The PAMPA datasets: a metagenomic surveyof microbial communities in Argentinean pampean soils
- Autores
- Rascovan, Nicolas; Carbonetto, María Belén; Revale, Santiago; Reinert, Marina Daniela; Alvarez, Roberto; Godeas, Alicia Margarita; Colombo, Roxana; Aguilar, Mario; Novas, María Victoria; Iannone, Leopoldo Javier; Zelada, Alicia Mercedes; Pardo, Alejandro Guillermo; Schrauf, Gustavo; Mentaberry, Alejandro Nestor; Vazquez, Martin Pablo
- Año de publicación
- 2013
- Idioma
- inglés
- Tipo de recurso
- artículo
- Estado
- versión publicada
- Descripción
- Background Soil is among the most diverse and complex environments in the world. Soil microorganisms play an essential role in biogeochemical cycles and affect plant growth and crop production. However, our knowledge of the relationship between species-assemblies and soil ecosystem processes is still very limited. The aim of this study was to generate a comprehensive metagenomic survey to evaluate the effect of high-input agricultural practices on soil microbial communities. Results We collected soil samples from three different areas in the Argentinean Pampean region under three different types of land uses and two soil sources (bulk and rhizospheric). We extracted total DNA from all samples and also synthetized cDNA from rhizospheric samples. Using 454-FLX technology, we generated 112 16S ribosomal DNA and 14 16S ribosomal RNA amplicon libraries totaling 1.3 M reads and 36 shotgun metagenome libraries totaling 17.8 million reads (7.7 GB). Our preliminary results suggested that water availability could be the primary driver that defined microbial assemblages over land use and soil source. However, when water was not a limiting resource (annual precipitation >800 mm) land use was a primary driver. Conclusion This was the first metagenomic study of soil conducted in Argentina and our datasets are among the few large soil datasets publicly available. The detailed analysis of these data will provide a step forward in our understanding of how soil microbiomes respond to high-input agricultural syste
Fil: Rascovan, Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina
Fil: Carbonetto, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina
Fil: Revale, Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina
Fil: Reinert, Marina Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina
Fil: Alvarez, Roberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomia; Argentina
Fil: Godeas, Alicia Margarita. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; Argentina
Fil: Colombo, Roxana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; Argentina
Fil: Aguilar, Mario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet -La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Novas, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botanica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botanica; Argentina
Fil: Iannone, Leopoldo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botanica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botanica; Argentina
Fil: Zelada, Alicia Mercedes. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; Argentina
Fil: Pardo, Alejandro Guillermo. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Micología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Schrauf, Gustavo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomia; Argentina
Fil: Mentaberry, Alejandro Nestor. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Vazquez, Martin Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina - Materia
-
Soil microbial communities
Shotgun metagenome sequencing
Amplicon sequencing
Argentina
Pampas
Land use - Nivel de accesibilidad
- acceso abierto
- Condiciones de uso
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The PAMPA datasets: a metagenomic surveyof microbial communities in Argentinean pampean soilsRascovan, NicolasCarbonetto, María BelénRevale, SantiagoReinert, Marina DanielaAlvarez, RobertoGodeas, Alicia MargaritaColombo, RoxanaAguilar, MarioNovas, María VictoriaIannone, Leopoldo JavierZelada, Alicia MercedesPardo, Alejandro GuillermoSchrauf, GustavoMentaberry, Alejandro NestorVazquez, Martin PabloSoil microbial communitiesShotgun metagenome sequencingAmplicon sequencingArgentinaPampasLand usehttps://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1Background Soil is among the most diverse and complex environments in the world. Soil microorganisms play an essential role in biogeochemical cycles and affect plant growth and crop production. However, our knowledge of the relationship between species-assemblies and soil ecosystem processes is still very limited. The aim of this study was to generate a comprehensive metagenomic survey to evaluate the effect of high-input agricultural practices on soil microbial communities. Results We collected soil samples from three different areas in the Argentinean Pampean region under three different types of land uses and two soil sources (bulk and rhizospheric). We extracted total DNA from all samples and also synthetized cDNA from rhizospheric samples. Using 454-FLX technology, we generated 112 16S ribosomal DNA and 14 16S ribosomal RNA amplicon libraries totaling 1.3 M reads and 36 shotgun metagenome libraries totaling 17.8 million reads (7.7 GB). Our preliminary results suggested that water availability could be the primary driver that defined microbial assemblages over land use and soil source. However, when water was not a limiting resource (annual precipitation >800 mm) land use was a primary driver. Conclusion This was the first metagenomic study of soil conducted in Argentina and our datasets are among the few large soil datasets publicly available. The detailed analysis of these data will provide a step forward in our understanding of how soil microbiomes respond to high-input agricultural systeFil: Rascovan, Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Carbonetto, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Revale, Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Reinert, Marina Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Alvarez, Roberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomia; ArgentinaFil: Godeas, Alicia Margarita. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; ArgentinaFil: Colombo, Roxana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; ArgentinaFil: Aguilar, Mario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet -La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Novas, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botanica. Universidad de Buenos Aires. 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