Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo
- Autores
- Carballo, José; Zappacosta, Diego Carlos; Rodrigo, Juan Manuel; Selva, Juan Pablo; Garbus, Ingrid; Echenique, Carmen Viviana
- Año de publicación
- 2017
- Idioma
- español castellano
- Tipo de recurso
- documento de conferencia
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- El pasto llorón, Eragrostis curvula, es una gramínea perenne C4 originaria del sur de África que se adapta a suelos arenosos y es tolerante a la sequía. Posee diferentes niveles de ploidía (2x hasta 8x, con x=10), siendo los diploides sexuales (2n=2x=20) mientras que los tetraploides son fundamentalmente apomícticos. En trabajos anteriores se comprobó que en situaciones de estrés se incrementa el número de sacos embrionarios sexuales en individuos apomícticos facultativos. Con el fin de determinar cuáles son los genes responsables del cambio en el porcentaje de sacos sexuales, se extrajo ARN de 3 panojas de plantas del cultivar apomíctico facultativo Don Walter INTA sometidas a sequía y de 3 cultivadas en condiciones óptimas de riego. Se realizó RNA-seq utilizando la tecnología Illumina Hi-seq. Como resultado de la secuenciación se obtuvieron más de 312 millones de lecturas de muy buena calidad que fueron ensambladas mediante el software Trinity en 190.474 contigs. Utilizando el criterio 5 TPM, se estableció que el trancriptoma del genotipo Don Walter consiste en ~30.000 transcriptos, entre los cuales se observaron algunas isoformas. Un análisis de expresión diferencial in silico, permitió identificar ~1.000 y ~3.000 transcriptos sobrexpresados en la muestra sometida a estrés hídrico y la condición control, respectivamente. Este transcriptoma posibilitará identificar y validar entre estos genes diferencialmente expresados a aquellos que están involucrados en los cambios observados en el incremento de sacos sexuales en E. curvula bajo condiciones de déficit hídrico.
Fil: Carballo, José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
Fil: Zappacosta, Diego Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; Argentina
Fil: Rodrigo, Juan Manuel. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
Fil: Selva, Juan Pablo. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Biología, Bioquímica y Farmacia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
Fil: Garbus, Ingrid. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
Fil: Echenique, Carmen Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; Argentina
Simposio de Genómica Funcional de Plantas
Rosario
Argentina
Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario
Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
Bolsa de Comercio de Rosario - Materia
-
TRANSCRIPTOMA
ERAGROSTIS
DÉFICIT HÍDRICO - Nivel de accesibilidad
- acceso abierto
- Condiciones de uso
- https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
- Repositorio
.jpg)
- Institución
- Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
- OAI Identificador
- oai:ri.conicet.gov.ar:11336/239713
Ver los metadatos del registro completo
| id |
CONICETDig_f7cdf7eae58f37a66cb0fbe2b4825e72 |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/239713 |
| network_acronym_str |
CONICETDig |
| repository_id_str |
3498 |
| network_name_str |
CONICET Digital (CONICET) |
| spelling |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivoCarballo, JoséZappacosta, Diego CarlosRodrigo, Juan ManuelSelva, Juan PabloGarbus, IngridEchenique, Carmen VivianaTRANSCRIPTOMAERAGROSTISDÉFICIT HÍDRICOhttps://purl.org/becyt/ford/4.4https://purl.org/becyt/ford/4El pasto llorón, Eragrostis curvula, es una gramínea perenne C4 originaria del sur de África que se adapta a suelos arenosos y es tolerante a la sequía. Posee diferentes niveles de ploidía (2x hasta 8x, con x=10), siendo los diploides sexuales (2n=2x=20) mientras que los tetraploides son fundamentalmente apomícticos. En trabajos anteriores se comprobó que en situaciones de estrés se incrementa el número de sacos embrionarios sexuales en individuos apomícticos facultativos. Con el fin de determinar cuáles son los genes responsables del cambio en el porcentaje de sacos sexuales, se extrajo ARN de 3 panojas de plantas del cultivar apomíctico facultativo Don Walter INTA sometidas a sequía y de 3 cultivadas en condiciones óptimas de riego. Se realizó RNA-seq utilizando la tecnología Illumina Hi-seq. Como resultado de la secuenciación se obtuvieron más de 312 millones de lecturas de muy buena calidad que fueron ensambladas mediante el software Trinity en 190.474 contigs. Utilizando el criterio 5 TPM, se estableció que el trancriptoma del genotipo Don Walter consiste en ~30.000 transcriptos, entre los cuales se observaron algunas isoformas. Un análisis de expresión diferencial in silico, permitió identificar ~1.000 y ~3.000 transcriptos sobrexpresados en la muestra sometida a estrés hídrico y la condición control, respectivamente. Este transcriptoma posibilitará identificar y validar entre estos genes diferencialmente expresados a aquellos que están involucrados en los cambios observados en el incremento de sacos sexuales en E. curvula bajo condiciones de déficit hídrico.Fil: Carballo, José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; ArgentinaFil: Zappacosta, Diego Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; ArgentinaFil: Rodrigo, Juan Manuel. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; ArgentinaFil: Selva, Juan Pablo. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Biología, Bioquímica y Farmacia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; ArgentinaFil: Garbus, Ingrid. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; ArgentinaFil: Echenique, Carmen Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; ArgentinaSimposio de Genómica Funcional de PlantasRosarioArgentinaInstituto de Biología Molecular y Celular de RosarioAgencia Nacional de Promoción Científica y TecnológicaInstituto Nacional de Tecnología AgropecuariaBolsa de Comercio de RosarioInstituto de Biología Molecular y Celular de Rosario2017info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectSimposioBookhttp://purl.org/coar/resource_type/c_5794info:ar-repo/semantics/documentoDeConferenciaapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/239713Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo; Simposio de Genómica Funcional de Plantas; Rosario; Argentina; 2017; 168-168CONICET DigitalCONICETspainfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.rosario-conicet.gov.ar/noticias/item/587-simposio-de-genomica-funcional-de-plantasNacionalinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-10-22T11:33:32Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/239713instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-10-22 11:33:32.511CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse |
| dc.title.none.fl_str_mv |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo |
| title |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo |
| spellingShingle |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo Carballo, José TRANSCRIPTOMA ERAGROSTIS DÉFICIT HÍDRICO |
| title_short |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo |
| title_full |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo |
| title_fullStr |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo |
| title_full_unstemmed |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo |
| title_sort |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo |
| dc.creator.none.fl_str_mv |
Carballo, José Zappacosta, Diego Carlos Rodrigo, Juan Manuel Selva, Juan Pablo Garbus, Ingrid Echenique, Carmen Viviana |
| author |
Carballo, José |
| author_facet |
Carballo, José Zappacosta, Diego Carlos Rodrigo, Juan Manuel Selva, Juan Pablo Garbus, Ingrid Echenique, Carmen Viviana |
| author_role |
author |
| author2 |
Zappacosta, Diego Carlos Rodrigo, Juan Manuel Selva, Juan Pablo Garbus, Ingrid Echenique, Carmen Viviana |
| author2_role |
author author author author author |
| dc.subject.none.fl_str_mv |
TRANSCRIPTOMA ERAGROSTIS DÉFICIT HÍDRICO |
| topic |
TRANSCRIPTOMA ERAGROSTIS DÉFICIT HÍDRICO |
| purl_subject.fl_str_mv |
https://purl.org/becyt/ford/4.4 https://purl.org/becyt/ford/4 |
| dc.description.none.fl_txt_mv |
El pasto llorón, Eragrostis curvula, es una gramínea perenne C4 originaria del sur de África que se adapta a suelos arenosos y es tolerante a la sequía. Posee diferentes niveles de ploidía (2x hasta 8x, con x=10), siendo los diploides sexuales (2n=2x=20) mientras que los tetraploides son fundamentalmente apomícticos. En trabajos anteriores se comprobó que en situaciones de estrés se incrementa el número de sacos embrionarios sexuales en individuos apomícticos facultativos. Con el fin de determinar cuáles son los genes responsables del cambio en el porcentaje de sacos sexuales, se extrajo ARN de 3 panojas de plantas del cultivar apomíctico facultativo Don Walter INTA sometidas a sequía y de 3 cultivadas en condiciones óptimas de riego. Se realizó RNA-seq utilizando la tecnología Illumina Hi-seq. Como resultado de la secuenciación se obtuvieron más de 312 millones de lecturas de muy buena calidad que fueron ensambladas mediante el software Trinity en 190.474 contigs. Utilizando el criterio 5 TPM, se estableció que el trancriptoma del genotipo Don Walter consiste en ~30.000 transcriptos, entre los cuales se observaron algunas isoformas. Un análisis de expresión diferencial in silico, permitió identificar ~1.000 y ~3.000 transcriptos sobrexpresados en la muestra sometida a estrés hídrico y la condición control, respectivamente. Este transcriptoma posibilitará identificar y validar entre estos genes diferencialmente expresados a aquellos que están involucrados en los cambios observados en el incremento de sacos sexuales en E. curvula bajo condiciones de déficit hídrico. Fil: Carballo, José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina Fil: Zappacosta, Diego Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; Argentina Fil: Rodrigo, Juan Manuel. