Tired of losing valuable data? : build your lab ecological database as a cornerstone for long-term approaches

• Autores: Alberti, Juan; Massone, Octavio Antonio
• Año de publicación: 2022
• Idioma: inglés
• Tipo de recurso: artículo
• Fuente: Ecol. austral (En línea) 2022;01(032):151-157
• Materia: BASE DE DATOS RELACIONAL; INTERFAZ GRAFICA DE USUARIO; SHINY; GUIA PASO A PASO; RELATIONAL DATABASE; GRAPHICAL USER INTERFACE; SHINY; STEP-BY-STEP GUIDE
• Institución: Universidad Nacional de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales

Los datos ecológicos a largo plazo son esenciales para identificar impactos del cambio global o para analizar la respuesta de ecosistemas locales a perturbaciones. Por lo tanto, los/as ecólogos/as se enfrentan al compromiso de recolectar y procesar datos a largo plazo mientras que los fondos específicos para estos fines son extremadamente escasos. Si bien sería ideal que hubiera mayor financiamiento para recolectar y almacenar datos a largo plazo, es poco probable que esto vaya a suceder, al menos en el corto plazo. Otra opción (más realista) podría ser la de bucear en las múltiples libretas y archivos propios y de colegas en busca de variables compartidas a lo largo del tiempo. Esto obviamente requiere de mucho tiempo y dedicación. Para simplificar esta tarea y ahorrar algo de tiempo, sería ideal poder almacenar tantos datos como fuera posible (propios o del laboratorio) en una base de datos única y completa. Dado que el proceso de armado y mantenimiento de bases de datos, junto con las consultas pertinentes, puede sonar atemorizador para ecólogas/os no familiarizadas/os, acá proponemos una guía paso a paso para crear 1) una base de datos ecológica genérica y versátil, y 2) una interfaz gráfica para cargar, actualizar, verificar, visualizar y descargar datos de dicha base. Los comandos para crearlas fueron programados en software libre (MariaDB y R) y también proveemos instrucciones para cambiarlos de acuerdo a varias situaciones comunes.
Long-term ecological data is essential to identify impacts of global change or to analyse the response of local systems to perturbations. Thus, ecologists are facing the compromise to collect and process longer-term data while specific funding for those purposes is extremely scarce. Although more funding to gather and store long term data would be ideal, it is unlikely to occur, at least in the short term. Another (most plausible) option could be to dive among the many spreadsheets belonging to one or more colleagues with shared variables and from several projects over the years. Obviously, this might be an extremely time-consuming and tedious task. To simplify this and save time, it would be ideal to store as much data as possible (individual or lab generated) in a single comprehensive database. Given that the process of building, maintaining and doing queries on such databases could be scary for ecologists not familiarized, here we provide a step-by-step guide to build 1) a generic and versatile ecological database, and 2) a graphical user interface to load, update, verify, view and download data. The scripts to build them are programmed on open-software (MariaDB and R), and we also provide instructions to change them according to many usual situations.
Fil: Alberti, Juan. Universidad Nacional de Mar del Plata - CONICET. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras (IIMYC)
Fil: Massone, Octavio Antonio . Universidad Nacional de Mar del Plata - CONICET. Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras (IIMYC)