Authors: Delfino, Cecilia María; Cerrudo, Carolina Susana; Biglione, Mirna Marcela; Oubiña, Jose Raul; Ghiringhelli, Pablo Daniel; Mathet, Veronica Lidia
Publication Date: 2018.
Language: English.
Abstract:
In association with hepatitis B virus (HBV), hepatitis delta virus (HDV) is a subviral agent that may promote severe acute and chronic forms of liver disease. Based on the percentage of nucleotide identity of the genome, HDV was initially classified into three genotypes. However, since 2006, the original classification has been further expanded into eight clades/genotypes. The intergenotype divergence may be as high as 35%-40% over the entire RNA genome, whereas sequence heterogeneity among the isolates of a given genotype is <20%; furthermore, HDV recombinants have been clearly demonstrated. The genetic diversity of HDV is related to the geographic origin of the isolates. This study shows the first comprehensive bioinformatic analysis of the complete available set of HDV sequences, using both nucleotide and protein phylogenies (based on an evolutionary model selection, gamma distribution estimation, tree inference and phylogenetic distance estimation), protein composition analysis and comparison (based on the presence of invariant residues, molecular signatures, amino acid frequencies and mono- and di-amino acid compositional distances), as well as amino acid changes in sequence evolution. Taking into account the congruent and consistent results of both nucleotide and amino acid analyses of GenBank available sequences (recorded as of January, 2017), we propose that the eight hepatitis D virus genotypes may be grouped into three large genogroups fully supported by their shared characteristics.
Author affiliation: Delfino, Cecilia María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Cerrudo, Carolina Susana. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Biglione, Mirna Marcela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Oubiña, Jose Raul. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Mathet, Veronica Lidia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Authors: Osterman, Andreas; Vizoso Pinto, María Guadalupe; Jung, Jette; Jaeger, Gundula; Eberle, Josef; Nitschko, Hans; Baiker, Armin
Publication Date: 2013.
Language: English.
Abstract:
Hepatitis E Virus (HEV) causes epidemic infections in regions of poor hygiene in the developing world. Over the last years, however, increasing numbers of autochthonous infections in industrialized countries have been described, leading to new interest in this pathogen. Currently available serological test formats to detect IgG and IgM antibodies are mainly based on bacterially expressed ORF2 and ORF3 antigens and often give ambiguous results. The objective of this study was the development of a different assay format for HEV diagnosis—a HEV immunofluorescence test (HEV-IFT) based on mammalian cells transiently expressing recombinant HEV ORF2 protein with a simple production and staining protocol and the investigation of its performance and methodical feasibility under diagnostic laboratory conditions. 31 sera of patients at different phases of HEV infection and 40 control sera from a non-endemic region were analyzed for anti-HEV IgG, IgM, and IgA antibodies. The HEV-IFT detected successfully anti-HEV IgG and IgA, but not anti-HEV IgM antibodies. In the study group the HEV-IFT was able to confirm HEV infections and to support diagnosis when ambiguous results were obtained by commercial assays. Signal localization and staining patterns helped to gather additional information about reactive antibodies present in patient sera. In conclusion the developed IFT for the detection of anti-HEV IgG and IgA antibodies can be used for diagnosis and for the serological confirmation of HEV infections.
Author affiliation: Osterman, Andreas. Ludwig Maximilians Universitat. Max Von Pettenkofer Institute; Alemania
Author affiliation: Vizoso Pinto, María Guadalupe. Ludwig Maximilians Universitat. Max Von Pettenkofer Institute; Alemania. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán; Argentina
Author affiliation: Jung, Jette. Ludwig Maximilians Universitat. Max Von Pettenkofer Institute; Alemania
Author affiliation: Jaeger, Gundula. Ludwig Maximilians Universitat. Max Von Pettenkofer Institute; Alemania
Author affiliation: Eberle, Josef. Ludwig Maximilians Universitat. Max Von Pettenkofer Institute; Alemania
Author affiliation: Nitschko, Hans. Ludwig Maximilians Universitat. Max Von Pettenkofer Institute; Alemania
Author affiliation: Baiker, Armin. Ludwig Maximilians Universitat. Max Von Pettenkofer Institute; Alemania. Bavarian Health and Food Safety Authority; Alemania
Keywords: HEPATITIS E VIRUS; IMMUNOFLUORESCENSE; SEROLOGICAL TEST; ORF2; Virología; Ciencias Biológicas; CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS; Tecnologías que involucran la identificación de ADN, proteínas y enzimas, y cómo influyen en el conjunto de enfermedades y mantenimiento del bienestar; Biotecnología de la Salud; CIENCIAS MÉDICAS Y DE LA SALUD; Pediatría; Medicina Clínica; CIENCIAS MÉDICAS Y DE LA SALUD.
