The whole genome analysis of four Orf virus str ains from Europe and South America

Autores
Cacciabue, Marco Polo Domingo; Lozano Calderon, Laura Camila; Moleres, Javier; Echeverría, Irache; de Pablo, Lorena; Glaria, Idoia; Konig, Guido Alberto; Peralta, Andrea Veronica; Reina, Ramsés
Año de publicación
2026
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Orf virus (ORFV) is the etiological agent of Contagious Ecthyma, a global disease that mainly affects sheep, goats, wild ruminants, and humans. Here, we determined the complete genome sequence of two ORFV strains from Spain (NAV and ARA) and two from Argentina (HRE and CHB), representing the first report from the Iberian Peninsula and from South America. The assembled genomes of the ARA, CHB, HRE, and NAV strains of ORFV were found to be 137 891 , 137 160, 137 340, and 137 214 bp long, respectively, each contained 132 genes, and all showed high amino-acid identity and similar lengths compared to the reference strain NZ2. We performed a microsatellite analysis to identify molecular signatures associated with host species (sheep or goat). In addition, the analysis of 32 selected genes showed that the median nucleotide substitution rate for the worldwide cluster 3 that includes the four samples described in this study, was 2.6 x10−5 subs/site/year (9.2x10−8—6.7x10−5—95% HPD) placing the TMRCA (median divergence time) around 1730. Genetic characterization of ORFV strains not only allows epidemiological studies but also represents the first step towards developing molecular tools for diagnostics and vaccines.
Instituto de Biotecnología
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Lozano Calderon, Laura Camila. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Lozano Calderon, Laura Camila. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Moleres, Javier. Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Gobierno de Navarra. Instituto de Agrobiotecnología; España
Fil: Echeverría, Irache. Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Gobierno de Navarra. Instituto de Agrobiotecnología; España
Fil: Echeverría, Irache. Universidad Pública de Navarra. Departamento de Agronomía, Biotecnología y Alimentación; España
Fil: de Pablo, Lorena. Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Gobierno de Navarra. Instituto de Agrobiotecnología; España
Fil: Glaria, Idoia. Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Gobierno de Navarra. Instituto de Agrobiotecnología; España
Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Konig, Guido Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Peralta, Andrea Veronica. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Peralta, Andrea Veronica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Reina, Ramsés. Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Gobierno de Navarra. Instituto de Agrobiotecnología; España
Fuente
Virus Evolution 12 (1) : veag004 (Published: 28 January 2026)
Materia
Parapoxvirus
Phylogenetic Analysis
Genomics
Contagious Ecthyma Virus
Genome-wide Association Studies
Europe
South America
Análisis Filogenético
Genómica
Virus Ectima Contagioso
Estudio de Asociación del Genoma Completo
Europa
América del Sur
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Repositorio
INTA Digital (INTA)
Institución
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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