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Authors: Delfino, Cecilia María; Cerrudo, Carolina Susana; Biglione, Mirna Marcela; Oubiña, Jose Raul; Ghiringhelli, Pablo Daniel; Mathet, Veronica Lidia
Publication Date: 2018.
Language: English.
Abstract:
In association with hepatitis B virus (HBV), hepatitis delta virus (HDV) is a subviral agent that may promote severe acute and chronic forms of liver disease. Based on the percentage of nucleotide identity of the genome, HDV was initially classified into three genotypes. However, since 2006, the original classification has been further expanded into eight clades/genotypes. The intergenotype divergence may be as high as 35%-40% over the entire RNA genome, whereas sequence heterogeneity among the isolates of a given genotype is <20%; furthermore, HDV recombinants have been clearly demonstrated. The genetic diversity of HDV is related to the geographic origin of the isolates. This study shows the first comprehensive bioinformatic analysis of the complete available set of HDV sequences, using both nucleotide and protein phylogenies (based on an evolutionary model selection, gamma distribution estimation, tree inference and phylogenetic distance estimation), protein composition analysis and comparison (based on the presence of invariant residues, molecular signatures, amino acid frequencies and mono- and di-amino acid compositional distances), as well as amino acid changes in sequence evolution. Taking into account the congruent and consistent results of both nucleotide and amino acid analyses of GenBank available sequences (recorded as of January, 2017), we propose that the eight hepatitis D virus genotypes may be grouped into three large genogroups fully supported by their shared characteristics.
Author affiliation: Delfino, Cecilia María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Cerrudo, Carolina Susana. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Biglione, Mirna Marcela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Oubiña, Jose Raul. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Mathet, Veronica Lidia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Publication Date: 2010.
Language: English.
Abstract:
In spite of the progress made in vaccine and antiviral therapy development, hepatitis B virus (HBV) infection is still the most common cause of liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma, with more than 400 million people chronically infected worldwide. Antiviral therapy with nucleos(t)ide analogues and/or immunomodulating peptides is the only option to control and prevent the progression of the disease in chronic hepatitis B (CHB)-infected patients. So far, the current antiviral monotherapy remains unsatisfactory because of the low efficacy and the development of drug resistance mutants. Moreover, viral rebound is frequently observed following therapy cessation, since covalent closed circular DNA (cccDNA) is not removed from hepatocytes by antiviral therapy. First, this review describes the current pharmacotherapy for the management of CHB and the new drug candidates being investigated. Then, the challenges in the development of drug delivery systems for the targeting of antiviral drugs to the liver parenchyma are discussed. Finally, perspectives in the design of a more efficient pharmacotherapy to eradicate the virus from the host are addressed.
Author affiliation: Cuestas, María Luján. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Area Virologia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Mathet, Veronica Lidia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Area Virologia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Oubiña, Jose Raul. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Area Virologia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Sosnik, Alejandro Dario. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Tecnología Farmacéutica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Authors: Delfino, Cecilia María; Gentile, Emiliano Alberto; Castillo, Amalia Inés; Cuestas, María Luján; Pataccini, Gabriela; Cánepa, Camila; Malan, Richard; Blejer, Jorgelina L.; Berini, Carolina Andrea; Eirin, Maria Emilia; Pedrozo, Williams René; Oubiña, Jose Raul; Biglione, Mirna Marcela; Mathet, Veronica Lidia
Publication Date: 2013.
Language: English.
Abstract:
In Argentina, current procedures to ensure the safety of the blood supply for transfusion include the serologic detection of specific blood-borne infections. The aim of this study was to evaluate the prevalence and the genetic diversity of hepatitis B virus (HBV) and hepatitis D virus (HDV) in blood donor populations from two distantly located Argentine regions. Data from 56,983 blood donations from the Favaloro Foundation, in the city of Buenos Aires (Central Region), and the Central Blood Bank of Misiones Province (Northeast Region) were analyzed. Samples that were reactive for HBsAg were analyzed for HBV-DNA characterization and HDV serological and molecular analysis. The HBV prevalence was 0.12 % for HBsAg and 1.68 % for anti-HBc antibodies in Buenos Aires, and 0.73 % and 8.55 %, respectively, in Misiones. Seventy-seven HBsAg-reactive samples were analyzed by polymerase chain reaction for HBV-DNA. Subgenotypes A2, B2, C2, F1b and F4 (Buenos Aires) and F1b and D3 (Misiones) were detected. Several mutations within the major hydrophilic region of HBsAg, the reverse transcriptase, the basal core promoter, and the precore/core were detected. HDV genotype 1 was identified in Buenos Aires. This study confirms the circulation of several HBV subgenotypes, as well as known and newly identified variants, and the presence of HDV1 in this population. A thorough investigation has to be carried out to evaluate the clinical importance of some of the documented mutations as well as those detected in the HDV1 case.
