Proteoma de Pleurotus pulmonarius durante la degradación de PCB

• Autores: Chelaliche, Aníbal Sebastián; Zapata, Pedro Darío; Alvarenga, Adriana Elizabet; Fonseca, María Isabel
• Año de publicación: 2020
• Idioma: español castellano
• Tipo de recurso: conjunto de datos
• Materia: Ciencias Naturales; Ciencias Biológicas; Micología; Remediación; Proteómica de Expresión
• Institución: Universidad Nacional de Misiones

Fil: Chelaliche, Aníbal Sebastián. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Instituto de Biotecnología Misiones “Dra. María Ebe Reca”. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina.
Fil: Fonseca, María Isabel. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Instituto de Biotecnología Misiones “Dra. María Ebe Reca”. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina.
Fil: Zapata, Pedro Darío. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Instituto de Biotecnología Misiones“Dra. María Ebe Reca”. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina.
Fil: Alvarenga, Adriana Elizabet. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina.
Fil: Chelaliche, Aníbal Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina.
Fil: Fonseca, María Isabel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina.
Fil: Zapata, Pedro Darío. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina.
Pasos para reproducir. El micelio de P. pulmonarius LBM 105 se sometió primero a una degradación celular utilizando nitrógeno líquido. Después de esto, se agregaron 500 μl de un tampón de extracción (tampón Tris 0,1 M pH 7; NaCl 1,5 M; EDTA 0,05 M; ß-mercaptoetanol 10 mM) al lisado y se incubó durante 1 hora a temperatura ambiente, posteriormente se centrifugó (10000 rpm, 10 min, 4 ºC) para obtener el extracto proteico. Luego se añadió al extracto una solución reductora de Ditiotreitol a una concentración final de 10 mM por muestra, incubándose luego durante 45 min a 56 ± 1 ºC. Tras la reducción, se añadió una solución de yodoacetamida, alcanzando una concentración final de 20 mM y se incubó durante 45 min a temperatura ambiente en oscuridad. Para la precipitación se añadió una cantidad de ácido tricloroacético igual a una quinta parte del extracto proteico de cada muestra, dejando precipitar las proteínas durante 2 hs a -20 ºC. A continuación, todas las muestras se centrifugaron (10000 rpm, 10 min, 4 ºC) y el sedimento se resuspendió y se lavó 3 veces con 500 μl de acetona fría (4 ºC). El sedimento obtenido de ambos análisis se suspendió en un tampón de bicarbonato de amonio (50 mM, pH 8) junto con 200 ng de tripsina (Promega®) hasta un volumen final de 50 μl, incubando durante 12 h. Por último, las muestras se liofilizaron con SpeedVac y se resuspendieron en 10 μl de ácido fórmico al 0,1% (v / v). Se realizó un último proceso de desalación mediante un Zip Tip C18. Todos los péptidos obtenidos se separaron mediante un nanoHPCL EASY-nLC 1000 (Thermo Scientific) acoplado con un electropulverizador EASY-SPRAY (Thermo Scientific). Las muestras se cargaron en un Acclaim PepMap de precolumna C18 (ID: 75 um, Longitud: 20 mm, Tamaño de partícula: 3 um) y luego se pasó por una columna EASY-SPRAY Accucore (ID: 75 um, Longitud: 150 mm, Tamaño de partícula: 3 um) usando una temperatura de 35 ºC, un flujo de 300 nl / min y un gradiente de “A Solución ”(Agua con 0,1% de ácido fórmico) y Solución“ B ”(Acetonitrilo con 0,1% de ácido fórmico). Los péptidos se separaron usando un gradiente del 0% al 35% de solución B durante 110 min y un gradiente del 35% al ​​95% de solución B durante 1 min. Los espectros de masas de barrido completo se obtuvieron utilizando un espectrómetro Q-exactivo (Thermo Scientific). Los 12 iones más intensos obtenidos en la MS de barrido completo se seleccionaron para la disociación en la celda de disociación de alta colisión, obteniendo como resultado los espectros MS / MS de los iones seleccionados. Todos estos espectros fueron analizados por el software Proteome Discoverer (Thermo Scientific) utilizando una base de datos de Pleurotus con 2 escisiones erróneas permitidas.
Este es el proteoma de Pleurotus pulmonarius LBM 105 obtenido para el micelio del hongo recolectado de un medio líquido carente de nitrógeno en presencia y ausencia de PCB. Los datos se obtuvieron mediante nanoHPCL MS / MS y utilizando el software de "Proteome discoverer”. Este conjunto de datos contiene el número de acceso de cada proteína identificada, así como cualquier información relevante correspondiente. También se muestra la información de los péptidos únicos de cada proteína.