Draft genome and multi-tissue transcriptome assemblies of the Neotropical leaf-frog Phyllomedusa bahiana

Autores
Andrade, Pedro; Lucio Lyra, Mariana; Zina, Juliana; Bastos, Deivson F.O.; Brunetti, Andrés Eduardo; Pontes Baêta Da Costa, Délio; Afonso, Sandra; Brunes, Tuliana O.; Goulart Taucce, Pedro Paulo; Carneiro, Miguel; Baptista Haddad, Célio Fernando; Sequeira, Fernando
Año de publicación
2022
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Amphibians are increasingly threatened worldwide, but the availability of genomic resources that could be crucial for implementing informed conservation practices lags well behind that for other vertebrate groups. Here, we describe draft de novo genome, mitogenome, and transcriptome assemblies for the Neotropical leaf-frog Phyllomedusa bahiana native to the Brazilian Atlantic Forest and Caatinga. We used a combination of PacBio long reads and Illumina sequencing to produce a 4.74-Gbp contig-level genome assembly, which has a contiguity comparable to other recent nonchromosome level assemblies. The assembled mitogenome comprises 16,239 bp and the gene content and arrangement are similar to other Neobratrachia. RNA-sequencing from 8 tissues resulted in a highly complete (86.3%) reference transcriptome. We further use whole-genome resequencing data from P. bahiana and from its sister species Phyllomedusa burmeisteri, to demonstrate how our assembly can be used as a backbone for population genomics studies within the P. burmeisteri species group. Our assemblies thus represent important additions to the catalog of genomic resources available from amphibians.
Fil: Andrade, Pedro. Universidad de Porto. Facultad de Ciências. Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos; Portugal
Fil: Lucio Lyra, Mariana. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; Brasil
Fil: Zina, Juliana. Universidade Estadual Do Sudoeste Da Bahia; Brasil
Fil: Bastos, Deivson F.O.. Universidade Estadual Do Sudoeste Da Bahia; Brasil
Fil: Brunetti, Andrés Eduardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; Argentina
Fil: Pontes Baêta Da Costa, Délio. Universidad de Porto. Facultad de Ciências. Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos; Portugal. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; Brasil
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Fil: Goulart Taucce, Pedro Paulo. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; Brasil
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Materia
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ANURA
GENOME
MITOGENOME
PHYLLOMEDUSIDAE
TRANSCRIPTOME
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
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Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
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