Análisis in silico de la capacidad de dos técnicas de PCR para la detección del gen stx

• Autores: Galli, Lucía; Leotta, G. A.; Gugliada, J.; Rivas, Marta
• Año de publicación: 2008
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: artículo
• Fuente: Revista Argentina de Microbiología, 2008, 40(1), 9–12.
• Materia: Escherichia coli; Toxina Shiga; Reacción en Cadena de la Polimerasa; Biología Computacional
• Institución: Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán"

Fil: Galli, L. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Bacteriología. Servicio de Fisiopatogenia; Argentina.
Fil: Leotta, G. A. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Bacteriología. Servicio de Fisiopatogenia; Argentina.
Fil: Gugliada, J. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Bacteriología. Servicio de Fisiopatogenia; Argentina.
Fil: Rivas, M. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Bacteriología. Servicio de Fisiopatogenia; Argentina.
Escherichia coli productor de toxina Shiga es un patógeno emergente cuyo principal factor de virulencia son las toxinas Shiga (Stx), codificadas por los genes stx. Estas toxinas se clasifican en 6 tipos (1, 2, 2c, 2d, 2e y 2f) que agrupan a 22 variantes. En Argentina se validaron dos técnicas de PCR para la detección de los genes stx, PCR-MK y PCR múltiple. Los objetivos del trabajo fueron analizar mediante el uso de herramientas bioinformáticas la capacidad de dichas técnicas para detectar las variantes del gen stx y demostrar experimentalmente la amplificación de 8 variantes stx. Se recopilaron 25 secuencias nucleotídicas de la base de datos GenBank correspondientes a 21 variantes de stx. Se utilizó el programa BLAST 2 sequences para analizar la complementariedad de las bases nucleotídicas entre las secuencias de las variantes y las secuencias de los cebadores utilizados en las PCR estudiadas. La técnica de PCR-MK permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d y stx2f, aunque no permite detectar el tipo stx2e y tres variantes del tipo stx2c. La PCR múltiple permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d, pero no los tipos stx2e y stx2f. Se demostró experimentalmente que ambas técnicas de PCR son apropiadas para la detección de las variantes que están asociadas a enfermedad grave en el hombre.