Defectos genómicos en cardiopatías congénitas - Delea, Marisol (2023)
Es sabido que en la actualidad las enfermedades con base total o parcialmente genética constituyen un problema para la salud pública y ocupan en nuestros días un lugar cada vez más preponderante en la agenda sanitaria mundial y nacional. De hecho, las anomalías congénitas (AC) en nuestro país presentan una prevalencia de 1.82% según datos de la Red Nacional de Anomalías Congénitas (RENAC). En esta prevalencia no se incluyen los impedimentos fisiológicos y mentales de aparición más tardía, aunque se estima que la prevalencia asciende al 8% a los 5 años de edad. Las AC en la Argentina representan la segunda causa de mortalidad infantil y explican el 27.94% de las defunciones al nacimiento. Dentro de las AC, las cardiopatías congénitas (CC) son las más frecuentes y constituyen un tercio de estas entidades. Las CC abarcan un amplio espectro de entidades que poseen anomalías en la estructura del corazón y los grandes vasos, poseen una prevalencia mundial que oscila entre 6 y 9 de cada 1000 nacimientos y se destacan como causa de muerte prenatal, neonatal e infantil y de morbilidad en edad pediátrica. En el periodo comprendido entre 2009 - 2018, fueron reportados al Registro Nacional de Malformaciones Congénitas niños con CC, con una prevalencia de 4.92 de cada 1000 nacimientos. La etiología de la mayor parte de las CC es multifactorial, en donde intervendrán tanto factores ambientales como genéticos. Pueden ocurrir en el contexto de malformaciones múltiples o, como en la mayoría de los casos, de forma aislada y tanto para los casos sindrómicos como para los aislados se ha reportado recurrencia familiar, consistente con la influencia genética en el desarrollo de la patología. La contribución genética a la causalidad de la patología es diversa y abarca desde aneuploidías cromosómicas hasta defectos en genes individuales. En este trabajo nos propusimos la identificación y el análisis de desbalances genómicos y de variantes de secuencias en individuos afectados con CC con el fin de contribuir a la caracterización de nuestra población y a la compresión de los mecanismos involucrados en la patogenia. En total, se reclutaron 334 pacientes de hasta 16 años de edad con CC ya sea en forma aislada o con otras anomalías mayores. En una primera etapa, se incluyó un grupo de pacientes con CC conotroncales (n=80). Avanzando con el trabajo de tesis, ampliamos la inclusión a pacientes que presentaban todo tipo de CC (n=254). Los pacientes incluidos en la primera etapa fueron estudiados mediante técnicas de citogenética clásica, hibridación fluorescente in situ (FISH) para la región 22q11 y un análisis por MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) de regiones genómicas asociadas a CC conotroncales. Aquellos pacientes que no presentaron ninguna anomalía mediante las metodologías anteriores fueron estudiados en búsqueda de variantes de secuencia en el gen NKX2-5 por secuenciación de Sanger. Para el segundo grupo de muestras, y luego de analizar la posible presencia de la deleción 22q11 (Del22q11) en pacientes con CC conotroncales y en pacientes con diagnóstico presuntivo de Síndrome de DiGeorge mediante MLPA, se implementó la búsqueda de desbalances genómicos mediante hibridación genómica comparada (array-CGH) en pacientes con al menos otra anomalía mayor. Finalmente, en un grupo seleccionado de pacientes analizamos la presencia de variantes de secuencia en un conjunto de genes implicados en CC mediante técnicas de secuenciación masiva de nueva generación. Los análisis previamente descritos se realizaron en 236 pacientes del total de pacientes incluidos. Nuestros resultados mostraron la ausencia de anomalías cromosómicas detectables por estudios citogenéticos clásicos en la muestra analizada. Un total de 42 pacientes presentaron desbalances detectado por MLPA: 35 con Del22q11 de 3Mb, 3 con Del22q11 de 1.5 Mb, 2 con duplicaciones en 22q11, 1 con una deleción en TBX1 y 1 con una deleción en 17p13.3. Entre los 44 pacientes analizados por array-CGH, se detectaron 10 anomalías de relevancia clínica en 9 pacientes, 7 deleciones, 2 duplicaciones -en un rango que abarcan entre 0.02 hasta 13 Mb- y 1 trisomía. Los estudios de secuenciación del gen NKX2-5 no revelaron la presencia de variantes patogénicas, si bien se hallaron 3 variantes noveles (NM_004387.4: c.334+618G>A, c.450C>A y c.921G>T) que podrían corresponder a polimorfismos poblacionales. Finalmente, para 17 pacientes se realizó secuenciación masiva, entre los cuales 11 presentaron 12 variantes de significancia clínica o posible relevancia clínica relacionadas a CC. Siete de estas variantes ya habían sido reportadas previamente en la literatura: VEGFA: c.103G>T; MYH7: c.2599G>A; PTPN11: c.1381G>A; c.922A>G y c.181G>A; MYBPC3: c.2176C>T; RAF1: c.770C>T. Los 5 restantes, se describen por primera vez en este trabajo: MYH6: c.5276A>G; MYH11: c.3143-2_3145delAGTGC, EP300: c.7081C>T, KAT6B: c.4572_4573dupTA y MYH7: c.671A>T. En resumen, por medio de estos algoritmos de análisis genético que combina tanto la aproximación clínica como los estudios de laboratorio, hallamos la causa genética de la afección en 61 de los 236 pacientes (25.84%) en los que fue posible realizar algún estudio. Los desbalances en 22q11 se hallaron en el 20.5% de los pacientes con CC conotroncales o con SDG analizados. El porcentaje de resolución de la causalidad genética del array-CGH fue del 20.9% y la de la secuenciación masiva 64.7%. Todos estos resultados contribuyen al conocimiento de las causas moleculares involucradas en la CC a nivel global, pero tiene más relevancia al ser un trabajo pionero en nuestro país al abordar el análisis de la posible contribución genética en la afección en forma integral. Asimismo, se han detectado por primera vez a nivel mundial variantes de secuencia de relevancia clínica que estarían implicadas en las CC en individuos de nuestra población, y se ha avanzado en la implementación de metodologías genómicas en instituciones públicas del país.