Computational methods for biological problems: membrane proteins promenades

Autores
Masone, Diego Fernando
Año de publicación
2021
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
In this work, we discuss the computational techniques of molecular dynamics and docking as essential tools in the study of the interactions between proteins and membranes. We focus on the cellular mechanisms of the membrane pore and the fusion pore, used by the cell to communicate with its exterior. We look at the cases of two proteins of interest: dynamin and alpha-synuclein, and describe their possible role in membrane events such as fusion, fission, and poration. Finally, we describe some of the most widely used docking and molecular dynamics softwares applied to biological protein and membrane systems.
En este trabajo, comentamos las tecnicas computacionales de dinámica molecular y docking como herramientas esenciales en el estudio de las interacciones entre proteínas y membranas. Nos centramos en los mecanismos celulares del poro de membrana y el poro de fusion, utilizados por la célula para comunicarse con su exterior. Vemos los casos de dos proteínas de interes: la dinamina y alfa-sinucleína, y describimos su posible rol en eventos de membrana como la fusion, la fisión y la poración. Por último, describimos algunos de los softwares más comunmente utilizados en docking y en dinámica molecular aplicados a sistemas biológicos de proteínas y membranas.
Fil: Masone, Diego Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ingeniería; Argentina
Materia
PROTEÍNAS
MEMBRANAS
DINÁMICA MOLECULAR
VARIABLES COLECTIVAS
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
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Acceder
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En este trabajo, comentamos las tecnicas computacionales de dinámica molecular y docking como herramientas esenciales en el estudio de las interacciones entre proteínas y membranas. Nos centramos en los mecanismos celulares del poro de membrana y el poro de fusion, utilizados por la célula para comunicarse con su exterior. Vemos los casos de dos proteínas de interes: la dinamina y alfa-sinucleína, y describimos su posible rol en eventos de membrana como la fusion, la fisión y la poración. Por último, describimos algunos de los softwares más comunmente utilizados en docking y en dinámica molecular aplicados a sistemas biológicos de proteínas y membranas.
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