Phylodynamic of Tomato Brown Rugose Fruit Virus and Tomato Chlorosis Virus, Two Emergent Viruses in Mixed Infections in Argentina

Autores
Ibañez, Julia M.; Zambrana Montaño, Romina Micaela; Gonzalez Carreras, Pamela Stefanía; Obregón, Verónica; Irazoqui, José Matías; Vera, Pablo A.; Lattar, Tatiana E.; Blanco Fernandez, Maria Dolores; Puebla, Andrea Fabiana; Amadio, Ariel Fernando; Torres, Carolina; López Lambertini, Paola María
Año de publicación
2025
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Tobamovirus fructirugosum (ToBRFV) and Crinivirus tomatichlorosis (ToCV) are emerging viral threats to tomato production worldwide, with expanding global distribution. Both viruses exhibit distinct biological characteristics and transmission mechanisms that influence their spread. This study aimed to reconstruct the complete genomes of ToBRFV and ToCV from infected tomato plants and wastewater samples in Argentina to explore their global evolutionary dynamics. Additionally, it compared the genetic diversity of ToBRFV in plant tissue and sewage samples. Using metagenomic analysis, the complete genome sequences of two ToBRFV isolates and two ToCV isolates from co-infected tomatoes, along with four ToBRFV isolates from sewage, were obtained. The analysis showed that ToBRFV exhibited higher genetic diversity in environmental samples than in plant samples. Phylodynamic analysis indicated that both viruses had a recent, single introduction in Argentina but predicted different times for ancestral diversification. The evolutionary analysis estimated that ToBRFV began its global diversification in June 2013 in Israel, with rapid diversification and exponential growth until 2020, after which the effective population size declined. Moreover, ToCV’s global expansion was characterized by exponential growth from 1979 to 2010, with Turkey identified as the most probable location with the current data available. This study highlights how sequencing and monitoring plant viruses can enhance our understanding of their global spread and impact on agriculture.
Fil: Ibañez, Julia M.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Corrientes. Estación Experimental Agropecuaria Bella Vista; Argentina
Fil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular (ibavim) ; Facultad de Farmacia y Bioquimica ; Universidad de Buenos Aires; . Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Gonzalez Carreras, Pamela Stefanía. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Obregón, Verónica. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Corrientes. Estación Experimental Agropecuaria Bella Vista; Argentina
Fil: Irazoqui, José Matías. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea. - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Santa Fe. Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Vera, Pablo A.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Lattar, Tatiana E.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Corrientes. Estación Experimental Agropecuaria Bella Vista; Argentina
Fil: Blanco Fernandez, Maria Dolores. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Amadio, Ariel Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea. - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Santa Fe. Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: López Lambertini, Paola María. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola; Argentina
Materia
ToBRFV
ToCV
TOMATO
WASTEWATER VIROMICS
EMERGING VIRUSES
WHOLE-GENOME SEQUENCING
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BAYESIAN COALESCENT ANALYSIS
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Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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This study aimed to reconstruct the complete genomes of ToBRFV and ToCV from infected tomato plants and wastewater samples in Argentina to explore their global evolutionary dynamics. Additionally, it compared the genetic diversity of ToBRFV in plant tissue and sewage samples. Using metagenomic analysis, the complete genome sequences of two ToBRFV isolates and two ToCV isolates from co-infected tomatoes, along with four ToBRFV isolates from sewage, were obtained. The analysis showed that ToBRFV exhibited higher genetic diversity in environmental samples than in plant samples. Phylodynamic analysis indicated that both viruses had a recent, single introduction in Argentina but predicted different times for ancestral diversification. The evolutionary analysis estimated that ToBRFV began its global diversification in June 2013 in Israel, with rapid diversification and exponential growth until 2020, after which the effective population size declined. Moreover, ToCV’s global expansion was characterized by exponential growth from 1979 to 2010, with Turkey identified as the most probable location with the current data available. This study highlights how sequencing and monitoring plant viruses can enhance our understanding of their global spread and impact on agriculture.Fil: Ibañez, Julia M.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Corrientes. Estación Experimental Agropecuaria Bella Vista; ArgentinaFil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular (ibavim) ; Facultad de Farmacia y Bioquimica ; Universidad de Buenos Aires; . Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Gonzalez Carreras, Pamela Stefanía. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Obregón, Verónica. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. 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Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: López Lambertini, Paola María. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. 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Fil: Ibañez, Julia M.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Corrientes. Estación Experimental Agropecuaria Bella Vista; Argentina
Fil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular (ibavim) ; Facultad de Farmacia y Bioquimica ; Universidad de Buenos Aires; . Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Gonzalez Carreras, Pamela Stefanía. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina
Fil: Obregón, Verónica. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Corrientes. Estación Experimental Agropecuaria Bella Vista; Argentina
Fil: Irazoqui, José Matías. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea. - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Santa Fe. Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Vera, Pablo A.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
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Fil: Blanco Fernandez, Maria Dolores. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
Fil: Amadio, Ariel Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea. - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Santa Fe. Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina
Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
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