Formal modeling of Gene Ontology annotation predictions based on factor graphs

Autores
Spetale, Flavio Ezequiel; Murillo, Javier; Tapia Paredes, Elizabeth; Arce, Débora; Ponce, Sergio Damián; Bulacio, Pilar Estela
Año de publicación
2016
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Gene Ontology (GO) is a hierarchical vocabulary for gene product annotation. Its synergy with machine learning classification methods has been widely used for the prediction of protein functions. Current classification methods rely on heuristic solutions to check the consistency with some aspects of the underlying GO structure. In this work we formalize the GO is-a relationship through predicate logic. Moreover, an ontology model based on Forney Factor Graph (FFG) is shown on a general fragment of Cellular Component GO.
Fil: Spetale, Flavio Ezequiel. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
Fil: Murillo, Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura; Argentina
Fil: Tapia Paredes, Elizabeth. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
Fil: Arce, Débora. Universidad Tecnológica Nacional. Facultad Regional San Nicolás; Argentina
Fil: Ponce, Sergio Damián. Universidad Tecnológica Nacional. Facultad Regional San Nicolás; Argentina
Fil: Bulacio, Pilar Estela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura; Argentina
Materia
Factor graph
formal
Gene Ontology
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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