Bayesian analysis of transcriptional dynamics - Benegas, Gonzalo Segundo (2018)
El desarrollo de organismos multicelulares requiere del preciso control de la expresión genética a lo largo del tiempo y del espacio. Técnicas experimentales recientes permiten monitorear en vivo la actividad transcripcional en el embrión de mosca, mediante el etiquetado fluorescente de moléculas de ARN naciente en genes específicos. A partir de la extracción de trazas fluorescentes de cada núcleo, se puede cuantificar la actividad transcripcional a lo largo del tiempo y el espacio durante el desarrollo embrionario. Al analizar datos del gen eve, encontramos que su transcripción ocurre en ráfagas. Desarrollamos un modelo probabilístico de este fenómeno, basado en la transición del gen entre diferentes estados transcripcionales, activos e inactivos. Para inferir estos estados subyacentes, desarrollamos un algoritmo de Reversible–jump Markov chain Monte Carlo, capaz de soportar espacios de parámetros de dimensión variable. Los resultados preliminares sugieren que las tasas de transición entre estados son moduladas a lo largo del embrión, contribuyendo al establecimiento de los patrones de expresión observados. Esta línea de trabajo abre interesantes posibilidades para seguir investigando los mecanismos de regulación transcripcional en el futuro.