Prediciendo la incongruencia entre parsimonia y verosimilitud en estudios filologenomicos: apoyo, niveles taxonomicos e incongruencia entre genes - Torres Galvis, Ambrosio (2019)
En la actualidad no existen estudios empíricos que usen un número considerable de datasets para determinar los principales causantes de las diferencias entre los resultados de Máxima Parsimonia (MP) y Máxima Verosimilitud (MV) en análisis filogenómicos. En trabajos previos evidenciamos una alta congruencia entre MP y MV para 149 datasets filogenómicos (2.4 movimientos-SPR en promedio) donde en general las diferencias no afectaron las conclusiones de los estudios, y estuvieron asociadas a nodos con bajo apoyo. MP con pesos implícitos en general no produjo mayor congruencia con MV, que MP bajo pesos iguales. Adicionalmente, los taxones con altos niveles de datos faltantes y/o mayores largos de ramas estuvieron involucrados en la mayoría de los nodos incongruentes. En este trabajo por medio de regresiones lineales evaluamos si existe relación entre la incongruencia MP-MV con i) la incongruencia entre los genes de cada dataset, y ii) el nivel taxonómico abordado. Encontramos que la incongruencia entre los genes está significativamente relacionada con la incongruencia MP-MV, mostrando que aquellos nodos incongruentes son generalmente aquellos que están presentes en un bajo porcentaje de los árboles obtenidos a partir de cada gen. No encontramos una relación significativa entre el nivel taxonómico y la incongruencia MP-MV, aunque estudios más detallados deben realizarse. Nuestros resultados sugieren que las topologías de MV y MP para datos filogenómicos son, en la práctica, equivalentes. Además, la integración de diferentes análisis de las características de los datasets podrían permitir predecir la incongruencia entre MP y MV.