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina Fil: Selva, Juan Pablo. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Biología, Bioquímica y Farmacia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina Fil: Garbus, Ingrid. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina Fil: Echenique, Carmen Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Agronomía; Argentina Simposio de Genómica Funcional de Plantas Rosario Argentina Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria Bolsa de Comercio de Rosario |
| description |
El pasto llorón, Eragrostis curvula, es una gramínea perenne C4 originaria del sur de África que se adapta a suelos arenosos y es tolerante a la sequía. Posee diferentes niveles de ploidía (2x hasta 8x, con x=10), siendo los diploides sexuales (2n=2x=20) mientras que los tetraploides son fundamentalmente apomícticos. En trabajos anteriores se comprobó que en situaciones de estrés se incrementa el número de sacos embrionarios sexuales en individuos apomícticos facultativos. Con el fin de determinar cuáles son los genes responsables del cambio en el porcentaje de sacos sexuales, se extrajo ARN de 3 panojas de plantas del cultivar apomíctico facultativo Don Walter INTA sometidas a sequía y de 3 cultivadas en condiciones óptimas de riego. Se realizó RNA-seq utilizando la tecnología Illumina Hi-seq. Como resultado de la secuenciación se obtuvieron más de 312 millones de lecturas de muy buena calidad que fueron ensambladas mediante el software Trinity en 190.474 contigs. Utilizando el criterio 5 TPM, se estableció que el trancriptoma del genotipo Don Walter consiste en ~30.000 transcriptos, entre los cuales se observaron algunas isoformas. Un análisis de expresión diferencial in silico, permitió identificar ~1.000 y ~3.000 transcriptos sobrexpresados en la muestra sometida a estrés hídrico y la condición control, respectivamente. Este transcriptoma posibilitará identificar y validar entre estos genes diferencialmente expresados a aquellos que están involucrados en los cambios observados en el incremento de sacos sexuales en E. curvula bajo condiciones de déficit hídrico. |
| publishDate |
2017 |
| dc.date.none.fl_str_mv |
2017 |
| dc.type.none.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion info:eu-repo/semantics/conferenceObject Simposio Book http://purl.org/coar/resource_type/c_5794 info:ar-repo/semantics/documentoDeConferencia |
| status_str |
publishedVersion |
| format |
conferenceObject |
| dc.identifier.none.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/11336/239713 Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo; Simposio de Genómica Funcional de Plantas; Rosario; Argentina; 2017; 168-168 CONICET Digital CONICET |
| url |
http://hdl.handle.net/11336/239713 |
| identifier_str_mv |
Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo; Simposio de Genómica Funcional de Plantas; Rosario; Argentina; 2017; 168-168 CONICET Digital CONICET |
| dc.language.none.fl_str_mv |
spa |
| language |
spa |
| dc.relation.none.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.rosario-conicet.gov.ar/noticias/item/587-simposio-de-genomica-funcional-de-plantas |
| dc.rights.none.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/ |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| rights_invalid_str_mv |
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/ |
| dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf application/pdf application/pdf |
| dc.coverage.none.fl_str_mv |
Nacional |
| dc.publisher.none.fl_str_mv |
Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario |
| publisher.none.fl_str_mv |
Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario |
| dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:CONICET Digital (CONICET) instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas |
| reponame_str |
CONICET Digital (CONICET) |
| collection |
CONICET Digital (CONICET) |
| instname_str |
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas |
| repository.name.fl_str_mv |
CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas |
| repository.mail.fl_str_mv |
dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar |
| _version_ |
1846781953024458752 |
| score |
12.982451 |