Nitric Oxide Reactivity with Globins as Investigated Through Computer Simulation

Autores
Marti, Marcelo A.; Capece, Luciana; Bidon Chanal, Axel; Crespo, Alejandro; Guallar, Victor; Luque, F. Javier; Estrin, Dario Ariel
Año de publicación
2008
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
This chapter reviews the application of classical and quantum-mechanical atomistic simulation tools used in the investigation of several relevant issues in nitric oxide reactivity with globins and presents different simulation strategies based on classical force fields: standard molecular dynamics, essential dynamics, umbrella sampling, multiple steering molecular dynamics, and a novel technique for exploring the protein energy landscape. It also presents hybrid quantum-classical schemes as a tool to obtain relevant information regarding binding energies and chemical reactivity of globins. As illustrative examples, investigations of the structural flexibility, ligand migration profiles, oxygen affinity, and reactivity toward nitric oxide of truncated hemoglobin N of Mycobacterium tuberculosis are presented.
Fil: Marti, Marcelo A.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
Fil: Capece, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
Fil: Bidon Chanal, Axel. Universidad de Barcelona; España
Fil: Crespo, Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
Fil: Guallar, Victor. Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats; España
Fil: Luque, F. Javier. Universidad de Barcelona; España
Fil: Estrin, Dario Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
Materia
MOLECULAR DYNAMICS
BIOMECHANICAL PHENOMENA
COMPUTER SIMULATION
GLOBINS
MYOGLOBIN
NITRIC OXIDE
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
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Fil: Marti, Marcelo A.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
Fil: Capece, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
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