Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy

Autores
Mahmoud, Yamil Damián; Veigas, Florencia; Merlo, Joaquín Pedro; Balzarini, Monica Graciela; Rocha, Darío Gastón; Rabinovich, Gabriel Adrián; Fernandez, Elmer Andres; Girotti, Maria Romina
Año de publicación
2020
Idioma
inglés
Tipo de recurso
documento de conferencia
Estado
versión publicada
Descripción
Immunotherapies have revolutionized cancer treatment, but responses are not universal and patients who initially respond to therapy develop resistance. The accurate quantification of tumor-infiltrating immune cells holds the promise to reveal the role of the immune system in human cancers and its involvement in tumor escape mechanisms and response to therapy. We present MIXTURE, a new algorithm for tumor immune cell-type proportions deconvolution from transcriptomic data that overcomes competitive methods and revealed novel associations of immune cell types with patient survival and immunotherapy response.
Fil: Mahmoud, Yamil Damián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Veigas, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Merlo, Joaquín Pedro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Balzarini, Monica Graciela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola. Grupo Vinculado Catedra de Estadística y Biometría de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Nacional de Córdoba al Ufyma | Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola. Grupo Vinculado Catedra de Estadística y Biometría de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Nacional de Córdoba al Ufyma; Argentina
Fil: Rocha, Darío Gastón. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina
Fil: Rabinovich, Gabriel Adrián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Fernandez, Elmer Andres. Area de Ciencias Agrarias, Ingeniería, Ciencias Biológicas y de la Salud de la Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentina
Fil: Girotti, Maria Romina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
2020 ASCO Annual Meeting I: Virtual Scientific Program
en línea
Estados Unidos
American Society of Clinical Oncology
Materia
IMMUNE SYSTEM
IMMUNOTHERAPY
CANCER
PREDICTION
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/257975

id CONICETDig_154937d5caa5f284c530bcf41f7c202e
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/257975
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapyMahmoud, Yamil DamiánVeigas, FlorenciaMerlo, Joaquín PedroBalzarini, Monica GracielaRocha, Darío GastónRabinovich, Gabriel AdriánFernandez, Elmer AndresGirotti, Maria RominaIMMUNE SYSTEMIMMUNOTHERAPYCANCERPREDICTIONhttps://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1https://purl.org/becyt/ford/3.1https://purl.org/becyt/ford/3Immunotherapies have revolutionized cancer treatment, but responses are not universal and patients who initially respond to therapy develop resistance. The accurate quantification of tumor-infiltrating immune cells holds the promise to reveal the role of the immune system in human cancers and its involvement in tumor escape mechanisms and response to therapy. We present MIXTURE, a new algorithm for tumor immune cell-type proportions deconvolution from transcriptomic data that overcomes competitive methods and revealed novel associations of immune cell types with patient survival and immunotherapy response.Fil: Mahmoud, Yamil Damián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Veigas, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Merlo, Joaquín Pedro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Balzarini, Monica Graciela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola. Grupo Vinculado Catedra de Estadística y Biometría de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Nacional de Córdoba al Ufyma | Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola. Grupo Vinculado Catedra de Estadística y Biometría de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Nacional de Córdoba al Ufyma; ArgentinaFil: Rocha, Darío Gastón. Universidad Nacional de Córdoba; ArgentinaFil: Rabinovich, Gabriel Adrián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; ArgentinaFil: Fernandez, Elmer Andres. Area de Ciencias Agrarias, Ingeniería, Ciencias Biológicas y de la Salud de la Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; ArgentinaFil: Girotti, Maria Romina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina2020 ASCO Annual Meeting I: Virtual Scientific Programen líneaEstados UnidosAmerican Society of Clinical OncologyJournal of Clinical Oncology2020info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectCongresoJournalhttp://purl.org/coar/resource_type/c_5794info:ar-repo/semantics/documentoDeConferenciaapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/257975Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy; 2020 ASCO Annual Meeting I: Virtual Scientific Program; en línea; Estados Unidos; 2020; e15198-e151980732-183x1527-7755CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://ascopubs.org/doi/10.1200/JCO.2020.38.15_suppl.e15198info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1200/JCO.2020.38.15_suppl.e15198Internacionalinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-09-03T10:02:13Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/257975instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-03 10:02:13.318CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy
title Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy
spellingShingle Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy
Mahmoud, Yamil Damián
IMMUNE SYSTEM
IMMUNOTHERAPY
CANCER
PREDICTION
title_short Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy
title_full Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy
title_fullStr Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy
title_full_unstemmed Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy
title_sort Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy
dc.creator.none.fl_str_mv Mahmoud, Yamil Damián
Veigas, Florencia
Merlo, Joaquín Pedro
Balzarini, Monica Graciela
Rocha, Darío Gastón
Rabinovich, Gabriel Adrián
Fernandez, Elmer Andres
Girotti, Maria Romina
author Mahmoud, Yamil Damián
author_facet Mahmoud, Yamil Damián
Veigas, Florencia
Merlo, Joaquín Pedro
Balzarini, Monica Graciela
Rocha, Darío Gastón
Rabinovich, Gabriel Adrián
Fernandez, Elmer Andres
Girotti, Maria Romina
author_role author
author2 Veigas, Florencia
Merlo, Joaquín Pedro
Balzarini, Monica Graciela
Rocha, Darío Gastón
Rabinovich, Gabriel Adrián
Fernandez, Elmer Andres
Girotti, Maria Romina
author2_role author
author
author
author
author
author
author
dc.subject.none.fl_str_mv IMMUNE SYSTEM
IMMUNOTHERAPY
CANCER
PREDICTION
topic IMMUNE SYSTEM
IMMUNOTHERAPY
CANCER
PREDICTION
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/1.6
https://purl.org/becyt/ford/1
https://purl.org/becyt/ford/3.1
https://purl.org/becyt/ford/3
dc.description.none.fl_txt_mv Immunotherapies have revolutionized cancer treatment, but responses are not universal and patients who initially respond to therapy develop resistance. The accurate quantification of tumor-infiltrating immune cells holds the promise to reveal the role of the immune system in human cancers and its involvement in tumor escape mechanisms and response to therapy. We present MIXTURE, a new algorithm for tumor immune cell-type proportions deconvolution from transcriptomic data that overcomes competitive methods and revealed novel associations of immune cell types with patient survival and immunotherapy response.
Fil: Mahmoud, Yamil Damián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Veigas, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Merlo, Joaquín Pedro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Balzarini, Monica Graciela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola. Grupo Vinculado Catedra de Estadística y Biometría de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Nacional de Córdoba al Ufyma | Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola. Grupo Vinculado Catedra de Estadística y Biometría de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Nacional de Córdoba al Ufyma; Argentina
Fil: Rocha, Darío Gastón. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina
Fil: Rabinovich, Gabriel Adrián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
Fil: Fernandez, Elmer Andres. Area de Ciencias Agrarias, Ingeniería, Ciencias Biológicas y de la Salud de la Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentina
Fil: Girotti, Maria Romina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
2020 ASCO Annual Meeting I: Virtual Scientific Program
en línea
Estados Unidos
American Society of Clinical Oncology
description Immunotherapies have revolutionized cancer treatment, but responses are not universal and patients who initially respond to therapy develop resistance. The accurate quantification of tumor-infiltrating immune cells holds the promise to reveal the role of the immune system in human cancers and its involvement in tumor escape mechanisms and response to therapy. We present MIXTURE, a new algorithm for tumor immune cell-type proportions deconvolution from transcriptomic data that overcomes competitive methods and revealed novel associations of immune cell types with patient survival and immunotherapy response.
publishDate 2020
dc.date.none.fl_str_mv 2020
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
info:eu-repo/semantics/conferenceObject
Congreso
Journal
http://purl.org/coar/resource_type/c_5794
info:ar-repo/semantics/documentoDeConferencia
status_str publishedVersion
format conferenceObject
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/257975
Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy; 2020 ASCO Annual Meeting I: Virtual Scientific Program; en línea; Estados Unidos; 2020; e15198-e15198
0732-183x
1527-7755
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/257975
identifier_str_mv Bioinformatic profiling of tumor immunity from patient biopsies to predict survival and response to immunotherapy; 2020 ASCO Annual Meeting I: Virtual Scientific Program; en línea; Estados Unidos; 2020; e15198-e15198
0732-183x
1527-7755
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://ascopubs.org/doi/10.1200/JCO.2020.38.15_suppl.e15198
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1200/JCO.2020.38.15_suppl.e15198
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv Internacional
dc.publisher.none.fl_str_mv Journal of Clinical Oncology
publisher.none.fl_str_mv Journal of Clinical Oncology
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1842269744036577280
score 13.13397