Design of an internal amplification control for a duplex PCR used in the detection of Shiga toxin producing Escherichia coli in pediatric feces

Autores
Salinas Ibáñez, Ángel Gabriel; Lucero Estrada, Cecilia Stella Marys; Chialva, Constanza Soledad; Zárate, Juan Manuel; Juri Ayub, Maximiliano; Escudero, María Esther
Año de publicación
2015
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
A conventional PCR targeted directly to the detection of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) in diarrheal stools of symptomatic patients may require the introduction of internal controls to detect false negative results. In the present study, we designed a competitive internal amplification control (IAC) to be included in a well-known PCR protocol used to amplify the stx1and stx2 genes from STEC isolates. The IAC was introduced in the PCR reaction and amplified when E. coli O157:H7 cultures and contaminated pediatric feces were assayed. When STEC concentration was 103 CFU ml-1 in pure culture and 104 CFU g-1 in contaminated stools, the IAC at concentration of 0.143 pg μl-1 in the PCR reaction mixture was co-amplified with the stx2 sequence, producing bands of 279 and 349 bp, respectively. These STEC values were considered the detection limits of the duplex PCR. The specific detection of STEC by duplex PCR including IAC might be achieved directly on pediatric feces when the pathogen load reaches concentrations of at least 104 CFU g-1.
Fil: Salinas Ibáñez, Ángel Gabriel. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. Área Microbiología; Argentina
Fil: Lucero Estrada, Cecilia Stella Marys. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. Área Microbiología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; Argentina
Fil: Chialva, Constanza Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Biología Agrícola de Mendoza; Argentina. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. Departamento de Bioquímica y Ciencias Biológicas. Area de Biología Molecular; Argentina
Fil: Zárate, Juan Manuel. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. Departamento de Bioquímica y Ciencias Biológicas. Area de Biología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; Argentina
Fil: Juri Ayub, Maximiliano. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. Departamento de Bioquímica y Ciencias Biológicas. Area de Biología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; Argentina
Fil: Escudero, María Esther. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. Área Microbiología; Argentina
Materia
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Escherichia Coli
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Pediatric Feces
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Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
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Institución
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When STEC concentration was 103 CFU ml-1 in pure culture and 104 CFU g-1 in contaminated stools, the IAC at concentration of 0.143 pg μl-1 in the PCR reaction mixture was co-amplified with the stx2 sequence, producing bands of 279 and 349 bp, respectively. These STEC values were considered the detection limits of the duplex PCR. The specific detection of STEC by duplex PCR including IAC might be achieved directly on pediatric feces when the pathogen load reaches concentrations of at least 104 CFU g-1.Fil: Salinas Ibáñez, Ángel Gabriel. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. Área Microbiología; ArgentinaFil: Lucero Estrada, Cecilia Stella Marys. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. Área Microbiología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. 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Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; ArgentinaFil: Juri Ayub, Maximiliano. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. Departamento de Bioquímica y Ciencias Biológicas. Area de Biología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; ArgentinaFil: Escudero, María Esther. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia. 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