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Authors: Laufer, Natalia Lorna; Ojeda, Diego Sebastian; Polo, Maria Laura; Martinez, Ana; Pérez, Héctor; Turk, Gabriela Julia Ana; Cahn, Pedro; Zwirner, Norberto Walter; Quarleri, Jorge Fabian
Publication Date: 2017.
Language: English.
Abstract:
To characterize peripheral blood natural killer (NK) cells phenotypes by flow cytometry as potential biomarker of liver fibrosis in human immunodeficiency virus (HIV)/hepatitis C virus (HCV) coinfected patients. Samples from 11 patients were included in G1 and from 13 in G2. All patients were on ARV, with undetectable HIV viral load. Liver fibrosis was evaluated by transient elastography in 90% of the patients and with biopsy in 10% of the patients. Mean HCV viral load was (6.18 ± 0.7 log10). Even though, no major significant differences were observed between G1 and G2 regarding NK surface markers, it was found that patients with higher liver fibrosis presented statistically lower percentage of NK cells than individual with low to mild fibrosis and healthy controls (G2: 5.4% ± 2.3%, G1: 12.6% ± 8.2%, P = 0.002 and healthy controls 12.2% ± 2.7%, P = 0.008). It was also found that individuals with higher liver fibrosis presented lower CD4 LT count than those from G1 (G2: 521 ± 312 cells/μL, G1: 770 ± 205 cells/μL; P = 0.035). Higher levels of liver fibrosis were associated with lower percentage of NK cells and LTCD4+ count; and they may serve as noninvasive biomarkers of liver damage.
Author affiliation: Laufer, Natalia Lorna. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Ojeda, Diego Sebastian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Polo, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Martinez, Ana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos ; Argentina
Author affiliation: Pérez, Héctor. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos ; Argentina
Author affiliation: Turk, Gabriela Julia Ana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Cahn, Pedro. Fundación Huésped; Argentina
Author affiliation: Zwirner, Norberto Walter. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina
Author affiliation: Quarleri, Jorge Fabian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Authors: Di Lello, Federico Alejandro; Farias, Adrián Alejandro; Culasso, Andrés Carlos Alberto; Pérez, Paula Soledad; Pisano, María Belén; Contigiani, Marta Silvia; Campos, Rodolfo Hector; Ré, Viviana Elizabeth
Publication Date: 2015.
Language: English.
Abstract:
The aim of this study was to analyze the prevalence of hepatitis C virus (HCV) genotypes in Córdoba province, Argentina, over a 12-year period and to study the changes at the molecular level. The HCV genotype was determined in 357 HCV-infected patients, and the phylogeny and demographic reconstruction for HCV-1 was assessed. A significant reduction in HCV-2 prevalence with respect to HCV-1 in Córdoba after 2003 was observed. These findings are consistent with the epidemiological changes observed in South America. Nevertheless, the consequences of these changes remain to be elucidated.
Author affiliation: Di Lello, Federico Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Farias, Adrián Alejandro. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología; Argentina
Author affiliation: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina
Author affiliation: Pérez, Paula Soledad. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Contigiani, Marta Silvia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología; Argentina
Author affiliation: Campos, Rodolfo Hector. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Ré, Viviana Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Authors: Rios, Daniela Alejandra; Valva, Pamela; Casciato, Paola Cecilia; Frias, Silvia; Soledad Caldirola, María; Gaillard, María Isabel; Bezrodnik, Liliana; Bandi, Juan; Galdame, Omar; Ameigeiras, Beatriz; Krasniansky, Diana; Brodersen, Carlos; Mullen, Eduardo; de Matteo, Elena Noemí; Preciado, María Victoria
Publication Date: 2017.
Language: English.
Abstract:
The role of the different lymphocyte populations in liver microenvironment of chronic hepatitis C (CHC) patients is still matter of debate. Since Th17 and Treg have opposite functions, their balance could affect disease progression. The aim was to explore liver microenvironment and its peripheral blood counterpart in adult CHC patients. CD4+ lymphocytes were predominant in the liver, with high Foxp3+ but low IL-17A+ frequency. IL-17A+ lymphocytes and IL-17A+/Foxp3+ ratio displayed association with advanced fibrosis (p = 0.0130; p = 0.0236, respectively), while Foxp3+ lymphocytes and IL-10 expression level inversely correlated with fibrosis severity (p = 0.0381, p = 0.0398, respectively). TGF-β/IL-6 ratio correlated with IL-17A+/Foxp3+ ratio (p = 0.0036, r = 0.5944) and with IL-17A+ lymphocytes (p = 0.0093; r = 0.5203). TNF-α and TGF-β were associated with hepatitis severity (p = 0.0409, p = 0.0321). Peripheral blood lymphocyte frequency was not associated with liver damage. There are functionally different immune cell populations actively involved in liver damage, but the liver cytokine milieu actually drives the pathogenesis. The intrahepatic Foxp3+ lymphocytes predominance beside the low IL-17A+ lymphocytes frequency, delineate a skewed IL-17A+/Foxp3+ balance towards Foxp3+ lymphocytes. However, the IL-17A+ lymphocytes association with advanced fibrosis denotes their role in the pathogenesis. Therefore, the interplay between Th17 and Treg conditions liver fibrogenesis.
Author affiliation: Rios, Daniela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Servicio de Anatomía Patológica; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas; Argentina
Author affiliation: Valva, Pamela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Servicio de Anatomía Patológica; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas; Argentina
Author affiliation: Casciato, Paola Cecilia. Hospital Italiano; Argentina
Author affiliation: Frias, Silvia. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Ramos Mejía"; Argentina
Author affiliation: Soledad Caldirola, María. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Área de Inmunología; Argentina
Author affiliation: Gaillard, María Isabel. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Área de Inmunología; Argentina
Author affiliation: Bezrodnik, Liliana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Área de Inmunología; Argentina
Author affiliation: Bandi, Juan. Hospital Italiano; Argentina
Author affiliation: Galdame, Omar. Hospital Ramos Mejia; Argentina
Author affiliation: Ameigeiras, Beatriz. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Ramos Mejía"; Argentina
Author affiliation: Krasniansky, Diana. Hospital General de Agudos “Carlos G. Durand”. Unidad de Hepatología; Argentina
Author affiliation: Brodersen, Carlos. Hospital General de Agudos “Carlos G. Durand”. Unidad de Hepatología; Argentina
Author affiliation: Mullen, Eduardo. Hospital Italiano; Argentina
Author affiliation: de Matteo, Elena Noemí. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Servicio de Anatomía Patológica; Argentina
Author affiliation: Preciado, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Servicio de Anatomía Patológica; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones en Patologías Pediátricas; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Publication Date: 2014.
Language: English.
Abstract:
Hepatitis C virus (HCV) was identified for the first time more than 20 years ago. Since then, several studies have highlighted the complicated aspects of this viral infection in relation to its worldwide prevalence, its clinical presentation, and its therapeutic response. Recently, two landmark scientific breakthroughs have moved us closer to the successful eradication of chronic HCV infection. First, response rates in treatment-naïve patients and in prior non-responders to pegylated-interferon-α and ribavirin therapy are increasing as a direct consequence of the development of direct-acting antiviral drugs. Secondly, the discovery of single-nucleotide polymorphisms near the interleukin 28B gene significantly related to spontaneous and treatment-induced HCV clearance represents a milestone in the HCV therapeutic landscape. The implementation of this pharmacogenomics finding as a routine test for HCV-infected patients has enhanced our understanding of viral pathogenesis, has encouraged the design of ground-breaking antiviral treatment regimens, and has become useful for pretreatment decision making. Nowadays, interleukin 28B genotyping is considered to be a key diagnostic tool for the management of HCV-infected patients and will maintain its significance for new combination treatment schemes using direct-acting antiviral agents and even in interferon-free regimens. Such pharmacogenomics insights represent a challenge to clinicians, researchers, and health administrators to transform this information into knowledge with the aim of elaborating safer and more effective therapeutic strategies specifically designed for each patient. In conclusion, the individualization of treatment regimens for patients with hepatitis C, that may lead to a universal cure in future years, is becoming a reality due to recent developments in biomarker and genomic medicine. In light of these advances, we review the scientific evidence and clinical implications of recent findings related to host genetic factors in the management of HCV infection.
