Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas

Autores
Andrade, Lautaro Daniel; Martínez, Juan José; Barquez, Ruben Marcos; Martín, Eduardo; Ferro, Luis Ignacio
Año de publicación
2021
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
En esta investigación usamos códigos de barras de ADN como una herramienta para el análisis de la diversidad específica y la variabilidad geográfica de roedores Sigmodontinae (Cricetidae) en el Norte de Argentina. Analizamos 162 individuos de 50 localidades pertenecientes a 31 especies originalmente determinadas mediante morfología. El 72% de las localidades estudiadas se encuentran en las Yungas mientras que el 71% de las especies analizadas habita en alguno de sus estratos altitudinales. Se realizaron dos análisis de delimitación de especies: la implementación bayesiana del método “Poisson Tree Processes” (bPTP) y el método “Automated Barcode Gap Discovery” (ABGD), este último bajo dos modelos de sustitución, K2P y JC69. El método bPTP evidenció linajes diferentes en algunas especies totalizando un recuento de 44 especies, 13 más que las 31 originalmente detectadas. El método ABGD resultó en 40 especies en promedio para todas las particiones recursivas de los dos modelos de sustitución utilizados. Las especies que presentaron más de un linaje genético (especies putativas) con respecto a su determinación original fueron las siguientes: Akodon budini, Akodon simulator, Akodon spegazzinii, Andinomys edax, Necromys lactens, Oligoryzomys chacoensis, Oligoryzomys flavescens y Phyllotis tucumanus. Los resultados obtenidos sugieren una diversidad de roedores sigmodontinos más elevada que la actualmente reconocida en la región de estudio y destacan la necesidad de relevamientos faunísticos más exhaustivos que permitan un apropiado inventario de la biodiversidad.
We used DNA barcodes to explore the species diversity and the geographic variability of Sigmodontinae (Cricetidae) rodents in North Argentina. We analyzed 162 individuals from 50 localities belonging to 31 species primarily determined by morphology. Most of the studied localities (72%) are from the Yungas forest while 71% of the analyzed species inhabit some of their altitudinal strata. We performed two species delimitation analyzes, the Bayesian Poisson Tree Processes (bPTP) method, and the Automated Barcode Gap Discovery (ABGD) method, the latter under two substitution models K2P and JC69. The bPTP method reported the presence of different lineages in some species totaling 44 species, 13 more than the 31 originally listed in our database. The ABGD method resulted in 40 species on average for all recursive partitions under the two substitution models. The following species presented more than one genetic lineage (putative species): Akodon budini, Akodon simulator, Akodon spegazzinii, Andinomys edax, Necromys lactens, Oligoryzomys chacoensis, Oligoryzomys flavescens and Phyllotis tucumanus. Our results suggest that the diversity of sigmodontine rodents in northwestern Argentina is higher than the currently recognized, and highlight the need for more exhaustive faunal surveys which allows a more accurate biodiversity inventory
Fil: Andrade, Lautaro Daniel. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Ecorregiones Andinas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Ecorregiones Andinas; Argentina
Fil: Martínez, Juan José. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Ecorregiones Andinas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Ecorregiones Andinas; Argentina
Fil: Barquez, Ruben Marcos. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Programa de Investigación de Biodiversidad Argentina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; Argentina
Fil: Martín, Eduardo. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Ecorregiones Andinas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Ecorregiones Andinas; Argentina
Fil: Ferro, Luis Ignacio. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Programa de Investigación de Biodiversidad Argentina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; Argentina
Materia
BIOINFORMÁTICA
INFERENCIA FILOGENÉTICA
TAXONOMIA
INVENTARIO DE ESPECIES
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/143526
