Identificación de variante genética causal para síndromes de cáncer colorrectal hereditario; secuenciación masiva en paralelo y aplicación de herramientas bioinformáticas - Mayordomo, Andrea Constanza (2023)
El cáncer colorrectal (CCR) tiene una elevada incidencia y mortalidad a nivel mundial y en Argentina es la segunda causa de muerte por cáncer (10,6%). Los Síndromes de CCR hereditario se dividen en Cáncer Colorrectal Hereditario No Polipósico (CCHNP) y síndromes de Poliposis, siendo el síndrome de Lynch (SL) y la Poliposis Adenomatosa Familiar (PAF) las formas de CCR hereditario más comunes. La utilización de las técnicas de secuenciación de nueva generación (NGS) para guiar la prevención, el diagnóstico y el tratamiento de enfermedades basadas en los genes individuales de una persona o una familia, su medio ambiente y su estilo de vida, se conoce con el nombre de medicina de precisión. A pesar de este nuevo paradigma de la Medicina de Precisión son pocos los reportes y la aplicación de estas técnicas en América Latina. Particularmente, el grupo de investigación REM-ProCanHe del cual formo parte, lleva adelante desde 1996 el desarrollo de investigación clínica para la identificación temprana de CCR en pos de alcanzar la medicina de precisión. La vinculación internacional de este grupo con especialistas en la temática de la universidad de Helsinki (Finlandia) ha permitido realizar técnicas de secuenciación masiva en paralelo en muestras argentinas. El objetivo general del presente trabajo fue aplicar herramientas bioinformáticas para realizar un análisis preciso y rápido con el objetivo de identificar a nivel germinal la variante causal asociada con aumento de susceptibilidad a desarrollar CCR hereditario, partiendo de resultados genómicos derivados de secuenciación de nueva generación. Se estudiaron 21 casos de pacientes clínicamente diagnosticados con síndrome de Poliposis provenientes del Registro de Poliposis Adenomatosa Familiar del Hospital de Gastroenterología Dr. Carlos Bonorino Udaondo. Se analizaron de manera secuencial por i) secuenciación con el método de Sanger del exón 15 del gen APC (directamente relacionado con PAF); ii) luego con la técnica de MLPA para evaluar presencia de grandes rearreglos; iii) finalmente, para aquellas muestras aun negativas sin alteración genética-causal identificada (mediante métodos i y ii) se realizó la secuenciación del exoma completo. Como resultado, a través de la técnica de secuenciación por Sanger, en 6 casos identificamos la variante genético causal en el gen APC, siendo todas variantes novel, las cuales podrían ser verificadas a nivel funcional por otras técnicas o incorporar mayor información genética ya sea de muestras de la familia en estudio u otras muestras independientes que presenten la misma variante. Además, para otros 4 casos y mediante la secuenciación del exoma completo pudimos identificar la variante genético-causal candidata para predisposición en genes con asociación establecida para la patología. Específicamente, 2 casos presentaron alteración en genes relacionados con la patología, pero por el fenotipo clínico no pudieron confirmarse como genético-causal. Los otros 2 casos presentaron variantes en dos genes que se relacionan con el funcionamiento homeostático del intestino por lo cual necesitamos mayor evidencia sobre los mismos para poder adjudicarlos como genético-causal. Po otra parte, no encontramos genes que se relacionan directamente con el fenotipo en 7 casos los cuales todavía siguen en estudio. A partir de los datos obtenidos en este trabajo, se evidenciaron los parámetros, los pasos a seguir para llevar el resultado obtenido desde el secuenciador hasta el archivo VCF, como así también el diseño de un pipeline para la priorización de variante. Se espera que las herramientas y procedimientos obtenidos en el presente trabajo contribuyan de manera significativa en la medicina de precisión posibilitando el desarrollo de nuevas estrategias para el estudio del Síndrome de CCR hereditario.