Author affiliation: Delfino, Cecilia María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Gentile, Emiliano Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Castillo, Amalia Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Cuestas, María Luján. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Pataccini, Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Cánepa, Camila. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Malan, Richard. Banco de Sangre Central de la Provincia de Misiones; Argentina
Author affiliation: Blejer, Jorgelina L.. Fundación Favaloro; Argentina
Author affiliation: Berini, Carolina Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Eirin, Maria Emilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Pedrozo, Williams René. Banco de Sangre Central de la Provincia de Misiones; Argentina
Author affiliation: Oubiña, Jose Raul. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Biglione, Mirna Marcela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Mathet, Veronica Lidia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Authors: Delfino, Cecilia María; Gentile, Emiliano Alberto; Castillo, Amalia Inés; Cuestas, María Luján; Pataccini, Gabriela; Cánepa, Camila; Malan, Richard; Blejer, Jorgelina L.; Berini, Carolina Andrea; Eirin, Maria Emilia; Pedrozo, Williams René; Oubiña, Jose Raul; Biglione, Mirna Marcela; Mathet, Veronica Lidia
Publication Date: 2014.
Language: English.
Abstract:
In Argentina, current procedures to ensure the safety of the blood supply for transfusion include the serologic detection of specific blood-borne infections. The aim of this study was to evaluate the prevalence and the genetic diversity of hepatitis B virus (HBV) and hepatitis D virus (HDV) in blood donor populations from two distantly located Argentine regions. Data from 56,983 blood donations from the Favaloro Foundation, in the city of Buenos Aires (Central Region), and the Central Blood Bank of Misiones Province (Northeast Region) were analyzed. Samples that were reactive for HBsAg were analyzed for HBV-DNA characterization and HDV serological and molecular analysis. The HBV prevalence was 0.12 % for HBsAg and 1.68 % for anti-HBc antibodies in Buenos Aires, and 0.73 % and 8.55 %, respectively, in Misiones. Seventy-seven HBsAg-reactive samples were analyzed by polymerase chain reaction for HBV-DNA. Subgenotypes A2, B2, C2, F1b and F4 (Buenos Aires) and F1b and D3 (Misiones) were detected. Several mutations within the major hydrophilic region of HBsAg, the reverse transcriptase, the basal core promoter, and the precore/core were detected. HDV genotype 1 was identified in Buenos Aires. This study confirms the circulation of several HBV subgenotypes, as well as known and newly identified variants, and the presence of HDV1 in this population. A thorough investigation has to be carried out to evaluate the clinical importance of some of the documented mutations as well as those detected in the HDV1 case.
Author affiliation: Delfino, Cecilia María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Gentile, Emiliano Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Castillo, Amalia Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Cuestas, María Luján. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Pataccini, Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Cánepa, Camila. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Malan, Richard. Provincia de Misiones. Banco de Sangre Central; Argentina
Author affiliation: Blejer, Jorgelina L.. Fundación Favaloro; Argentina
Author affiliation: Berini, Carolina Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Eirin, Maria Emilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Pedrozo, Williams René. Provincia de Misiones. Banco de Sangre Central; Argentina
Author affiliation: Oubiña, Jose Raul. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Author affiliation: Biglione, Mirna Marcela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
Author affiliation: Mathet, Veronica Lidia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Publication Date: 2012.
Language: English.
Abstract:
PCR detection of viral genomes has provided new insights into viral diagnosis. Nowadays, it is the most frequently used nucleic acid testing (qualitative and quantitative) technique. The aim of this study was to analyse the major circulating hepatitis B virus (HBV) variants PCR-amplified by three sets of primers in a patient infected with genotype E. The HBV S/Pol overlapping genomic region was amplified from the serum of an infected child using three primer sets previously described. Sequence analysis corresponding to the HBV S/Pol region revealed the presence of different viral populations depending on the set of primers used. D144A S-escape mutant was detected with two of the primer sets, while the rtL217R mutant within the Pol - conferring resistance to Adefovir - could be picked up with a different pair of primer sets. This study undoubtedly implies that the description of viral polymorphisms should be stated together with the sequence of the primers used for PCR amplification when studies of escape and/or antiviral-resistant HBV mutants are carried out.
Author affiliation: Cuestas, María Luján. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Area Virologia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Mathet, Veronica Lidia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Area Virologia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Author affiliation: Oubiña, Jose Raul. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Area Virologia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Repository: CONICET Digital (CONICET). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas