A First Insight into Pycnoporus sanguineus BAFC 2126 Transcriptome

Authors
Rohr, Cristian Oscar; Levin, Laura Noemi; Mentaberry, Alejandro Nestor; Wirth, Sonia Alejandra
Publication Year
2013
Language
English
Format
article
Status
Published version
Description
Fungi of the genus Pycnoporus are white-rot basidiomycetes widely studied because their ability to synthesize high added-value compounds and enzymes of industrial interest. Here we report the sequencing, assembly and analysis of the transcriptome of Pycnoporus sanguineus BAFC 2126 grown at stationary phase, in media supplemented with copper sulfate. Using the 454 pyrosequencing platform we obtained a total of 226,336 reads (88,779,843 bases) that were filtered and de novo assembled to generate a reference transcriptome of 7,303 transcripts. Putative functions were assigned for 4,732 transcripts by searching similarities of six-frame translated sequences against a customized protein database and by the presence of conserved protein domains. Through the analysis of translated sequences we identified transcripts encoding 178 putative carbohydrate active enzymes, including representatives of 15 families with roles in lignocellulose degradation. Furthermore, we found many transcripts encoding enzymes related to lignin hydrolysis and modification, including laccases and peroxidases, as well as GMC oxidoreductases, copper radical oxidases and other enzymes involved in the generation of extracellular hydrogen peroxide and iron homeostasis. Finally, we identified the transcripts encoding all of the enzymes involved in terpenoid backbone biosynthesis pathway, various terpene synthases related to the biosynthesis of sesquiterpenoids and triterpenoids precursors, and also cytochrome P450 monooxygenases, glutathione S-transferases and epoxide hydrolases with potential functions in the biodegradation of xenobiotics and the enantioselective biosynthesis of biologically active drugs. To our knowledge this is the first report of a transcriptome of genus Pycnoporus and a resource for future molecular studies in P. sanguineus.
Fil: Rohr, Cristian Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina
Fil: Levin, Laura Noemi. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental. Laboratorio de Micología Experimental; Argentina
Fil: Mentaberry, Alejandro Nestor. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Cs.exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular. Laboratorio de Agrobiotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada; Argentina
Fil: Wirth, Sonia Alejandra. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Cs.exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular. Laboratorio de Agrobiotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Biodiversidad y Biología Experimental y Aplicada; Argentina
Subject
PYCNOPORUS SANGUINEUS
TRANSCRIPTOME
LIGNOCELLULOSE
Otras Ciencias de la Computación e Información
Ciencias de la Computación e Información
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
Micología
Ciencias Biológicas
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
Bioproductos, Biomateriales, Bioplásticos, Biocombustibles, Bioderivados, etc.
Biotecnología Industrial
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