast Distance Phylogeny (GBDP) and Average Nucleotide Identity (ANI) comparisons of 128 genomes and divided it into 13 phylogenomic groups. While all the Bradyrhizobium genomes encode the subpolar flagellum, none of them encodes only the lateral flagellum. The simultaneous presence of both flagella is exclusive of the B. japonicum phylogenomic group. Additionally, 292 Rhizobiales order genomes were analyzed and both flagellar systems are present together in only nine genera. Phylogenetic analysis of 150 representative Rhizobiales genomes revealed an uneven distribution of these flagellar systems. While genomes within and close to the Rhizobiaceae family only possess the lateral flagellum, the subpolar flagellum is exclusive of more early-diverging families, where certain genera also present both flagella.Fil: Garrido Sanz, Daniel. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; EspañaFil: Redondo Nieto, Miguel. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; EspañaFil: Mongiardini, Elias Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Blanco Romero, Esther. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; EspañaFil: Durán, David. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; EspañaFil: Quelas, Juan Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Martin, Marta. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; EspañaFil: Rivilla, Rafael. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; EspañaFil: Lodeiro, Anibal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Althabegoiti, Maria Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; ArgentinaMDPI AG2019-02-13info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/151810Garrido Sanz, Daniel; Redondo Nieto, Miguel; Mongiardini, Elias Javier; Blanco Romero, Esther; Durán, David; et al.; Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales; MDPI AG; Microorganisms; 7; 2; 13-2-2019; 1-172076-2607CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.mdpi.com/2076-2607/7/2/50info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.3390/microorganisms7020050info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-10-15T14:59:24Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/151810instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-10-15 14:59:24.778CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales
title Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales
spellingShingle Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales
Garrido Sanz, Daniel
BRADYRHIZOBIUM
FLAGELLAR SYSTEMS
PHYLOGENETIC
PHYLOGENOMIC
RHIZOBIALES
title_short Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales
title_full Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales
title_fullStr Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales
title_full_unstemmed Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales
title_sort Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales
dc.creator.none.fl_str_mv Garrido Sanz, Daniel
Redondo Nieto, Miguel
Mongiardini, Elias Javier
Blanco Romero, Esther
Durán, David
Quelas, Juan Ignacio
Martin, Marta
Rivilla, Rafael
Lodeiro, Anibal
Althabegoiti, Maria Julia
author Garrido Sanz, Daniel
author_facet Garrido Sanz, Daniel
Redondo Nieto, Miguel
Mongiardini, Elias Javier
Blanco Romero, Esther
Durán, David
Quelas, Juan Ignacio
Martin, Marta
Rivilla, Rafael
Lodeiro, Anibal
Althabegoiti, Maria Julia
author_role author
author2 Redondo Nieto, Miguel
Mongiardini, Elias Javier
Blanco Romero, Esther
Durán, David
Quelas, Juan Ignacio
Martin, Marta
Rivilla, Rafael
Lodeiro, Anibal
Althabegoiti, Maria Julia
author2_role author
author
author
author
author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv BRADYRHIZOBIUM
FLAGELLAR SYSTEMS
PHYLOGENETIC
PHYLOGENOMIC
RHIZOBIALES
topic BRADYRHIZOBIUM
FLAGELLAR SYSTEMS
PHYLOGENETIC
PHYLOGENOMIC
RHIZOBIALES
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/1.6
https://purl.org/becyt/ford/1
dc.description.none.fl_txt_mv Dual flagellar systems have been described in several bacterial genera, but the extent of their prevalence has not been fully explored. Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110T possesses two flagellar systems, the subpolar and the lateral flagella. The lateral flagellum of Bradyrhizobium displays no obvious role, since its performance is explained by cooperation with the subpolar flagellum. In contrast, the lateral flagellum is the only type of flagella present in the related Rhizobiaceae family. In this work, we have analyzed the phylogeny of the Bradyrhizobium genus by means of Genome-to-Genome Blast Distance Phylogeny (GBDP) and Average Nucleotide Identity (ANI) comparisons of 128 genomes and divided it into 13 phylogenomic groups. While all the Bradyrhizobium genomes encode the subpolar flagellum, none of them encodes only the lateral flagellum. The simultaneous presence of both flagella is exclusive of the B. japonicum phylogenomic group. Additionally, 292 Rhizobiales order genomes were analyzed and both flagellar systems are present together in only nine genera. Phylogenetic analysis of 150 representative Rhizobiales genomes revealed an uneven distribution of these flagellar systems. While genomes within and close to the Rhizobiaceae family only possess the lateral flagellum, the subpolar flagellum is exclusive of more early-diverging families, where certain genera also present both flagella.
Fil: Garrido Sanz, Daniel. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Redondo Nieto, Miguel. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Mongiardini, Elias Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Blanco Romero, Esther. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Durán, David. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Quelas, Juan Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Martin, Marta. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Rivilla, Rafael. Universidad Autónoma de Madrid. Facultad de Ciencias. Departamento de Biología; España
Fil: Lodeiro, Anibal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Althabegoiti, Maria Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
description Dual flagellar systems have been described in several bacterial genera, but the extent of their prevalence has not been fully explored. Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110T possesses two flagellar systems, the subpolar and the lateral flagella. The lateral flagellum of Bradyrhizobium displays no obvious role, since its performance is explained by cooperation with the subpolar flagellum. In contrast, the lateral flagellum is the only type of flagella present in the related Rhizobiaceae family. In this work, we have analyzed the phylogeny of the Bradyrhizobium genus by means of Genome-to-Genome Blast Distance Phylogeny (GBDP) and Average Nucleotide Identity (ANI) comparisons of 128 genomes and divided it into 13 phylogenomic groups. While all the Bradyrhizobium genomes encode the subpolar flagellum, none of them encodes only the lateral flagellum. The simultaneous presence of both flagella is exclusive of the B. japonicum phylogenomic group. Additionally, 292 Rhizobiales order genomes were analyzed and both flagellar systems are present together in only nine genera. Phylogenetic analysis of 150 representative Rhizobiales genomes revealed an uneven distribution of these flagellar systems. While genomes within and close to the Rhizobiaceae family only possess the lateral flagellum, the subpolar flagellum is exclusive of more early-diverging families, where certain genera also present both flagella.
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019-02-13
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/151810
Garrido Sanz, Daniel; Redondo Nieto, Miguel; Mongiardini, Elias Javier; Blanco Romero, Esther; Durán, David; et al.; Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales; MDPI AG; Microorganisms; 7; 2; 13-2-2019; 1-17
2076-2607
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/151810
identifier_str_mv Garrido Sanz, Daniel; Redondo Nieto, Miguel; Mongiardini, Elias Javier; Blanco Romero, Esther; Durán, David; et al.; Phylogenomic analyses of bradyrhizobium reveal uneven distribution of the lateral and subpolar flagellar systems, which extends to rhizobiales; MDPI AG; Microorganisms; 7; 2; 13-2-2019; 1-17
2076-2607
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.mdpi.com/2076-2607/7/2/50
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.3390/microorganisms7020050
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv MDPI AG
publisher.none.fl_str_mv MDPI AG
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1846083135108808704
score 13.22299

Publicaciones similares