Author affiliation: Trinks, Julieta. Hospital Italiano. Instituto de Ciencias Básicas y Medicina Experimental; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Hulaniuk, María Laura. Hospital Italiano. Instituto de Ciencias Básicas y Medicina Experimental; Argentina
Author affiliation: Redal, María Ana. Hospital Italiano. Instituto de Ciencias Básicas y Medicina Experimental; Argentina
Author affiliation: Flichman, Diego Martin. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Abstract:
La coinfección con HIV y HBV es común en virtud de que ambos virus comparten similares vías de transmisión. La coexistencia de HIV puede modificar la historia natural de la infección por HBV favoreciendo la progresión a cronicidad y aumentando la tasa de replicación de éste. Estos eventos encuentran sustento en la potencial capacidad de modificar el accionar de elementos que regulan la expresión génica. Desde allí surge como objetivo principal de la presente tesis estudiar el impacto de HIV sobre la variabilidad y la evolución molecular de HBV desde las regiones genómicas S, pol, preC/C y X a partir de pacientes crónicamente monoinfectados con HBV y HIV-coinfectados, estudiados longitudinalmente. El genotipo A2 de HBV resultó el más prevalerte ante la coinfección. Sin embargo, comparativamente los aislamientos de tal genotipo caracterizados en pacientes monoinfectados mostraron mayor propensión a cambios en regiones regulatorias. En línea con ello, la evolución molecular de HBV exhibió diferentes tasas de evolución así como menor heterogeneidad y diversidad de cuasiespecies cuando HIV está presente. Este estudio muestra por vez primera el impacto que le imprime la concomitante infección por HIV sobre diferentes parámetros relacionados a la evolución molecular del HBV.
Coinfection with HIV and HBV is a common event since both viruses share blood-borne transmission routes. The natural history of HBV infection is modified by HIV infection leading to an increased risk of hepatitis B evolution to chronicity and a higher replication rate. These events are related with a potential capacity of HIV to modify the activity of regulatory elements of genomic expression. Taking this into account, this thesis is aimed to study HIV impact on HBV variability and molecular evolution in S, pol, preC/C and X HBV genomic regions from HBV monoinfected and HIV coinfected patients, longitudinally studied. Hepatitis B genotype A2 was the most prevalent in coinfected individuals. However, genotype A2 isolates from monoinfected patients showed more changes in regulatory regions. In line with these results, HBV molecular evolution exhibited different evolutionary rates and less heterogeneity and quasispecies diversity when HIV coexists. This study demonstrates HIV influence in different parameters related with HBV molecular evolution.
Author affiliation: Cassino, Lucila. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina.
Repository: Biblioteca Digital (UBA-FCEN). Universidad Nacional de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Abstract:
El virus de hepatitis C (VHC) afecta al 3% de la población mundial, representando una de las principales causas de hepatitis crónica y trasplante hepático. En el paciente infectado, el virus existe como un espectro de mutantes que difieren en su potencial de replicación, denominado cuasiespecie. La extensa variabilidad del VHC proporciona a la cuasiespecie una alta plasticidad fenotípica y capacidad de adaptación, que favorece el mantenimiento de la infección crónica. Si bien el principal sitio de replicación del VHC es el hígado, numerosos estudios han descripto la replicación del virus en tejidos extrahepáticos, en particular en células mononucleares de sangre periférica (CMSP) y esto se ha asociado con el desarrollo de distintas manifestaciones extrahepáticas. Se ha relacionado a distintos genes del VHC con la compartimentación en CMSP, pero aún no está claro cuáles son los factores celulares y virales requeridos para la infección de las células linfoides, por lo que la búsqueda de patrones moleculares asociados con el linfotropismo podría aportar datos valiosos para la comprensión de este fenómeno. Además, la gran mayoría de los estudios de compartimentación se han realizado en pacientes adultos y se basan únicamente en la región HVR1 de E2. El objetivo del trabajo fue evaluar la compartimentación del VHC en CMSP y su dinámica durante la infección crónica por VHC en pacientes pediátricos mediante el análisis de genes virales involucrados en distintas etapas del ciclo de replicación viral. Se evaluó la compartimentación y la existencia de patrones moleculares asociados con el linfotropismo mediante el análisis filogenético de las secuencias de tres regiones del genoma viral: IRES, E1E2 y NS5B, obtenidas a partir de muestras seriadas de plasma y CMSP de 6 niños. Se demostró estadísticamente que existe compartimentación viral en niños, principalmente en regiones discretas dentro de E1E2 que incluyen sitios de unión a receptores, lo que sugiere que el linfotropismo del VHC podría estar determinado por restricciones en la interacción de las glucoproteínas con factores celulares involucrados en el proceso de adsorción y entrada. Si bien no se evidenció un patrón molecular asociado con el linfotropismo común a todos los casos estudiados, se observó que las regiones identificadas están sujetas a presiones selectivas diferentes en plasma y CMSP y se describieron variaciones aminoacídicas asociadas con las variantes linfotrópicas. Además de contribuir al conocimiento general acerca de la compartimentación del VHC, nuestro trabajo pone de manifiesto el importante papel que juegan las CMSP como reservorios de variabilidad genética y como compartimentos de replicación extrahepática, favoreciendo la persistencia y contribuyendo al mantenimiento de la cronicidad durante la infección por VHC en niños.
