Abriendo la caja negra de los microbiomas ambientales argentinos. Caracterizaciones funcionales y ecológicas en lagunas de altura andinas y suelos de la pampa húmeda con secuenciac...

• Autores: Rascovan, Nicolás
• Año de publicación: 2013
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: tesis doctoral
• Colaborador/a o director/a de tesis: Vázquez, Martín Pablo
• Materia: METAGENOMICA; MICROBIOMA; COMUNIDADES MICROBIANAS; SECUENCIACION MASIVA DE ADN DE ALTO RENDIMIENTO; SUELO; PAMPA HUMEDA; LAGUNAS DE ALTURA ANDINAS; METAGENOMICS; MICROBIOME; MICROBIAL COMMUNITIES; HIGH THROUGHPUT SEQUENCING; SOIL; PAMPAS; HIGH ALTITUDE ANDEAN LAKES
• Institución: Universidad Nacional de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales

La metagenómica basada en tecnología de secuenciación de alto rendimiento revolucionó en los últimos años el campo de la microbiología. Esta metodología permite estudiar a las comunidades de microorganismos ambientales, tanto cultivables como no cultivables, apartir de su información genética. Para poder realizar este tipo de estudios fue necesario instalar, por primera vez en nuestro país, una plataforma de genómica y bioinformática que contara con el equipamiento necesario para la secuenciación masiva de ADN y elanálisis posterior de los datos. Los estudios metagenómicos realizados en este trabajo seenfocaron en dos ambientes contrastantes: Las lagunas de altura de la Puna Andina (LAPA) y los suelos de los agroecosistemas de la pampa húmeda (SAPH). Los microbiomasde LAPA en ambientes prístinos presentaron una biodiversidad relativamente baja y no caracterizada previamente. Esto sirvió como modelo de análisis Taxonómico-funcional para describir los primeros estromatolitos vivos de altura en el mundo y biofilms compuestos por haloarqueas encontrados por primera vez en la naturaleza. Los SAPH, porotro lado, son ambientes altamente biodiversos y con alto impacto antropogénico sirviendo como modelo de estudio del impacto ecológico sobre el microbioma en dichas condiciones. Específicamente para este fin, se generó el set de datos PAMPA de casi 8000 millones de bases de ADN que ha sido posteriormente abierto públicamente para el análisis comunitario. Esta investigación es pionera en nuestro país en el emergente campode la metagenómica ambiental por secuenciación masiva y es a su vez la más detalladacaracterización de microbiomas hecha hasta el momento en Argentina.
Metagenomics by high throughput sequencing (HTS) has revolutionized the field ofmicrobiology in the past few years. This method is a powerful tool for the study ofenvironmental microbial communities of both, culturable and nonculturable organisms,based on their genetic information. To be able to perform these type of studies in Argentina, it became necessary to set up a genomic and bioinformatic platform with theappropriate HTS and data analysis equipment. The metagenomic studies presented herewere focused in two contrasting environments: the high altitude Andean lakes (HAAL) andthe soils from humid Pampas agroecosystems (HPAS). The HAAS microbiomes in pristineenvironments have been poorly characterized and presented a relatively low biodiversity.they were chosen as a model for taxonomic/functional analyses of the first high-altitudeliving stromatolites and the first haloarchaea biofilms found in nature. In contrast, the HPAS are highly diverse environments with high impact from anthropogenic activities. Ecological oriented analyses were performed to study the effects of agricultural practiceson microbial communities. Specifically for this study, we generated the PAMPA datasetswith almost 8 Gb of soil metagenomic data that has been now opened to the scientificcommunity for crowdsourcing analyses. This is a pioneer work in Argentina in themetagenomic emerging field and the most detailed characterization until date ofargentinean microbiomes.
Fil: Rascovan, Nicolás. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina.