Development of RT-qPCR assays for the specific identification of two major genotypes of avian infectious bronchitis virus

Authors
Marandino, Ana; Tomás, Gonzalo; Hernández, Martín; Panzera, Yanina; Craig, Marí­a Isabel; Vagnozzi, Ariel Eduardo; Vera, Federico Sebastian; Techera, Claudia; Grecco, Sofía; Banda, Alejandro; Hernández, Diego; Pérez, Ruben
Publication Year
2016
Language
English
Format
article
Status
Versión aceptada para publicación
Description
Infectious bronchitis virus (Gammacoronavirus, Coronaviridae) is a genetically variable RNA virus (27.6kb) that causes one of the most persistent respiratory disease in poultry. The virus is classified in genotypes with different epidemiological relevance and clinical implications. The present study reports the development and validation of specific RT-qPCR assays for the detection of two major IBV genotypes: South America I (SAI) and Asia/South America II (A/SAII). The SAI genotype is an exclusive and widespread South American lineage while the A/SAII genotype is distributed in Asia, Europe and South America. Both identification assays employ TaqMan probes that hybridize with unique sequences in the spike glycoprotein gene. The assays successfully detected all the assessed strains belonging to both genotypes, showing high specificity and absence of cross-reactivity. Using serial dilutions of in vitro-transcribed RNA we obtained acceptable determination coefficients, PCR efficiencies and relatively small intra- and inter-assay variability. The assays demonstrated a wide dynamic range between 10(1)-10(7) and 10(2)-10(7) RNA copies/reaction for SAI and A/SAII strains, respectively. The possibility to characterize a large number of samples in a rapid, sensitive and reproducible way makes these techniques suitable tools for routine testing, IBV control, and epidemiological research in poultry
Inst.de Virología
Fil: Marandino, Ana. Universidad de la República. Facultad de Ciencias. Instituto de Biología. Sección Genética Evolutiva; Uruguay
Fil: Tomás, Gonzalo. Universidad de la República. Facultad de Ciencias. Instituto de Biología. Sección Genética Evolutiva; Uruguay
Fil: Hernández, Martín. Universidad de la República. Facultad de Ciencias. Instituto de Biología. Sección Genética Evolutiva; Uruguay
Fil: Panzera, Yanina. Universidad de la República. Facultad de Ciencias. Instituto de Biología. Sección Genética Evolutiva; Uruguay
Fil: Craig, Marí­a Isabel. INTA. Instituto de Virología; Argentina
Fil: Vagnozzi, Ariel Eduardo. INTA. Instituto de Virología; Argentina
Fil: Vera, Federico Sebastian. INTA. Estación Experimental Agropecuaria Concepción del Uruguay. Laboratorio Sanidad Aviar; Argentina
Fil: Techera, Claudia. Universidad de la República. Facultad de Ciencias. Instituto de Biología. Sección Genética Evolutiva; Uruguay
Fil: Grecco, Sofía. Universidad de la República. Facultad de Ciencias. Instituto de Biología. Sección Genética Evolutiva; Uruguay
Fil: Banda, Alejandro. Mississippi State University. College of Veterinary Medicine. Poultry Research and Diagnostic Laboratory; Estados Unidos
Fil: Hernández, Diego. Universidad de la República. Facultad de Ciencias. Instituto de Biología. Sección Genética Evolutiva; Uruguay
Fil: Pérez, Ruben. Universidad de la República. Facultad de Ciencias. Instituto de Biología. Sección Genética Evolutiva; Uruguay
Source
Journal of virological methods 235 : 21-25. (September 2016)
Subject
Enfermedades de los Animales
Virus Bronquitis Infecciosa Aviar
Genotipos
Aves de Corral
Animal Diseases
Avian Infectious Bronchitis Virus
PCR
Genotypes
Poultry
Access level
Restricted access
License
Repository
INTA Digital (INTA)
Institution
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
OAI Identifier
oai:localhost:20.500.12123/1224