Acceder
id CONICETDig_6e7e9a3d4329125b07cb0784150648f2
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/143526
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungasUsing DNA Barcoding for delimitation of species in sigmodontine rodents (Cricetidae) in north Argentina with special emphasis on those of the Yungas forestAndrade, Lautaro DanielMartínez, Juan JoséBarquez, Ruben MarcosMartín, EduardoFerro, Luis IgnacioBIOINFORMÁTICAINFERENCIA FILOGENÉTICATAXONOMIAINVENTARIO DE ESPECIEShttps://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1En esta investigación usamos códigos de barras de ADN como una herramienta para el análisis de la diversidad específica y la variabilidad geográfica de roedores Sigmodontinae (Cricetidae) en el Norte de Argentina. Analizamos 162 individuos de 50 localidades pertenecientes a 31 especies originalmente determinadas mediante morfología. El 72% de las localidades estudiadas se encuentran en las Yungas mientras que el 71% de las especies analizadas habita en alguno de sus estratos altitudinales. Se realizaron dos análisis de delimitación de especies: la implementación bayesiana del método “Poisson Tree Processes” (bPTP) y el método “Automated Barcode Gap Discovery” (ABGD), este último bajo dos modelos de sustitución, K2P y JC69. El método bPTP evidenció linajes diferentes en algunas especies totalizando un recuento de 44 especies, 13 más que las 31 originalmente detectadas. El método ABGD resultó en 40 especies en promedio para todas las particiones recursivas de los dos modelos de sustitución utilizados. Las especies que presentaron más de un linaje genético (especies putativas) con respecto a su determinación original fueron las siguientes: Akodon budini, Akodon simulator, Akodon spegazzinii, Andinomys edax, Necromys lactens, Oligoryzomys chacoensis, Oligoryzomys flavescens y Phyllotis tucumanus. Los resultados obtenidos sugieren una diversidad de roedores sigmodontinos más elevada que la actualmente reconocida en la región de estudio y destacan la necesidad de relevamientos faunísticos más exhaustivos que permitan un apropiado inventario de la biodiversidad.We used DNA barcodes to explore the species diversity and the geographic variability of Sigmodontinae (Cricetidae) rodents in North Argentina. We analyzed 162 individuals from 50 localities belonging to 31 species primarily determined by morphology. Most of the studied localities (72%) are from the Yungas forest while 71% of the analyzed species inhabit some of their altitudinal strata. We performed two species delimitation analyzes, the Bayesian Poisson Tree Processes (bPTP) method, and the Automated Barcode Gap Discovery (ABGD) method, the latter under two substitution models K2P and JC69. The bPTP method reported the presence of different lineages in some species totaling 44 species, 13 more than the 31 originally listed in our database. The ABGD method resulted in 40 species on average for all recursive partitions under the two substitution models. The following species presented more than one genetic lineage (putative species): Akodon budini, Akodon simulator, Akodon spegazzinii, Andinomys edax, Necromys lactens, Oligoryzomys chacoensis, Oligoryzomys flavescens and Phyllotis tucumanus. Our results suggest that the diversity of sigmodontine rodents in northwestern Argentina is higher than the currently recognized, and highlight the need for more exhaustive faunal surveys which allows a more accurate biodiversity inventoryFil: Andrade, Lautaro Daniel. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Ecorregiones Andinas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Ecorregiones Andinas; ArgentinaFil: Martínez, Juan José. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Ecorregiones Andinas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Ecorregiones Andinas; ArgentinaFil: Barquez, Ruben Marcos. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Programa de Investigación de Biodiversidad Argentina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; ArgentinaFil: Martín, Eduardo. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Ecorregiones Andinas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Ecorregiones Andinas; ArgentinaFil: Ferro, Luis Ignacio. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Programa de Investigación de Biodiversidad Argentina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; ArgentinaSociedad Argentina para el Estudio de los Mamíferos2021-08info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501info:ar-repo/semantics/articuloapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/143526Andrade, Lautaro Daniel; Martínez, Juan José; Barquez, Ruben Marcos; Martín, Eduardo; Ferro, Luis Ignacio; Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas; Sociedad Argentina para el Estudio de los Mamíferos; Mastozoología Neotropical; 28; 1; 8-2021; 1-181666-0536CONICET DigitalCONICETspainfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://mn.sarem.org.ar/article/codigo-de-barras-de-adn-para-la-delimitacion-de-especies-en-roedores-sigmodontinos-del-norte-argentino/info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.31687/saremMN.21.28.1.0.22info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-10-15T15:45:49Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/143526instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-10-15 15:45:50.061CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas
Using DNA Barcoding for delimitation of species in sigmodontine rodents (Cricetidae) in north Argentina with special emphasis on those of the Yungas forest
title Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas
spellingShingle Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas
Andrade, Lautaro Daniel
BIOINFORMÁTICA
INFERENCIA FILOGENÉTICA
TAXONOMIA
INVENTARIO DE ESPECIES
title_short Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas
title_full Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas
title_fullStr Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas
title_full_unstemmed Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas
title_sort Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas
dc.creator.none.fl_str_mv Andrade, Lautaro Daniel
Martínez, Juan José
Barquez, Ruben Marcos
Martín, Eduardo
Ferro, Luis Ignacio
author Andrade, Lautaro Daniel
author_facet Andrade, Lautaro Daniel
Martínez, Juan José
Barquez, Ruben Marcos
Martín, Eduardo
Ferro, Luis Ignacio
author_role author
author2 Martínez, Juan José
Barquez, Ruben Marcos
Martín, Eduardo
Ferro, Luis Ignacio
author2_role author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv BIOINFORMÁTICA
INFERENCIA FILOGENÉTICA
TAXONOMIA
INVENTARIO DE ESPECIES
topic BIOINFORMÁTICA
INFERENCIA FILOGENÉTICA
TAXONOMIA
INVENTARIO DE ESPECIES
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/1.6
https://purl.org/becyt/ford/1
dc.description.none.fl_txt_mv En esta investigación usamos códigos de barras de ADN como una herramienta para el análisis de la diversidad específica y la variabilidad geográfica de roedores Sigmodontinae (Cricetidae) en el Norte de Argentina. Analizamos 162 individuos de 50 localidades pertenecientes a 31 especies originalmente determinadas mediante morfología. El 72% de las localidades estudiadas se encuentran en las Yungas mientras que el 71% de las especies analizadas habita en alguno de sus estratos altitudinales. Se realizaron dos análisis de delimitación de especies: la implementación bayesiana del método “Poisson Tree Processes” (bPTP) y el método “Automated Barcode Gap Discovery” (ABGD), este último bajo dos modelos de sustitución, K2P y JC69. El método bPTP evidenció linajes diferentes en algunas especies totalizando un recuento de 44 especies, 13 más que las 31 originalmente detectadas. El método ABGD resultó en 40 especies en promedio para todas las particiones recursivas de los dos modelos de sustitución utilizados. Las especies que presentaron más de un linaje genético (especies putativas) con respecto a su determinación original fueron las siguientes: Akodon budini, Akodon simulator, Akodon spegazzinii, Andinomys edax, Necromys lactens, Oligoryzomys chacoensis, Oligoryzomys flavescens y Phyllotis tucumanus. Los resultados obtenidos sugieren una diversidad de roedores sigmodontinos más elevada que la actualmente reconocida en la región de estudio y destacan la necesidad de relevamientos faunísticos más exhaustivos que permitan un apropiado inventario de la biodiversidad.
We used DNA barcodes to explore the species diversity and the geographic variability of Sigmodontinae (Cricetidae) rodents in North Argentina. We analyzed 162 individuals from 50 localities belonging to 31 species primarily determined by morphology. Most of the studied localities (72%) are from the Yungas forest while 71% of the analyzed species inhabit some of their altitudinal strata. We performed two species delimitation analyzes, the Bayesian Poisson Tree Processes (bPTP) method, and the Automated Barcode Gap Discovery (ABGD) method, the latter under two substitution models K2P and JC69. The bPTP method reported the presence of different lineages in some species totaling 44 species, 13 more than the 31 originally listed in our database. The ABGD method resulted in 40 species on average for all recursive partitions under the two substitution models. The following species presented more than one genetic lineage (putative species): Akodon budini, Akodon simulator, Akodon spegazzinii, Andinomys edax, Necromys lactens, Oligoryzomys chacoensis, Oligoryzomys flavescens and Phyllotis tucumanus. Our results suggest that the diversity of sigmodontine rodents in northwestern Argentina is higher than the currently recognized, and highlight the need for more exhaustive faunal surveys which allows a more accurate biodiversity inventory
Fil: Andrade, Lautaro Daniel. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Ecorregiones Andinas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Ecorregiones Andinas; Argentina
Fil: Martínez, Juan José. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Ecorregiones Andinas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Ecorregiones Andinas; Argentina
Fil: Barquez, Ruben Marcos. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Programa de Investigación de Biodiversidad Argentina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; Argentina
Fil: Martín, Eduardo. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Ecorregiones Andinas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Ecorregiones Andinas; Argentina
Fil: Ferro, Luis Ignacio. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Programa de Investigación de Biodiversidad Argentina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; Argentina
description En esta investigación usamos códigos de barras de ADN como una herramienta para el análisis de la diversidad específica y la variabilidad geográfica de roedores Sigmodontinae (Cricetidae) en el Norte de Argentina. Analizamos 162 individuos de 50 localidades pertenecientes a 31 especies originalmente determinadas mediante morfología. El 72% de las localidades estudiadas se encuentran en las Yungas mientras que el 71% de las especies analizadas habita en alguno de sus estratos altitudinales. Se realizaron dos análisis de delimitación de especies: la implementación bayesiana del método “Poisson Tree Processes” (bPTP) y el método “Automated Barcode Gap Discovery” (ABGD), este último bajo dos modelos de sustitución, K2P y JC69. El método bPTP evidenció linajes diferentes en algunas especies totalizando un recuento de 44 especies, 13 más que las 31 originalmente detectadas. El método ABGD resultó en 40 especies en promedio para todas las particiones recursivas de los dos modelos de sustitución utilizados. Las especies que presentaron más de un linaje genético (especies putativas) con respecto a su determinación original fueron las siguientes: Akodon budini, Akodon simulator, Akodon spegazzinii, Andinomys edax, Necromys lactens, Oligoryzomys chacoensis, Oligoryzomys flavescens y Phyllotis tucumanus. Los resultados obtenidos sugieren una diversidad de roedores sigmodontinos más elevada que la actualmente reconocida en la región de estudio y destacan la necesidad de relevamientos faunísticos más exhaustivos que permitan un apropiado inventario de la biodiversidad.
publishDate 2021
dc.date.none.fl_str_mv 2021-08
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
info:ar-repo/semantics/articulo
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/143526
Andrade, Lautaro Daniel; Martínez, Juan José; Barquez, Ruben Marcos; Martín, Eduardo; Ferro, Luis Ignacio; Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas; Sociedad Argentina para el Estudio de los Mamíferos; Mastozoología Neotropical; 28; 1; 8-2021; 1-18
1666-0536
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/143526
identifier_str_mv Andrade, Lautaro Daniel; Martínez, Juan José; Barquez, Ruben Marcos; Martín, Eduardo; Ferro, Luis Ignacio; Código de barras de ADN para la delimitación de especies en roedores sigmodontinos (Cricetidae) del norte argentino, con especial énfasis en aquellas de las yungas; Sociedad Argentina para el Estudio de los Mamíferos; Mastozoología Neotropical; 28; 1; 8-2021; 1-18
1666-0536
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://mn.sarem.org.ar/article/codigo-de-barras-de-adn-para-la-delimitacion-de-especies-en-roedores-sigmodontinos-del-norte-argentino/
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.31687/saremMN.21.28.1.0.22
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Sociedad Argentina para el Estudio de los Mamíferos
publisher.none.fl_str_mv Sociedad Argentina para el Estudio de los Mamíferos
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1846083557208883200
score 13.22299

Publicaciones similares