Worldwide prevalence of chronic hepatitis C virus (HCV) infection is estimated at 3%, representing the major cause of chronic hepatitis and liver transplantation. Within the infected patient, the virus exists as a spectrum of mutants which differ in their replication potential, termed quasispecies. The large variability of HCV quasispecies provides high phenotypic plasticity and adaptability, which favors the maintenance of chronic infection. Although the primary site of HCV replication is the liver, numerous studies have described replication in extrahepatic tissues, particularly in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and this has been associated with the development of different extrahepatic manifestations. Several viral genes have been linked to HCV PBMCs compartmentalization, but the factors required for the infection of lymphoid cells still remain unclear, and therefore the search for molecular patterns associated with lymphotropism could provide valuable data for the understanding of this phenomenon. In addition, most studies examining compartmentalization have been conducted in adult patients and are based solely on the HVR1 region of E2. The aim of this study was to assess the compartmentalization of HCV in PBMCs and its evolution dynamics during chronic HCV infection in pediatric patients by means of the analysis of certain genes involved in different stages of the viral replication cycle. Compartmentalization and the existence of molecular patterns associated with lymphotropism were evaluated by phylogenetic analysis of the sequences of three viral genes, namely IRES, E1E2 and NS5B, which were obtained from serial samples of plasma and PBMCs of 6 children. We showed that there is statistically significant compartmentalization in children, mainly in discrete regions within E1E2 that includes receptor binding sites, suggesting that HCV lymphotropism could be influenced by restrictions in the interaction of the glycoproteins with cellular factors involved in viral attachment and entry. While a common molecular pattern associated with lymphotropism was not evident in all the studied cases, it was found that the identified regions were influenced by different selective pressures both in plasma and PBMCs. Moreover, amino acid variations associated with lymphotropic variants were described. Besides contributing to general knowledge about the compartmentalization of HCV, our work highlights the important role played by PBMCs as reservoirs of genetic variability and as compartments for extrahepatic replication, favoring persistence and contributing to the maintenance of chronicity during HCV infection in children.
Author affiliation: Díaz Carrasco, Juan María. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina.
Keywords: VIRUS DE HEPATITIS C; INFECCION CRONICA; PACIENTES PEDIATRICOS; GLUCOPROTEINAS; E1; E2; IRES; NS5B; COMPARTIMENTACION; CELULAS MONONUCLEARES DE SANGRE PERIFERICA; ESTRUCTURA POBLACIONAL; COMUNIDADES VIRALES; LINFOTROPISMO; HEPATITIS C VIRUS; CHRONIC INFECTION; PEDIATRIC PATIENTS; GLYCOPROTEINS; E1; E2; IRES; NS5B; COMPARTMENTALIZATION; PERIPHERAL BLOOD MONONUCLEAR CELLS; POPULATION STRUCTURE; VIRAL COMMUNITIES; LYMPHOTROPISM.
Repository: Biblioteca Digital (UBA-FCEN). Universidad Nacional de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Authors: Pérez, Paula Soledad; Di Lello, Federico Alejandro; Mullen, Eduardo; Galdame, Omar; Livellara, Beatriz I.; Gadano, Adrián Carlos; Campos, Rodolfo Hector; Flichman, Diego Martin
Publication Date: 2017.
Language: English.
Abstract:
Chronic Hepatitis C Virus (HCV) infection is a major risk for hepatocellular carcinoma (HCC) development. HCV Core protein has been associated with the modulation of potentially oncogenic cellular processes and E2 protein has been useful in evolutive studies to analyze the diversity of HCV. Thus, the aim of this study was to evaluate HCV compartmentalization in tumoral, non-tumoral liver tissue and serum and to identify viral mutations potentially involved in carcinogenesis. Samples were obtained from four patients with HCC who underwent liver transplantation. Core and E2 were amplified, cloned and sequenced. Phylogenies and BaTS Test were performed to analyze viral compartmentalization and a signature sequence analysis was conducted by VESPA. The likelihood and Bayesian phylogenies showed a wide degree of compartmentalization in the different patients, ranging from total clustering to a more scattered pattern with small groups. Nevertheless, the association test showed compartmentalization for the three compartments and both viral regions tested in all the patients. Signature amino acid pattern supported the compartmentalization in three of the cases for E2 protein and in two of them for Core. Changes observed in Core included polymorphism R70Q/H previously associated with HCC. In conclusion, evidence of HCV compartmentalization in the liver of HCC patients was provided and further biological characterization of these variants may contribute to the understanding of carcinogenesis mediated by HCV infection.
Author affiliation: Pérez, Paula Soledad. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina
Author affiliation: Di Lello, Federico Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina
Author affiliation: Mullen, Eduardo. Hospital Italiano; Argentina
Author affiliation: Galdame, Omar. Hospital Italiano; Argentina
Author affiliation: Livellara, Beatriz I.. Hospital Italiano; Argentina
Author affiliation: Gadano, Adrián Carlos. Hospital Italiano; Argentina
Author affiliation: Campos, Rodolfo Hector. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina
Author affiliation: Flichman, Diego Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Authors: Di Lello, Federico Alejandro; Mira, José Antonio; Neukam, Karin; Parra Sánchez, Manuel; Guelfo, Javier R.; Cifuentes, Celia; Macias, Juan; Palomares, José Carlos; Gomez Mateos, Jesús; Pineda, Juan Antonio; Real, Luis M.
Publication Date: 2014.
Language: English.
Abstract:
The aim of this study was to analyze the impact of core variations on sustained virological response (SVR) to pegylated interferon plus ribavirin (PEG-IFN/RBV) and its association with predictive factors of response in Caucasian patients infected with genotype 1 hepatitis C virus (HCV-1). Full-length core sequences were analyzed in 100 Caucasian HCV-1-infected patients who received therapy with PEG-IFN/RBV. The associations between variations in the core protein and SVR, as well as with predictors of SVR, were analyzed. Variations at core 62, 70 and 110 were selected as candidates. There were almost no variations at these positions among patients harboring HCV-1a. However, they were identified in 10 (30.3 %), 21 (63.6 %) and 13 (39.4 %) subjects with HCV-1b, respectively. Among the HCV-1b patients, 39.1 % individuals carrying core R62 and 70 % subjects with core R62G showed SVR (p = 0.141), and 66.7 % of HCV-1b patients harboring core R70 and 38.1 % with core R70Q achieved SVR (p = 0.157), whereas the rate of SVR was 70 % for individuals with core T110 and 15.4 % for those with core T110N (p = 0.004). No statistical interaction between core variations and IL28B genotype was observed. Patients with R70 showed higher median (interquartile range) baseline plasma levels of low-density-lipoprotein cholesterol (LDL-C) than those with R70Q (96 [86-118] mg/dL vs. 76 [54-88] mg/dL, p = 0.014). We concluded that a substitution at core 110 is associated with a lower rate of SVR in Caucasian HCV-1b-infected patients receiving PEG-IFN/RBV. Furthermore, the variation at the core 70 position is related to plasma levels of LDL-C in these patients.
Author affiliation: Di Lello, Federico Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Mira, José Antonio. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Neukam, Karin. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Parra Sánchez, Manuel. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Guelfo, Javier R.. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Cifuentes, Celia. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Macias, Juan. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Palomares, José Carlos. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Gomez Mateos, Jesús. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Pineda, Juan Antonio. Hospital Universitario de Valme; España
Author affiliation: Real, Luis M.. Hospital Universitario de Valme; España
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas