Desarrollo de técnicas de aprendizaje automático y computación evolutiva multiobjetivo para la inferencia de redes de asociación entre vías biológicas - Dussaut, Julieta Sol (2016)
En la biología de sistemas, una ruta biológica representa una secuencia de reacciones o interacciones entre un grupo de genes expresados que participan en un proceso biológico. Durante la última década, el análisis de las rutas biológicas se ha convertido en una estrategia clave para la comprensión de los significados biológicos de experimentos de alto rendimiento sobre un grupo de genes. Detrás de la idea del análisis de estas rutas existe el supuesto de que, para muchos fenómenos celulares complejos, resulta muy difícil encontrar una explicación mediante estudios que sólo se centran en una mirada al nivel de los genes. En particular esta tesis se centra en la investigación de técnicas de análisis de diafonía (cross-talk) entre rutas biológicas (pathways), enriqueciendo esta información por datos de experimentos de microarray mediante biclustering. De esta forma, se busca proveer una metodología bioinformática que identifique relaciones entre rutas biológicas y las explique, proporcionando información útil para asistir a expertos en biología molecular. Para cumplir este objetivo se desarrollaron métodos computacionales para el análisis tanto topológico como de enriquecimiento a nivel de rutas biológicas. Una de las herramientas desarrolladas, BAT(Gallo, Dussaut, Carballido, & Ponzoni, 2010), plantea la ejecución del algoritmo BiHEA(Gallo, Carballido, & Ponzoni, 2009), que realiza biclustering sobre los datos. Esto permite la identificación de grupos de genes co-expresados bajo ciertos subconjuntos de condiciones experimentales. Esta herramienta es utilizada en conjunto con otra, denominada PET, diseñada para utilizar datos topológicos relevantes a nivel de genes y proyectarlos a nivel de rutas biológicas para una mejor comprensión de los mecanismos de señalización que coordinan distintos procesos celulares. Se estudiaron y validaron estos métodos con datos de la enfermedad de Alzheimer, contrastando los resultados con los obtenidos por otros métodos publicados recientemente. De este modo, se puso en evidencia la relevancia de combinar técnicas de análisis topológico con enriquecimiento basado en datos de expresión y detección de sincronización entre rutas biológicas mediante el uso de métodos de biclustering como una estrategia integral para la identificación de diafonía entre procesos biológicos.