Virus Junín: clonado molecular y análisis estructural y funcional del RNA S y sus productos génicos - Ghiringhelli, Daniel (2002)
Con el fin de facilitar la presentación y lectura, la información contenida en la presente Tesis se organizó modularmente en partes y capítulos, y en un caso en secciones. En la Parte I, que comprende los Capítulos 1 a 4, se presenta una introducción a los virus con genoma de RNA, a la familia Arenaviridae y, especialmente, al virus Junín. En las Partes II (Capítulos 5 a 8) y III (Capítulos 9 a 11), se presentan sintéticamente los resultados y aspectos informativos más elementales derivados del clonado, secuenciamiento y análisis estándar de la información de secuencia obtenida. En el Capítulo 8, en particular, se presentan los resultados obtenidos en ensayos de expresión de la proteína de la nucleocápside de la cepa MC2 del virus Junín en el sistema baculovirus-células de insecto y su empleo en experimentos de replegamiento, ELISA, unión a RNA y unión a Zn+2; algunos de los resultados presentados en este capítulo dieron origen a planes de Tesis concretados en el IBBM en los últimos años. Estas dos partes fueron pensadas sólo como presentación de la información, razón por la cual carecen de una discusión y de conclusiones generales. En la Parte IV, que comprende los Capítulos 12 a 14, se presenta el análisis comparativo de los RNAs S de los arenavirus y de las proteínas codificadas en los mismos, con las discusiones correspondientes. En particular, el Capítulo 12, que corresponde a los ácidos nucleicos de arenavirus, se subdividió en tres secciones. En los primeros seis títulos de la Sección I se detalla un análisis bioinformático que ahonda en aspectos informativos no estándar de las moléculas de ácidos nucleicos per se, mientras que en los últimos tres títulos se presentan aspectos estructurales de los RNAs S de arenavirus y la posible correlación con los mecanismos de recombinación. En la Sección II se discute sobre la variabilidad en los extremos de RNAs y el posible origen de los mismos y en la Sección III se reseña una análisis que correlaciona los RNAs S, el rRNA 28S y las proteínas de la nucleocápside (N). Por otra parte, en los Capítulos 13 y 14 se discute acerca del análisis de las estructuras primarias y secundarias de las glicoproteínas y las nucleoproteínas de arenavirus, respectivamente. En la Parte V, que comprende los Capítulos 15 y 16, se detallan los materiales empleados y se describen los métodos utilizados en el desarrollo de este trabajo. En la Parte VI, que comprende los Capítulos 17 y 18, se reseñan algunos desarrollos que se realizaron durante el trabajo de Tesis. En el Capítulo 17 se muestra el diseño y puesta a punto de tres técnicas experimentales y en el Capítulo 18 se presenta el diseño y programación de varios algoritmos que han permitido realizar la mayor parte de los análisis computacionales presentados en los capítulos anteriores. En la Parte VII se incluyen las conclusiones generales de la Tesis, destacando algunos de los aspectos más relevantes del trabajo. En la Parte VIII se lista la bibliografía leída y utilizada durante todos estos años de trabajo. Finalmente, la Parte IX incluye una serie de apéndices con información y/o breves análisis matemáticos que consideré importante incluir.