PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas

Autores
Daverio, Maria Silvana; Alcolea Ersinger, Victoria Florencia; Anello, Melina; Vidal Rioja, Lidia; Di Rocco, Florencia
Año de publicación
2019
Idioma
inglés
Tipo de recurso
parte de libro
Estado
versión publicada
Descripción
The basic coat colors of mammals are determined by the relative proportion of two types of pigments, eumelanin and pheomelanin. The agouti signaling protein (ASIP) plays a crucial role in melanogenesis, by increasing the production of pheomelanin and decreasing the eumelanin synthesis by blocking the signaling pathway of the melanocortin 1 receptor (MC1R). In several species, loss of function mutations of the ASIP gene is responsible for the black coat color. The polymorphisms of ASIP exon 4, c.325_381del and c.292C> T, have been previously associated with eumelanic phenotypes in llamas (Daverio et al., 2016) and also in alpacas (Chandramohan et al., 2013). The objective of this work was to develop an alternative method to DNA sequencing for genotyping both polymorphisms. Fifty one llama DNA samples, including controls of known sequence were analyzed. PCR products spanning ASIP exon 4 were digested with the enzyme Bvel, that recognizes the c.292C>T mutation, followed by electrophoresis in 8% polyacrylamide gels to simultaneously detect the SNP and the deletion. Analysis of the band patterns presented complete concordance between DNA sequencing and PCR-RFLP genotypes. Genotyping results from the samples showed that all dark llamas (n=13) were homozygous for the deletion, homozygous for the c.292C> T polymorphism or heterozygous for both, while none of these combinations were observed in the pheomelanic animals here analyzed (n=20). The results of this work support the findings of previous studies and also show the usefulness of the PCR-RFLP technique as a relatively fast, simple and cost-effective method to determine the ASIP exon 4 variants in llamas.
Los colores de capa básicos de los mamíferos están determinados por la proporción relativa de dos tipos de pigmentos, eumelanina y feomelanina. La proteína de señalización agouti (ASIP) juega un rol crucial en la melanogénesis, incrementando la producción de feomelanina y disminuyendo la síntesis de eumelanina por bloqueo de la vía de señalización del receptor 1 de melanocortina (MC1R). En varias especies, mutaciones con pérdidas de función del gen ASIP son responsables del color de capa negro. Los polimorfismos del exón 4 de ASIP, c.325_381del y c.292C> T, han sido asociados previamente con fenotipos eumelánicos en llamas (Daverio et al., 2016) y también en alpacas (Chandramohan et al., 2013). El objetivo de este trabajo fue desarrollar un método alternativo a la secuenciación de ADN para genotipar ambos polimorfismos. Se analizaron 51 muestras de ADN de llamas, incluyendo controles de secuencia conocida. Los productos de PCR que abarcan el exón 4 de ASIP fueron digeridos con la enzima Bvel, que reconoce la mutación c.292C> T, seguida por electroforesis en geles de poliacrilamida al 8 % para detectar simultáneamente el SNP y la deleción. El análisis de los patrones de banda presentó concordancia completa entre los genotipos de secuenciación y los de PCR-RFLP. Los resultados de genotipado de las muestras mostraron que todas las llamas oscuras (n=13) eran homocigotas para la deleción, homocigotas para el polimorfismo c.292C> T o heterocigotas para ambos, mientras que ninguna de esas combinaciones se observó en los animales feomelánicos aquí analizados (n=20).Los resultados de este trabajo apoyan los hallazgos de estudios previos y también muestran la utilidad de la técnica de PCR-RFLP como un método relativamente rápido, sencillo y de bajo costo para determinar las variantes del exón 4 de ASIP en llamas.
Fil: Daverio, Maria Silvana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina
Fil: Alcolea Ersinger, Victoria Florencia. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata; Argentina
Fil: Anello, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina
Fil: Vidal Rioja, Lidia. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata; Argentina
Fil: Di Rocco, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina
Materia
LLAMAS
PCR-RFLP
ASIP-GENOTYPING
EUMELANIC
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
OAI Identificador
oai:ri.conicet.gov.ar:11336/150663

id CONICETDig_0a9e8b57b05a9657b0389444f1641c6f
oai_identifier_str oai:ri.conicet.gov.ar:11336/150663
network_acronym_str CONICETDig
repository_id_str 3498
network_name_str CONICET Digital (CONICET)
spelling PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamasDaverio, Maria SilvanaAlcolea Ersinger, Victoria FlorenciaAnello, MelinaVidal Rioja, LidiaDi Rocco, FlorenciaLLAMASPCR-RFLPASIP-GENOTYPINGEUMELANIChttps://purl.org/becyt/ford/1.6https://purl.org/becyt/ford/1The basic coat colors of mammals are determined by the relative proportion of two types of pigments, eumelanin and pheomelanin. The agouti signaling protein (ASIP) plays a crucial role in melanogenesis, by increasing the production of pheomelanin and decreasing the eumelanin synthesis by blocking the signaling pathway of the melanocortin 1 receptor (MC1R). In several species, loss of function mutations of the ASIP gene is responsible for the black coat color. The polymorphisms of ASIP exon 4, c.325_381del and c.292C> T, have been previously associated with eumelanic phenotypes in llamas (Daverio et al., 2016) and also in alpacas (Chandramohan et al., 2013). The objective of this work was to develop an alternative method to DNA sequencing for genotyping both polymorphisms. Fifty one llama DNA samples, including controls of known sequence were analyzed. PCR products spanning ASIP exon 4 were digested with the enzyme Bvel, that recognizes the c.292C>T mutation, followed by electrophoresis in 8% polyacrylamide gels to simultaneously detect the SNP and the deletion. Analysis of the band patterns presented complete concordance between DNA sequencing and PCR-RFLP genotypes. Genotyping results from the samples showed that all dark llamas (n=13) were homozygous for the deletion, homozygous for the c.292C> T polymorphism or heterozygous for both, while none of these combinations were observed in the pheomelanic animals here analyzed (n=20). The results of this work support the findings of previous studies and also show the usefulness of the PCR-RFLP technique as a relatively fast, simple and cost-effective method to determine the ASIP exon 4 variants in llamas.Los colores de capa básicos de los mamíferos están determinados por la proporción relativa de dos tipos de pigmentos, eumelanina y feomelanina. La proteína de señalización agouti (ASIP) juega un rol crucial en la melanogénesis, incrementando la producción de feomelanina y disminuyendo la síntesis de eumelanina por bloqueo de la vía de señalización del receptor 1 de melanocortina (MC1R). En varias especies, mutaciones con pérdidas de función del gen ASIP son responsables del color de capa negro. Los polimorfismos del exón 4 de ASIP, c.325_381del y c.292C> T, han sido asociados previamente con fenotipos eumelánicos en llamas (Daverio et al., 2016) y también en alpacas (Chandramohan et al., 2013). El objetivo de este trabajo fue desarrollar un método alternativo a la secuenciación de ADN para genotipar ambos polimorfismos. Se analizaron 51 muestras de ADN de llamas, incluyendo controles de secuencia conocida. Los productos de PCR que abarcan el exón 4 de ASIP fueron digeridos con la enzima Bvel, que reconoce la mutación c.292C> T, seguida por electroforesis en geles de poliacrilamida al 8 % para detectar simultáneamente el SNP y la deleción. El análisis de los patrones de banda presentó concordancia completa entre los genotipos de secuenciación y los de PCR-RFLP. Los resultados de genotipado de las muestras mostraron que todas las llamas oscuras (n=13) eran homocigotas para la deleción, homocigotas para el polimorfismo c.292C> T o heterocigotas para ambos, mientras que ninguna de esas combinaciones se observó en los animales feomelánicos aquí analizados (n=20).Los resultados de este trabajo apoyan los hallazgos de estudios previos y también muestran la utilidad de la técnica de PCR-RFLP como un método relativamente rápido, sencillo y de bajo costo para determinar las variantes del exón 4 de ASIP en llamas.Fil: Daverio, Maria Silvana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; ArgentinaFil: Alcolea Ersinger, Victoria Florencia. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata; ArgentinaFil: Anello, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; ArgentinaFil: Vidal Rioja, Lidia. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata; ArgentinaFil: Di Rocco, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; ArgentinaUniversität GöttingenGerken, MartinaRenieri, CarloAllain, DanielGalbraith, HughGutiérrez, Juan PabloMcKenna, LisaNiznikowski, RomanWurzinger, Maria2019info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bookParthttp://purl.org/coar/resource_type/c_3248info:ar-repo/semantics/parteDeLibroapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11336/150663Daverio, Maria Silvana; Alcolea Ersinger, Victoria Florencia; Anello, Melina; Vidal Rioja, Lidia; Di Rocco, Florencia; PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas; Universität Göttingen; 2019; 71-76978-3-86395-408-6CONICET DigitalCONICETenginfo:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://univerlag.uni-goettingen.de/handle/3/isbn-978-3-86395-408-6info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.17875/gup2019-1158info:eu-repo/semantics/openAccesshttps://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.5/ar/reponame:CONICET Digital (CONICET)instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas2025-09-29T10:07:27Zoai:ri.conicet.gov.ar:11336/150663instacron:CONICETInstitucionalhttp://ri.conicet.gov.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://ri.conicet.gov.ar/oai/requestdasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:34982025-09-29 10:07:27.341CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicasfalse
dc.title.none.fl_str_mv PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas
title PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas
spellingShingle PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas
Daverio, Maria Silvana
LLAMAS
PCR-RFLP
ASIP-GENOTYPING
EUMELANIC
title_short PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas
title_full PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas
title_fullStr PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas
title_full_unstemmed PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas
title_sort PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas
dc.creator.none.fl_str_mv Daverio, Maria Silvana
Alcolea Ersinger, Victoria Florencia
Anello, Melina
Vidal Rioja, Lidia
Di Rocco, Florencia
author Daverio, Maria Silvana
author_facet Daverio, Maria Silvana
Alcolea Ersinger, Victoria Florencia
Anello, Melina
Vidal Rioja, Lidia
Di Rocco, Florencia
author_role author
author2 Alcolea Ersinger, Victoria Florencia
Anello, Melina
Vidal Rioja, Lidia
Di Rocco, Florencia
author2_role author
author
author
author
dc.contributor.none.fl_str_mv Gerken, Martina
Renieri, Carlo
Allain, Daniel
Galbraith, Hugh
Gutiérrez, Juan Pablo
McKenna, Lisa
Niznikowski, Roman
Wurzinger, Maria
dc.subject.none.fl_str_mv LLAMAS
PCR-RFLP
ASIP-GENOTYPING
EUMELANIC
topic LLAMAS
PCR-RFLP
ASIP-GENOTYPING
EUMELANIC
purl_subject.fl_str_mv https://purl.org/becyt/ford/1.6
https://purl.org/becyt/ford/1
dc.description.none.fl_txt_mv The basic coat colors of mammals are determined by the relative proportion of two types of pigments, eumelanin and pheomelanin. The agouti signaling protein (ASIP) plays a crucial role in melanogenesis, by increasing the production of pheomelanin and decreasing the eumelanin synthesis by blocking the signaling pathway of the melanocortin 1 receptor (MC1R). In several species, loss of function mutations of the ASIP gene is responsible for the black coat color. The polymorphisms of ASIP exon 4, c.325_381del and c.292C> T, have been previously associated with eumelanic phenotypes in llamas (Daverio et al., 2016) and also in alpacas (Chandramohan et al., 2013). The objective of this work was to develop an alternative method to DNA sequencing for genotyping both polymorphisms. Fifty one llama DNA samples, including controls of known sequence were analyzed. PCR products spanning ASIP exon 4 were digested with the enzyme Bvel, that recognizes the c.292C>T mutation, followed by electrophoresis in 8% polyacrylamide gels to simultaneously detect the SNP and the deletion. Analysis of the band patterns presented complete concordance between DNA sequencing and PCR-RFLP genotypes. Genotyping results from the samples showed that all dark llamas (n=13) were homozygous for the deletion, homozygous for the c.292C> T polymorphism or heterozygous for both, while none of these combinations were observed in the pheomelanic animals here analyzed (n=20). The results of this work support the findings of previous studies and also show the usefulness of the PCR-RFLP technique as a relatively fast, simple and cost-effective method to determine the ASIP exon 4 variants in llamas.
Los colores de capa básicos de los mamíferos están determinados por la proporción relativa de dos tipos de pigmentos, eumelanina y feomelanina. La proteína de señalización agouti (ASIP) juega un rol crucial en la melanogénesis, incrementando la producción de feomelanina y disminuyendo la síntesis de eumelanina por bloqueo de la vía de señalización del receptor 1 de melanocortina (MC1R). En varias especies, mutaciones con pérdidas de función del gen ASIP son responsables del color de capa negro. Los polimorfismos del exón 4 de ASIP, c.325_381del y c.292C> T, han sido asociados previamente con fenotipos eumelánicos en llamas (Daverio et al., 2016) y también en alpacas (Chandramohan et al., 2013). El objetivo de este trabajo fue desarrollar un método alternativo a la secuenciación de ADN para genotipar ambos polimorfismos. Se analizaron 51 muestras de ADN de llamas, incluyendo controles de secuencia conocida. Los productos de PCR que abarcan el exón 4 de ASIP fueron digeridos con la enzima Bvel, que reconoce la mutación c.292C> T, seguida por electroforesis en geles de poliacrilamida al 8 % para detectar simultáneamente el SNP y la deleción. El análisis de los patrones de banda presentó concordancia completa entre los genotipos de secuenciación y los de PCR-RFLP. Los resultados de genotipado de las muestras mostraron que todas las llamas oscuras (n=13) eran homocigotas para la deleción, homocigotas para el polimorfismo c.292C> T o heterocigotas para ambos, mientras que ninguna de esas combinaciones se observó en los animales feomelánicos aquí analizados (n=20).Los resultados de este trabajo apoyan los hallazgos de estudios previos y también muestran la utilidad de la técnica de PCR-RFLP como un método relativamente rápido, sencillo y de bajo costo para determinar las variantes del exón 4 de ASIP en llamas.
Fil: Daverio, Maria Silvana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina
Fil: Alcolea Ersinger, Victoria Florencia. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata; Argentina
Fil: Anello, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina
Fil: Vidal Rioja, Lidia. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata; Argentina
Fil: Di Rocco, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular. Universidad Nacional de La Plata. Instituto Multidisciplinario de Biología Celular; Argentina
description The basic coat colors of mammals are determined by the relative proportion of two types of pigments, eumelanin and pheomelanin. The agouti signaling protein (ASIP) plays a crucial role in melanogenesis, by increasing the production of pheomelanin and decreasing the eumelanin synthesis by blocking the signaling pathway of the melanocortin 1 receptor (MC1R). In several species, loss of function mutations of the ASIP gene is responsible for the black coat color. The polymorphisms of ASIP exon 4, c.325_381del and c.292C> T, have been previously associated with eumelanic phenotypes in llamas (Daverio et al., 2016) and also in alpacas (Chandramohan et al., 2013). The objective of this work was to develop an alternative method to DNA sequencing for genotyping both polymorphisms. Fifty one llama DNA samples, including controls of known sequence were analyzed. PCR products spanning ASIP exon 4 were digested with the enzyme Bvel, that recognizes the c.292C>T mutation, followed by electrophoresis in 8% polyacrylamide gels to simultaneously detect the SNP and the deletion. Analysis of the band patterns presented complete concordance between DNA sequencing and PCR-RFLP genotypes. Genotyping results from the samples showed that all dark llamas (n=13) were homozygous for the deletion, homozygous for the c.292C> T polymorphism or heterozygous for both, while none of these combinations were observed in the pheomelanic animals here analyzed (n=20). The results of this work support the findings of previous studies and also show the usefulness of the PCR-RFLP technique as a relatively fast, simple and cost-effective method to determine the ASIP exon 4 variants in llamas.
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
info:eu-repo/semantics/bookPart
http://purl.org/coar/resource_type/c_3248
info:ar-repo/semantics/parteDeLibro
status_str publishedVersion
format bookPart
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11336/150663
Daverio, Maria Silvana; Alcolea Ersinger, Victoria Florencia; Anello, Melina; Vidal Rioja, Lidia; Di Rocco, Florencia; PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas; Universität Göttingen; 2019; 71-76
978-3-86395-408-6
CONICET Digital
CONICET
url http://hdl.handle.net/11336/150663
identifier_str_mv Daverio, Maria Silvana; Alcolea Ersinger, Victoria Florencia; Anello, Melina; Vidal Rioja, Lidia; Di Rocco, Florencia; PCR-RFLP method for testing ASIP EXON 4 mutations in llamas; Universität Göttingen; 2019; 71-76
978-3-86395-408-6
CONICET Digital
CONICET
dc.language.none.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://univerlag.uni-goettingen.de/handle/3/isbn-978-3-86395-408-6
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.17875/gup2019-1158
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
https://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.5/ar/
eu_rights_str_mv openAccess
rights_invalid_str_mv https://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.5/ar/
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universität Göttingen
publisher.none.fl_str_mv Universität Göttingen
dc.source.none.fl_str_mv reponame:CONICET Digital (CONICET)
instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
reponame_str CONICET Digital (CONICET)
collection CONICET Digital (CONICET)
instname_str Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.name.fl_str_mv CONICET Digital (CONICET) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
repository.mail.fl_str_mv dasensio@conicet.gov.ar; lcarlino@conicet.gov.ar
_version_ 1844613934545371136
score 13.070432