Estudio taxonómico, molecular y fitopatológico del complejo Diaporthe-Phomopsis que afecta el cultivo de girasol en la región semiárida - Colombo, Denis Nahuel (2024)
Las enfermedades causadas por el complejo Diaporthe-Phomopsis están ampliamente difundidas en las principales regiones girasoleras de Argentina ocasionando importantes pérdidas económicas. El objetivo de esta Tesis consistió en el estudio taxonómico, molecular y fitopatológico del complejo Diaporthe/Phomopsis en la región semiárida pampeana. Se confirmó que D. helianthi es el agente causal predominante del cancro del tallo y la podredumbre seca del capítulo de girasol en la región de estudio. Eventualmente, con muy baja frecuencia se detectó a D. ambigua en material sintomático de tallo. La prevalencia de CT y PSC aumentó con el transcurso de las campañas analizadas y se observaron variaciones interanuales en la incidencia de ambas enfermedades. Como resultado del relevamiento realizado se construyó un cepario de 393 aislamientos. Las características morfológicas de ambos taxones específicos encontrados se enmarcaron en los respectivos protologos de cada especie. El análisis filogenético con distintos marcadores (ITS, EF1-α y TUB) confirmó ambas especies y evidenció diferencias entre los aislamientos de D. helianthi de la región semiárida y aislamientos reportados en otras regiones productoras de girasol. El estudio de la diversidad genética interespecífica de Diaporthe spp. reafirmó los resultados filogenéticos y reveló la eficacia informativa de cada marcador utilizado, sustentando su uso en el diagnóstico molecular. La exploración de los loci mating type en 139 aislamientos permitió describir por primera vez el locus MAT 1-2-1 para D. helianthi. Se observó de forma inédita que el 55 % de éstos amplificó los genes MAT1-1-1 y MAT1- 2-1. Para estudiar la diversidad intraespecífica se seleccionaron 49 aislamientos según tejido de origen y localización geográfica. Se identificaron polimorfismos de nucleótido simple (SNP) utilizando la estrategia de genotipificación por secuenciación con doble digestión con enzimas de restricción (ddRADseq) teniendo como referencia la cepa pública 7/96 (GCA_001702395.2). El estudio de la filogenia a partir de una matriz de 1066 SNPs permitió observar dos grupos filogenéticos que se diferenciaron a su vez de la cepa de referencia. Las inferencias de ancestría sugirieron al menos dos orígenes diferentes de la población local estudiada. La diversidad intraespecífica de los aislamientos observada en los análisis previos no se correlacionó con el tejido sintomático de origen, su ubicación geográfica, los mating type que portan y diferentes niveles de patogenicidad. Para estudiar la agresividad, inicialmente se realizaron ensayos in vitro diseñados a partir del conocimiento de los loci mating type a fin de obtener ascosporas de D. helianthi. Si bien se alcanzaron resultados positivos estos no pudieron reproducirse, razón por la cual se utilizó micelio como inóculo en las pruebas de patogenicidad. Se observaron diferencias significativas en la agresividad entre diez aislamientos de D. helianthi frente a híbridos de girasol. Se identificaron aquellos aislamientos que permitieron determinar comportamientos diferentes de dos híbridos de girasol frente a cancro del tallo, resultados que fueron consistentes con el comportamiento de estos materiales a campo. Los avances generados en esta Tesis contribuyeron al entendimiento del patosistema, la actualización de los protocolos de diagnóstico, así como al progreso de los programas de mejoramiento en el estudio de fuentes de resistencia.